Déterminants locaux et paysagers de l’occupation des gîtes artificiels par les chiroptères en milieux agricoles
Stage de césure de 5-6 mois à partir de septembre 2026 (CEFE-CNRS / OFB / AgriNichoirs ; Montpellier)
*** Contexte scientifique
Les chiroptères jouent un rôle fonctionnel important dans les agroécosystèmes. Cependant, un déclin des populations est observé à l’échelle mondiale et notamment dans les espaces agricoles européens, y compris pour les espèces les plus communes. Face à la raréfaction des gîtes naturels liée à l’intensification agricole, l’installation de gîtes artificiels est devenue une mesure largement déployée en Europe, notamment pour favoriser la lutte biologique contre certains insectes qui occasionnent des dégâts en agriculture. Plusieurs études montrent que ces dispositifs peuvent être occupés par certaines espèces, mais avec des taux d’occupation très variables. Les taux d’occupation dépendent simultanément des caractéristiques du gîte (type de gîte, hauteur, exposition), de variables liées à son environnement immédiat (parcelle adjacente, support) et du paysage (présence de milieux semi-naturels, connectivité écologiques, hétérogénéité spatiale). Les synthèses existantes soulignent néanmoins une diversité des protocoles d’étude et la faible transférabilité des recommandations qui en découlent. Elles soulignent également des risques potentiels dans certains cas (ex. surchauffe, prédation, exposition aux pesticides) pouvant induire des effets négatifs lorsque la localisation des gîtes artificiels est inadaptée.
Dans ce projet, nous souhaitons faire un état des lieux succinct de la littérature sur l’efficacité de la pose de gîtes artificiels pour la conservation des chiroptères et conduire des analyses sur un important jeu de données issu de suivis d’environ 10 500 gîtes artificiels dans toute la France. Ces analyses testeront conjointement paramètres techniques, contexte local et structure paysagère sur la probabilité d’occupation des gîtes. Enfin, cette étude aura pour objectif de contribuer à améliorer les connaissances sur le sujet pour proposer des recommandations à destination des acteurs afin d’orienter et de cadrer la pose de gîte artificiels dans les espaces agricoles, pour que ces mesures soient efficaces et sans compromettre la conservation des populations. Des analyses combinées et complémentaires sur les oiseaux pourront être réalisées en fonction des avancées de stage et de la motivation de l’étudiant.e.
*** Problématique et objectifs du stage
Ce stage a pour objectif d’identifier les facteurs agissant à différentes échelles et influençant l’occupation des gîtes artificiels par les chiroptères en milieu agricole : les caractéristiques techniques des gîtes, les variables locales (rayon < 100 m) et les déterminants paysagers. Ces derniers constitueront l’axe central du stage et feront l’objet d’une attention particulière.
Le ou la stagiaire aura pour mission de réaliser une synthèse bibliographique succincte, d’explorer les jeux de données mis à sa disposition et d’en évaluer le potentiel au regard des connaissances disponibles (notamment pour le choix des métriques à analyser). Il ou elle devra ensuite cartographier, à partir des données géographiques disponibles, les variables paysagères jugées pertinentes et conduire les analyses statistiques associées. Selon l’avancement du stage, le ou la stagiaire pourra également contribuer à la rédaction d’un article scientifique.
Enfin, le ou la stagiaire pourra être force de proposition pour la mise en place d’un protocole d’échantillonnage pour une étude plus approfondie intégrant notamment des données de fitness qui seraient nécessaires pour évaluer l'efficacité réelle de ces dispositifs dans une perspective de conservation des populations.
*** Données disponibles
Les structures partenaires mettront à disposition, via une convention, un jeu de données comprenant plus de 24 000 suivis d’occupation d’environ 10 500 gîtes artificiels dans toute la France pour les chiroptères. La grande majorité de ces suivis a été réalisée d’août à octobre (période de dispersion des jeunes, d’accouplement et de début de migration). Les données d’occupation disponibles sont la présence ou l’absence d’individus ainsi que le nombre d’individus. L’identification de l’espèce de chiroptère est parfois disponible.
