Nous cherchons un ou une candidat.e pour préparer un concours d’école doctorale pour l’obtention d’une bourse de thèse, sur le sujet mentionné en titre.
Mots clés :
écologie du paysage, écologie urbaine, déplacements, flux de gènes, perméabilité, espèces arborés urbains
Descriptif du sujet :
Une stratégie clé pour préserver la biodiversité dans les zones où les habitats naturels sont restreints et fragmentés, et notamment les villes, a été de penser leur préservation selon des trames (ex. des Schéma régionaux de cohérence écologiques, porteurs de Trames Vertes et Bleues). Les espaces à caractère de nature dans la ville ne sont plus pensés séparément, mais comme formant un réseau d’habitats favorables et permettant ensemble de préserver des populations d’espèces variées. Malgré l’intérêt de ces approches, la fonctionnalité de tels réseaux reste peu validée écologiquement parlant et leur application reste souvent basée sur de la connectivité dite structurelle (les espaces d’habitat sont physiquement connectés les uns aux autres). Pourtant, ce qui est recherché est une connectivité fonctionnelle, qui implique que les zones d’habitat sont accessibles aux organismes non-humains, qui peuvent se déplacer entre elles pour y accomplir leur cycle de vie (besoins journaliers et saisonniers, échanges démo-génétiques). Cette notion d’accessibilité, même si elle est au cœur des indicateurs utilisés aujourd’hui dans les études de conservation/restauration des continuités écologiques, reste peu validée biologiquement. Elle fait écho au concept d’isolement des habitats qui intègre la distance physique entre ceux-ci, mais également à la question de la matrice paysagère, qui peut être plus ou moins favorable aux déplacements des non-humains. Malgré l’importance de l’ensemble de ces caractéristiques (quantité d’habitat, distance entre les habitats, perméabilité de la matrice paysagère) pour permettre l’accessibilité, les conditions de leur interdépendance restent trop peu étudiées.
L’objectif de cette thèse est de comprendre les conditions permettant de garantir l’accessibilité des espaces à caractère de nature, c’est-à-dire la fonctionnalité des continuités écologiques, pour les non-humains en ville. Cela implique de caractériser l’effet des éléments composant la matrice paysagère sur les déplacements entre ces zones d’habitat, et en analysant leurs impacts sur la viabilité des populations.
Le 1er axe de la thèse a pour objectif de tester la fonctionnalité à fine échelle de la connectivité de l’espace urbain. Il est centré sur une analyse fine des déplacements de l’espèce modèle (écureuil roux) dans la ville d’Aix-en-Provence. Il repose sur des données GPS à fine résolution temporelle.
Le 2ème axe a pour objectif de tester la fonctionnalité de la connectivité de l’espace urbain à plus large échelle. Il repose sur l’étude comparative des caractéristiques génétiques de populations urbaines et rurales. Ces analyses permettront d’identifier les aménagements boisés les plus favorables à l’existence de continuités écologiques fonctionnelles dans le milieu urbain. Elles seront basées sur les génotypes à 16 loci microsatellites d’individus échantillonnés dans 4 zones urbaines et 3 zones rurales.
Le 3ème axe a pour objectif de tester les effets de la fonctionnalité de la connectivité urbaine sur la viabilité des populations d’espèces dépendantes de milieux arborés. Une approche de modélisation spatialement explicite individus-centrée, multi-espèces, sera adoptée. Elle sera basée sur les connaissances sur l’écureuil issues des deux premiers axes, qui seront utilisées pour le paramétrage de la modélisation des déplacements en ville d’espèces de milieux arborés. Ces paramètres seront appliqués à plusieurs espèces virtuelles types, aux caractéristiques de déplacement identiques, mais représentant un gradient de rythmes de vie. Cet axe permettra de tester l’effet de différentes stratégies d’aménagement de l’espace sur le devenir à long terme de ces différents types d’espèces.
