Lieu : 75 bis, avenue de Corzent – Site CARRTEL (INRAE)
Mots clés : Métagénomique, microbiologie environnementale, diversité et fonctions microbiennes, long-reads amplicon sequencing, génomes assemblés par les métagénomes.
Début de la formation : 18 janvier 2027
Fin de la formation : 23 janvier 2027
Date fermeture des inscriptions : 25 décembre 2026
Modalités d’inscription : Inscription en ligne (ADUM:https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3797462&site=spsa) obligatoire.
Objectifs :
Les objectifs de ce module sont : 1) d’acquérir des notions de base en microbiologie environnementale et notamment A- Acquérir des connaissances sur la diversité, les fonctions et les interactions des micro-organismes, B- Comprendre les adaptations évolutives des microbes face aux changements environnementaux et interventions anthropiques.
Programme :
Ce cours traitera des méthodes d’analyses des structures des communautés microbiennes (méthodes conventionnelles, biologie moléculaire, génomique microbienne et métagénomique) avec un focus sur la métagénomique environnementale. Cette approche est un outil puissant car elle donne accès aux génomes des micro-organismes non cultivés. Elle permet non seulement de caractériser la diversité taxonomique, mais aussi la composition fonctionnelle des communautés microbiennes.
Pré-requis :
Intérêt pour les microbes et pour découvrir la métagénomique
Pas besoin de savoir programmer mais un intérêt pour l’analyse de communauté microbienne via des approches ‘omiques.
Equipe pédagogique :
Nicolas Tromas Marine Vautier Louis Jacas Alexis Martel
Méthode pédagogique :
À travers ce module, vous aurez des cours magistraux (2h30 x 5), des travaux pratiques (14h30) et dirigés (3h) afin d’apprendre à caractériser une communauté microbienne aquatique de l’échantillonnage à l’analyse des données de séquençage qu’ils génèreront eux même. Pendant ce cours d’une semaine, vous apprendrez des approches bioinformatiques pour analyser les données métagénomiques en incluant l’analyse des reads (taxonomique et fonctionnelle), leur assemblage, et comment construire des génomes assemblés par les métagenomes (MAGs). Ce cours pourra servir de base à vos futures analyses de données.
Compétences acquises à l’issue de la formation :
À la fin du cours, l’étudiant devrait posséder les connaissances suivantes :
• Diversité taxonomique et fonctionnelle des microbes dans différents écosystèmes
• Intéractions microbiennes
• Évolution et adaptation des microbes
• Méthodes d’analyses des structures des communautés microbiennes
• Compréhension et analyse de données de métagenomique environnementale.
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