Mots clés : sub-Antarctique – Iles Kerguelen – Terres Australes et Antarctiques Françaises – placettes de colonisation – benthos
Contexte du projet
Les îles subantarctiques françaises abritent une biodiversité exceptionnelle dont la singularité, la valeur patrimoniale, mais aussi la fragilité, ont conduit à la création de la Réserve Naturelle Nationale des Terres australes françaises en 2006, puis à leur classement au patrimoine mondial de l’UNESCO en 2019. Les habitats marins côtiers de ces territoires font face à des changements environnementaux dont les effets se font déjà sentir (von der Meden et al., 2017). Le réchauffement climatique et le trafic maritime constituent en outre des facteurs aggravants, augmentant le risque d’introduction d’espèces non-natives susceptibles de déstabiliser ces écosystèmes.
La mise en place de suivis à long terme est essentielle pour constituer des séries de données permettant de mieux comprendre la dynamique de ces écosystèmes et de contribuer à l’élaboration des mesures de gestion et de protection. Dans ce but, le programme Proteker de l’Institut polaire français Paul-Émile Victor a constitué un observatoire de la biodiversité marine côtière aux îles Kerguelen (Terres australes françaises) afin d’assurer un suivi régulier des environnements côtiers de l’archipel et d’analyser la réponse des communautés marines aux conséquences des changements climatiques.
Parmi les protocoles déployés, des placettes de recrutement associées à des enregistreurs autonomes de température ont été installées et relevées annuellement sur huit sites de suivi de l’archipel entre 2013 et 2023 (Féral et al., 2017). Les substrats artificiels sont en effet couramment employés pour étudier la dynamique des communautés benthiques soumises à des perturbations environnementales naturelles ou d’origines anthropiques (Sowa et al., 2026). Une première identification morphologique des organismes récoltés a permis d’inventorier 257 taxons d’invertébrés. Cette liste doit cependant être consolidée par des analyses moléculaires relevant d’une approche de taxinomie intégrative (Lelièvre et al., 2025) qui permettront également de constituer une base moléculaire de référence. Enfin, l’analyse par metabarcoding multi-marqueurs (rbcL, COI, 16S) des échantillons doit permettre de mieux cerner les dynamiques de succession des communautés et de rechercher la présence éventuelle d’espèces non-natives et potentiellement invasives, non encore documentées dans les terres australes françaises alors que les îles sont fréquentées par des navires de pêche, de ravitaillement et de logistique ainsi que par quelques navires de plaisance. Ces navires relâchent à proximité des côtes et sont susceptibles d’introduire des propagules par leurs eaux de ballast.
Références :
Auger, M., Morrow, R., Kestenare, E. et al. (2021). Southern Ocean in-situ temperature trends over 25 years emerge from interannual variability. Nature Communications, 12(1), 514.
Féral, J. P., Poulin, E., González-Wevar, C. A., Améziane, N., Guillaumot, C., Develay, E., & Saucède, T. (2017, November). Long-term monitoring of coastal benthic habitats in the Kerguelen Islands: a legacy of decades of marine biology research. In Symposium on Kerguelen plateau marine ecosystem and fisheries (pp. 383-402). Australian Antarctic Division.
Lelièvre, Y., Saucède T., Pohl B. Hourdez S. (2025). You can’t protect what you don’t know: Strategies for biodiversity inventories in poorly known marine areas facing global changes. Adv. Mar. Biol.101, 79–104.
McNeil, B. I., & Matear, R. J. (2008). Southern Ocean acidification: A tipping point at 450-ppm atmospheric CO2. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(48), 18860-18864.
Nel, W. (2023). The sub-Antarctic islands are increasingly warming in the 21st century. Antarctic Science, 35(2), 124-126.
Pohl B, T Saucède, V Favier, J Pergaud, D Verfaillie, J-P Féral, Y Krasniqi & Y Richard (2021) Recent climate variability around the Kerguelen Islands (Southern Ocean) seen through weather regimes. Journal of Applied Meteorology and Climatology, 60, 711-731. doi:10.1175/JAMC-D-20-0255.1
Sowa, A. et al. (2026) A Decade of Monitoring Annual Benthic Recruitment in the Arctic Shallows—A Field Experiment Using Artificial Substrate. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems 36, e70338.
von der Meden, C. E. O. et al. (2017) Long-term change in epibenthic assemblages at the Prince Edward Islands: a comparison between 1988 and 2013. Polar Biol. 40, 2171–2185.
Objectifs et attendus du stage
Les objectifs du stage sont les suivants : (1) constituer une base de référence visant à faciliter les assignations taxinomiques et à établir une première ligne de base de la diversité benthique présente au sein des écosystèmes côtiers ; et (2) analyser la dynamique de succession des communautés benthiques fixées sur les placettes de colonisation, en se focalisant sur trois sites de suivi contrastés situés à proximité des îles Haute, Suhm et Longue (Golfe du Morbihan, Kerguelen Est). Les résultats contribueront à déceler la présence éventuelle d’espèces non natives, encore non documentées dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises.
Méthodologie et moyens techniques/scientifiques mis à disposition :
Le tri et l’identification taxinomique des échantillons par analyse morphologique ont déjà été réalisés. Le travail consistera à finaliser les analyses moléculaires des morphotypes par barcoding (COI) afin de constituer une base de référence. La comparaison et l’analyse des identifications obtenues par approche morphologique et moléculaire permettra de constituer une liste taxinomique de référence robuste. L’assignation taxinomique des séquences obtenues par metabarcoding des placettes analysées (COI, 16S, 18S, rbcL) permettra de décrire la succession des communautés et la recherche d’espèces non-natives en confrontant les séquences aux bases de données moléculaires existantes en ciblant les espèces exotiques et potentiellement invasives listées par l’IUCN pour les mers australes.
Le/la stagiaire sera accueilli(e) au laboratoire Biogéosciences, où il/elle disposera d’un bureau, de laboratoires spécialisés, d’outils informatiques et de l’encadrement nécessaire à l’obtention et à l’analyse des données.
Compétences et aptitudes souhaitées
Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e), doté(e) d’un bon sens de l’organisation et intéressé(e) par la recherche en écologie marine, taxinomie, et écologie des communautés. L’étudiant(e) devra être en Master 2 dans le domaine de la biologie évolutive et/ou biologie marine. De bonnes connaissances théoriques en écologie numérique (traitement de données sous R) sont fortement souhaitées ainsi qu’en bio-informatique (données de barcoding et méta-barcoding). De bonnes capacités rédactionnelles et un esprit de synthèse sont nécessaires. Un bon relationnel et l’aptitude au travail en équipe seront appréciés.
Information pratiques
Encadrement :
– Dr. Yann Lelièvre
– Pr. Thomas Saucède
– Dr. Cyril Gallut
– Morgane Durand
Date de stage : 04/01/2027 – 30/06/2027
Durée : 6 mois
Lieu du stage : Biogéosciences
Gratification de stage : Oui
Contacts :
Pour postuler, veuillez envoyer votre CV et votre lettre de motivation (1 page maximum) à thomas.Saucede@u-bourgogne.fr, yann.lelievre10@gmail.com, cyril.gallut@sorbonne-universite.fr.
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