Méthode :
– Axe 1 : analyse de sélection d’habitat des déplacements fins de l’espèce modèle enregistrés par GPS (1 pt / 10 min), à Aix. Les données sont déjà quasi acquises dans 3 sites d’étude (env 20 individus par site, 1 site à compléter) formant un gradient de perméabilité de la matrice.
– Axe 2 : des analyses de génétique du paysage basées sur les génotypes à 16 microsatellites d’individus échantillonnés dans 4 zones urbaines et 3 zones rurales de 16 km de côté. Le génotypage sera achevé fin 2027.
– Axe 3 : de la modélisation spatialement explicite individus centrée multi-espèces, basée sur les connaissances sur l’écureuil issues des deux premiers axes, utilisées pour paramétrer la modélisation des déplacements en ville d’espèces de milieux arborés, appliqués à plusieurs espèces virtuelles types représentant un gradient de rythmes de vie.
Encadrement :
Cécile Albert et Aurélie Coulon.
Encadrement à 50% par chaque encadrante.
En cas de succès au concours, l’étudiant.e sélectionné.e pourra être basé à Aix-en-Provence ou à Montpellier.
Modalités d’encadrement :
Points au minimum bi-mensuels avec les 2 encadrantes, dont 2 fois par an minimum (+ moments de terrain) séances de travail avec les 2 encadrantes sur une journée entière.
Références bibliographiques de l’équipe d’encadrement :
Albert C.H., Clauzel C., Louis-Lucas T. & Sahraoui Y. (2025) Restaurer la connectivité pour améliorer la biodiversité. In Nathalie Machon; Francesca Di Pietro; Valérie Bertaudière-Montès; Laure Carassou; Serge Muller. Ecologie urbaine. Connaissances, enjeux et défis de la biodiversité en ville, Quae, pp.247-260.
Argote-Deluque K., Geslin B., Santonja M., & Albert C.H. (2026) The amount of reachable habitat determines populations’ fate. Ecography e08080. https://doi.org/10.1002/ecog.08080
Chauveau V., Garel M., Toïgo C., Anderwald P., Beurier M., Bouche M., Bunz Y., Cagnacci F., Canut M., Cavailhes J., Champly I., Filli F., Frey-Roos A., Gressmann G., Herfindal I., Jurgeit F., Martinelli L., Papet R., Petit E., Ramanzin M., Semenzato P., Vannard E., Loison A., Coulon A.† & Marchand P.†(2024) Identifying the environmental drivers of corridors and predicting connectivity between seasonal ranges in multiple populations of Alpine ibex (Capra ibex) as tools for conserving migration. Diversity and Distributions 30(8): e13894. †: contribution identique.
Clake, D. J., Demiralp, V., Albert, C. H., & Coulon, A. (2026). Isolation and characterization of 16 new microsatellite loci markers for the European red squirrel (Sciurus vulgaris). Molecular Biology Reports 53(1): 289. https://doi.org/10.1007/s11033-026-11441-6.
Darinot F., Le Petitcorps Q., Arnal V., Coulon A.†, Montgelard C. † (2021) Effects of landscape features and flooding on the genetic structure of a small wetland rodent, the harvest mouse (Micromys minutus). Landscape Ecology 36: 1755–1771. †: contribution identique.
Profil et compétences recherchées chez le ou la candidat.e :
Le candidat.e devra être titulaire d’un master d’écologie ou équivalent. Il/elle devra avoir une appétence pour les analyses spatiales, connaitre les concepts de génétique des populations, savoir utiliser un logiciel de SIG, maitriser R et avoir un bon niveau d’anglais. Il/elle devra aimer le travail de terrain d’écologie et savoir travailler en équipe. Une bonne connaissance des concepts d’écologie du paysage sera un plus.
Modalités de candidature :
Envoyer un CV, une lettre de motivation et vos relevés de notes de master (celles disponibles jusqu’à présent) à Cécile Albert (cecile.albert@imbe.fr) et Aurélie Coulon (aurelie.coulon@mnhn.fr) avant le 13/04. Des entretiens des candidat.e.s pré-sélectionné.e.s auront lieu la semaine du 04/05.
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