Stage de M2, PFE ingénieur ou césure
Période de stage : 6 mois à partir de mars 2027 (+/- 1 mois)
Contexte du stage :
L’érosion de la biodiversité constitue l’un des principaux enjeux de l’Anthropocène. L’intensification de l’agriculture depuis les années 1960, notamment à travers la mécanisation et l’usage accru d’intrants chimiques, ainsi que la perte et la fragmentation des habitats, affecte fortement la biodiversité et les services écosystémiques associés, tels que la pollinisation et la régulation des ravageurs. Les pratiques agricoles modifient profondément les communautés de plantes adventices, avec des effets contrastés selon les systèmes de culture. Par exemple, dans les vignobles, une gestion extensive de la végétation peut maintenir une diversité taxonomique et fonctionnelle élevée, favorisant ainsi les ressources disponibles pour les insectes floricoles (Martin-Lefevre et al., 2025 ; 2026), contrairement à des pratiques reposant sur l’emploi d’herbicide ou un travail du sol fréquent. La composition et la configuration du paysage, notamment la diversité des habitats semi-naturels, jouent également un rôle important dans le maintien des insectes visiteurs des fleurs et de leurs ressources.
Les plantes sauvages présentes dans les inter-rangs et en bordure des cultures constituent ainsi une ressource fondamentale pour de nombreux arthropodes, notamment les pollinisateurs, les herbivores et les ennemis naturels des ravageurs. L’étude des réseaux d’interactions plantes-arthropodes, au-delà de la seule diversité des communautés, permet de mieux comprendre les mécanismes écologiques reliant pratiques agricoles, traits fonctionnels et fonctionnement des écosystèmes.
Toutefois, la caractérisation de ces réseaux reste méthodologiquement complexe. Les méthodes traditionnelles, fondées sur l’observation des interactions et la capture des insectes, sont chronophages, soumises à des biais d’observation et nécessitent une expertise taxonomique de plus en plus rare. Les approches de biologie moléculaire et notamment l’ADN environnemental (ADNe) offrent une alternative prometteuse pour caractériser les communautés et leurs interactions à une résolution taxonomique élevée, de manière non létale et potentiellement plus exhaustive.
C’est dans ce contexte que se place ce stage dont les missions seront à l’interface de deux projets de recherche : 1) le projet BEETRACK qui vise à caractériser l’effet des pratiques et du paysage sur les communautés de pollinisateurs collectés à l’aide de bols colorés et identifiés par metabarcoding ADN dans 17 parcelles de la Zone Atelier Pyrénées-Garonne durant deux années, et 2) le projet REMED-ADNe visant à déployer une approche non létale basée sur l’ADNe florale pour reconstruire les réseaux fleurs-arthropodes en parcelles viticoles et garrigues méditerranéennes.
Missions détaillées du stagiaire :
1) Acquisition de données sur le terrain et au laboratoire :
• Concevoir un plan d’échantillonnage : déterminer les espèces en fleur représentant plus de 80% de l’abondance des ressources florales d’après les relevés réalisés en 2026 sur 6 sites (2 garrigues, 2 vignes en gestion intensive, 2 vignes en gestion extensive) à différentes dates et déterminer le nombre de réplicas à prélever selon les contraintes du séquenceur.
• Réaliser des mesures de traits floraux pour déterminer la productivité et la qualité des ressources florales selon un protocole déjà établi, et réaliser l’échantillonnage des fleurs nécessaires aux analyses moléculaires de l’ADNe.
• Participer aux opérations de biologie moléculaire, avec formation préliminaire (extraction ADN kits DNeasy Quiagen, amplification 16S et CO1, préparation des librairies pour le séquençage Aviti).
2) Analyses des données :
• Réaliser l’analyse préliminaire de la dynamique des ressources florales à partir des données acquises durant le stage.
• Réaliser une analyse approfondie de l’effet des pratiques (IFT, travail du sol, rotations, …) et du paysage (proportion d’habitats semis-naturels, diversité des cultures, …) sur les communautés d’insectes floricoles. Mobiliser les outils statistiques adaptés (ACP et CAH, modèles mixtes généralisés) pour déterminer l’effet des facteurs sur divers indices écologiques taxonomiques et fonctionnels.
Conditions de réalisation du stage :
La personne recrutée bénéficiera de l’accompagnement d’une équipe pluridisciplinaire composée de chercheurs, thésard, et techniciens, collaborant entre plusieurs laboratoires : Unités DYNAFOR, GenPHySE, CEFE, ANSES. Ce stage implique donc un bon sens de l’organisation et une certaine adaptabilité pour évoluer entre les sites Toulousains et Montpellierains, et notamment réaliser des missions sur le terrain (prévoir 2 séjours de 7 à 14j sur Montpellier). Les frais associés aux missions seront pris en charge par le projet.
Compétences et qualités attendues :
– Savoir être : autonomie, esprit d’initiative, compétences organisationnelles, rigueur, bon relationnel et capacité à communiquer efficacement avec les acteurs du projet
– Curiosité pour les approches moléculaires, une expérience (stage, projet étudiant) sera un plus
– Connaissances en écologie des communautés, écologie fonctionnelle et agronomie
– Compétences en statistiques et maitrise du langage R
– Goût pour la botanique et l’entomologie, le travail de terrain et de laboratoire
– Maitrise de l’anglais
– Mobilité : Permis B
Lieu du stage : INP AgroToulouse, UMR DYNAFOR et UMT GENPHYSE : 24 chemin de Borde-Rouge – Auzeville CS 52627, 31326 Castanet-Tolosan. Déplacements sur Montpellier : UMR CEFE et parcelles viticoles de l’Hérault.
Gratification : gratification en vigueur, soit 15% du plafond de la sécurité sociale.
Personnes à contacter (renseignements, candidature) : melodie.ollivier@toulouse-inp.fr
Transmettre CV, lettre de motivation et lettres de recommandation avant le 13 novembre 2026
Membres du projet : Mélodie Ollivier, Romain Carrié, Kamila Canale-Tabet
UMR DYNAFOR et UMT GENPHYSE
24 chemin de Borde-Rouge – Auzeville CS 52627
31326 Castanet-Tolosan
Elena Kazakou, Guillaume Fried, Lucie Raymond
UMR CEFE
1919 route de Mende,
F-34293 Montpellier cedex 5
Bibliographie :
Martin-Lefevre L, Ollivier M, Kazakou E, et al (2025) Impacts of agricultural intensification on weed floral and competitive traits: A spatiotemporal study in French vineyards and annual crops. Agriculture, Ecosystems & Environment 394:109877. https://doi.org/10.1016/j.agee.2025.109877
Martin-Lefevre L, Kazakou E, Fried G, et al, Ollivier M. Landscape, management and seasonality drive floral functional structure and flower-visiting insect diversity in Mediterranean vineyards. Pre-print Authorea 2026:. https://doi.org/10.22541/au.177307600.02972666/v1
Commentaires récents