La bioturbation est un processus fondamental des écosystèmes benthiques. Au travers des transport de particules (remaniement sédimentaire) et de solutés (bioirrigation), les organismes bioturbateurs participent à la stabilisation ou à la dégradation de la matière organique, à l’enfouissement de polluants et aux flux de nutriment à l’interface eau-sédiment (Kristensen et al., 2012). Alors que les processus de bioturbation sont documentés et quantifiés depuis des années pour la macrofaune, il existe peu de données pour leurs voisins de petite taille, le meiobenthos (ensemble des organismes vivant dont la taille de passage au travers d’un tamis se situe entre 40 et 1000 µm). En effet, la taille de ces organismes les rend difficilement observables et nécessite l’utilisation d’outils à haute résolution. Pourtant le meiobenthos est un acteur majeur des écosystèmes benthiques côtiers à profond. Il est l’un des groupe d’organismes marins les plus abondant et est présent dans tous les écosystèmes, même les plus extrêmes (Schratzberger & Ingels, 2018).
Dernièrement l’amélioration des méthodes d’imagerie a permis de franchir un cap permettant d’observer certains pans de l’activité du méiobenthos dans le sédiment. En utilisant l’imagerie timelapse sur des foraminifères côtiers, il a été démontré que ces organismes était capable de remanier le sédiment au même ordre de grandeur que certains organismes de la macrofaune (Deldicq et al., 2021). Cependant, ces données sont insuffisantes pour quantifier l’ensemble des activité de bioturbation du meiobenthos. Il est donc nécessaire d’obtenir plus de données sur un ensemble plus large de groupes taxonomiques appartenant au méiobenthos et sur de plus larges espaces.
Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet de thèse MeioMotus qui étudie la contribution du méiobenthos aux processus de bioturbation et au fonctionnement des écosystèmes benthiques. Il aura pour but d’étudier et de comparer les processus de bioturbation du méiobenthos dans les vasières de la rade de Brest et du fjord du Saguenay, deux écosystèmes de transition dont les enjeux environnementaux sont cruciaux due à la forte implantation des activités humaines.
Ce stage répondra à la problématique en s’appuyant sur les échantillons récoltés au fjord du Saguenay a l’été 2026 et par l’acquisition de nouveaux échantillons en rade de Brest au cours du stage.
Le premier objectif consistera en la mise en place un protocole d’étude de la bioturbation du méiobenthos. L’étudiant.e combinera l’utilisation de micro-carottes et/ou d’aquariums avec des techniques d’imagerie à haute résolution pour observer et quantifier le remaniement sédimentaire du méiobenthos. Une grande partie du temps en laboratoire consistera au pickage du méiobenthos sous loupe binoculaire. Cette partie sera accompagnée d’une mission de terrain dans le vasières de la rade de Brest.
Le seconde partie sera dédiée à la création et la mise en pratique d’un protocole d’analyses d’images en utilisant des combinaisons fiji et r. Celui-ci permettra d’analyser les données obtenues dans le fjord du Saguenay ainsi que celles de la rade de Brest et de les confronter.
Profil : Etudiant.e en master 2 en biologie, écologie ou domaines similaires avec des connaissances et/ou compétences en écologie benthique et analyses d’images.
Le stage sera encadré par Martin Bourges, doctorant au Laboratoire Environnement Profond et Dewi Langlet, chercheur au Laboratoire Environnement Profond.
Contact : CV et lettre de motivation à envoyer par mail à martin.bourges@ifremer.fr avec pour objet : StageMaster2_MeioBioturb_VOTRENOM. N’hésitez pas à me contacter en amont si vous avez des questions.
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