Bonjour à toutes et tous,
Nous proposons un stage de M2 orienté recherche localisé sur le campus de l’INRAE de Toulouse (UMR GenPhySE & LIPME) visant à caractériser la diversité des communautés de micro-organismes fongiques associés aux abeilles et aux miels et à l’étude de certains de leur génome
Le stage vise à mieux décrire la diversité des champignons associées aux miels et aux abeilles, ainsi qu’à générer des ressources de haute-qualité pour les espèces qui s’avèreraient orphelines en ressources génomiques dans les bases de données. Afin de maximiser la diversité, différentes sous-espèces d’abeilles à miel et de miels pourront être utilisés.
Pour cela, un travail de microbiologie sera réalisé en début de stage afin d’isoler la plus large diversité de souches sur une série de milieux de culture. Ces souches seront ensuite caractérisées par amplification d’un ou plusieurs codes barre-moléculaires pour essayer d’identifier les espèces en présence et de sélectionner un panel de souches représentatives de la diversité. Les espèces qui s’avèreraient ne pas disposer de ressources de qualité (complètement orphelines, ou seulement représentés par des ressources très fragmentées, type MAG) seront ensuite séquencées et assemblées de novo afin d’obtenir des ressources génomiques de haute qualité. Suivant le temps disponible, une première caractérisation de ces génomes pourra être effectuée, notamment pour mieux caractériser leur contenu en éléments transposables et en gènes.
Plus d’informations (dont le contexte scientifique & les modalités de candidature): https://thibaultleroyfr.github.io/pdf/Stage_M2_GenPhySE-LIPME_Microbiote_Microbiologie_Genomique.pdf
A noter que les candidatures seront évaluées au fil de l’eau. En conséquence, un ou une candidate pourra être sélectionnée avant la fin de validité de l’offre. Nous encourageons donc les étudiants fortement intéressés par ce sujet à soumettre leur candidature dans les meilleurs délais.
Bien cordialement,
Thibault Leroy
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