La biodiversité aquatique est fortement impactée par les activités anthropiques, telles que la surexploitation, la pollution ou encore le réchauffement climatique. La diversité au sein des espèces est l’une des premières composantes de la biodiversité à être affectée et permet également aux populations de s’adapter face aux changements environnementaux. Par exemple, de nombreux travaux ont montré l’influence d’une augmentation de la température sur le phénotype des individus et leur développement. En effet, la température affecte le métabolisme des individus, leur croissance, leur reproduction et leur comportement (p.ex. alimentaire et de dispersion). En conséquence, plusieurs espèces se trouvant en limite sud de leur aire de répartition sont affectées. Par exemple, le corégone (Corégonus sp.) est une espèce de salmonidé sténotherme d’eau froide commun dans les régions arctiques et subarctiques de l’Amérique du Nord et de l’Europe. Néanmoins, les populations connaissent de nombreuses fluctuations. Malgré des politiques de conservations, les populations de corégones ont diminué drastiquement ces dernières décennies dans plusieurs lacs.
Afin de comprendre l’adaptation thermique des corégones, cette étude a pour objectif d’évaluer si les populations possèdent des caractères morphologiques distincts et s’ils ont une origine génétique. Pour cela, des caractères morphologiques importants pour l’alimentation des individus seront quantifiés ; (i) des photos de la tête des individus ont été prises et devront être analysées afin de donner une indication de l’habitat préférentiel des individus, (ii) les branchiospines ont été prélevées et leur nombre et longueur donneront une indication sur le type de proie consommée (zooplancton ou invertébrés). Enfin, des marqueurs SNPs ont été séquencés. Ils permettront d’étudier la diversité génétique entre et au sein des populations et de quantifier si certaines caractéristiques morphologiques sont déterminées génétiquement.
Objectifs du stage :
-Analyse des photos de la tête des individus.
-Prise de photos et analyse des branchiospines.
-Nettoyage et visualisation des données génétiques.
-Analyses statistiques pour déterminer la diversité morphologique et génétique des populations de corégones.
-Rendu d’un rapport avec les principaux résultats obtenus.
Compétences requises :
-Connaissances fondamentales en écologie évolutive.
-Maîtrise des outils statistiques de base.
-Maîtrise du logiciel R.
-Autonomie.
Informations pratiques
Début du stage : Janvier-Février 2027
Durée : 6 mois
Lieu : INRAE, UMR CARRTEL, Thonon-les-Bains 74200. Possibilité d’être logé sur place.
Candidature : Envoyer un CV et une lettre de motivation à Jonas Bylemans (jonas.bylemans@inrae.fr) & Allan Raffard (allan.raffard@inrae.fr).
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