La base de données est déjà structurée sous forme de base relationnelle PostGIS, avec des contraintes d’intégrité garantissant une cohérence des données. Un accompagnement par les partenaires est prévu pour la prise en main des données et leur exploitation dans le cadre des analyses spatiales et statistiques envisagées.
*** Extension possible aux nichoirs à mésanges
La base de données mise à disposition comprend également des suivis de nichoirs à mésanges sur les mêmes parcelles à la même période (env. 12 800 nichoirs et 25 900 suivis depuis 2017), structurés de manière similaires aux données chiroptères (même table de relevés) : les variables relevées sont la présence ou non d’un nid et le nombre de cadavres. Cette particularité offre une opportunité d'étendre les analyses à un second taxon cavicole sans alourdir significativement le travail : les mêmes variables locales ou paysagères calculées pour les chiroptères pourront être directement exploitées, et les mêmes approches statistiques appliquées. Une telle analyse comparative multi-taxon permettrait d'identifier les facteurs d'occupation communs aux deux groupes et ceux qui leur sont spécifiques. Cette extension, bien que facultative, constituerait une plus-value scientifique significative en renforçant la portée des recommandations issues du stage.
*** Profil recherché
• Césure, niveau Master 1-2 (ou équivalent) en écologie, modélisation ou disciplines proches ;
• Solides compétences en analyse statistique de données ;
• Maîtrise d’un langage de programmation statistique (idéalement R) ;
• Compétences en SIG et analyses spatialisées
• Intérêt pour l’écologie de la conservation et la modélisation ;
• Autonomie, rigueur et facilité d’intégration dans une équipe pluridisciplinaire.
*** Type et durée du stage
Stage de césure, d’une durée de 5 à 6 mois, à partir de septembre 2026.
*** Structure d’accueil et encadrement
Le/la stagiaire sera accueilli·e au CEFE (CNRS, Montpellier), au sein de l’équipe HAIR (Human-Animal Interactions). Ce stage s’insère dans une collaboration entre le CEFE, l’entreprise Agrinichoirs et l’OFB. L’étudiant·e sera co-encadré par ces trois organismes : Aurélien Besnard (Directeur d’études de l’EPHE), Florence Matutini (Chargée de recherche au sein de la Direction de la recherche et de l’appuis scientifique, OFB) et Sylvain Cédat (Agronome et géomaticien, Agrinichoirs).
*** Candidature :
Envoyer un dossier comprenant :
• un CV détaillé,
• une lettre de motivation,
à aurelien.besnard@cefe.cnrs.fr ; florence.matutini@ofb.gouv.fr et sylvaincedat@agrinichoirs.fr
Les entretiens auront lieu au fur et à mesure de la réception des candidatures. Merci de ne plus envoyer de candidature après le 15 mars 2026.
Quelques références :
Crawford, R. D., Dodd, L. E., Tillman, F. E., & O’Keefe, J. M. (2022). Evaluating bat boxes: design and placement alter bioenergetic costs and overheating risk. Conservation physiology, 10(1), coac027.
Martin Bideguren, G., López-Baucells, A., Puig-Montserrat, X., Mas, M., Porres, X., & Flaquer, C. (2019). Bat boxes and climate change: testing the risk of over-heating in the Mediterranean region. Biodiversity and Conservation, 28(1), 21-35.
Mering, E. D., & Chambers, C. L. (2014). Thinking outside the box: a review of artificial roosts for bats. Wildlife Society Bulletin, 38(4), 741-751.
Pschonny, S., Leidinger, J., Leitl, R., & Weisser, W. W. (2022). What makes a good bat box? How box occupancy depends on box characteristics and landscape‐level variables. Ecological Solutions and Evidence, 3(1), e12136.
Tillman, F. E., Bakken, G. S., & O'Keefe, J. M. (2021). Design modifications affect bat box temperatures and suitability as maternity habitat. Ecological Solutions and Evidence, 2(4), e12112.
Zhang, L., Ma, X., Chen, Z., Wang, C., Liu, Z., Li, X., & Xing, X. (2023). Negative effects of artificial nest boxes on birds: A review. Avian Research, 14, 100101.
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