Contexte et Objectifs de la thèse
Comprendre la distribution spatio-temporelle des agents pathogènes transmis par les tiques est essentiel pour évaluer le risque de maladie et mettre en œuvre des stratégies de prévention efficaces. En Europe, les maladies transmises par les tiques—en particulier la borréliose de Lyme, transmise par Ixodes ricinus—représentent un enjeu majeur de santé publique. Cependant, les déterminants écologiques de la distribution de ces agents pathogènes, dans l’espace et au cours du temps, restent encore insuffisamment compris.
Cette thèse vise à étudier les facteurs écologiques et environnementaux expliquant les variations spatio-temporelles des agents pathogènes transmis par les tiques, à travers une approche multi-échelle combinant l’analyse de données de science participative à large échelle et des investigations écologiques à l’échelle locale.
(i) À l’échelle régionale, le ou la doctorant·e utilisera les données du programme CiTIQUE (2018–2024) pour analyser les variations spatio-temporelles de la diversité et de la prévalence des agents pathogènes dans deux régions françaises contrastées : le Grand Est (climat continental, avec des forêts allant de fragmentées à continues) et la Bretagne (climat océanique, forêts fragmentées). Le projet visera à évaluer l’influence de la structure du paysage et des caractéristiques des habitats — telles que la fragmentation, la connectivité et la composition de la végétation — ainsi que des variations temporelles, sur la présence des agents pathogènes dans les milieux boisés et les jardins privés. Une attention particulière sera portée aux différences entre agents pathogènes selon l’écologie de leurs hôtes (par exemple, associés aux rongeurs ou aux oiseaux).
(ii) À l’échelle locale, la thèse portera sur la circulation des agents pathogènes à l’interface rongeurs–tiques sur trois sites d’étude situés en forêt de Haye (près de Nancy). Le ou la doctorant·e analysera l’influence des caractéristiques des micro- et macro-habitats sur l’abondance des rongeurs et les taux de contact rongeurs–tiques, ainsi que l’effet des dynamiques temporelles des populations de rongeurs sur la transmission des agents pathogènes aux tiques.
Cette thèse permettra d’apporter une compréhension intégrée des mécanismes structurant la dynamique des agents pathogènes transmis par les tiques à différentes échelles spatiales et dans divers types d’habitats. Les résultats contribueront à améliorer les modèles d’évaluation du risque et à orienter les stratégies de prévention en santé publique.
Encadrement.
Benoit Marçais (INRAE , Université de Lorraine, UMR Interactions Arbres Microorganismes, Directeur), Laure Bournez (ANSES, Laboratoire de la rage et de la faune sauvage). Le projet se fera en étroite collaboration avec l’équipe Tous Chercheurs-CiTIQUE de l’UMR IAM (Jonas Durand, Pascale Frey-Klett), ainsi qu’avec Raphaëlle Métras en lien avec le projet ANR MoZArt (Modelling Zoonotic & Arthropod-borne pathogens).
Equipes d’accueil
La thèse est financée par l’ANSES et INRAE. La thèse se déroulera principalement au sein du Laboratoire ANSES de la rage et de la faune sauvage (Technopole Agricole et vétérinaire, Domaine de Pixéricourt, Bâtiment H, CS 40009, 54220 Malzéville), avec des visites régulières dans l’équipe Interactions Arbres Microorganismes au Centre Grand-Est d’INRAE à Champenoux.
Formations et compétences recherchées
– Etudiant(e) au niveau Bac+5, école d’ingénieurs ou Master universitaire
– Spécialité : Epidémiologie, Ecologie Santé Environnement
– Compétences en analyse de données et statistiques : maîtrise de l’analyse de jeux de données, biostatistiques, modèles de régression, bonne connaissance du logiciel R
– Curiosité et motivation pour la modélisation bayésienne
– Une connaissance en maladies vectorielles serait un atout
– Rigueur, sens de l’organisation et autonomie
– Capacité à diffuser les connaissances (oral, écrit)
Modalités pour postuler
Transmettre une lettre de motivation, CV, les notes de master 2 et les coordonnées (email et téléphone) de deux personnes référentes.
Contacter laure.bournez@anses.fr et benoit.marcais@inrae.fr pour tout renseignements sur l’offre de thèse.
Date limite de candidature : 14 juin 2026
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