Missions et activités principales
Mission :
Contexte : Ce poste s’inscrit dans le projet STABILO, dont une description est disponible ici : https://www.sb-roscoff.fr/fr/stabilo.
La mission principale de l’agent est de développer, d’adapter et de mettre en œuvre un ensemble de méthode et technique d’inventaire et de suivi par métabarcoding. Sous la responsabilité des chercheurs impliqués (JC Leclerc, E Thiébaut, C Daguin-Thiébaut, T Comtet, DISEEM), il/elle aura plus particulièrement à charge le second objectif du projet (Intercalibrer et tester la pertinence méthodologique d’une approche de métabarcoding ADN vis-à-vis d’une approche basée sur la morphologie pour caractériser la diversité d’une communauté), et contribuera ainsi indirectement aux trois autres. Ce travail s’intègre également dans le projet de thèse de V Ferrari, avec qui l’agent interagira régulièrement.
Activités principales :
L’ingénieur.e participera à l’organisation du suivi des communautés et de l’échantillonnage sur le terrain (15%) :
o Organiser et participer à la collecte en mer (plongée) des échantillons benthiques (macroalgues, macrofaune) en partenariat avec les agents/collaborateurs en charge des suivis.
o Préparer le matériel spécifique pour la collecte des échantillons en vue d’analyse de métabarcoding
o Organiser et adapter les techniques de traitement des échantillons au retour au laboratoire (pré-tri et adaptation de la méthode de fixation, cf. identification morphologique ou métabarcoding)
Il/elle sera responsable de l’acquisition des données de métabarcoding (75 %) :
o Concevoir, mettre en œuvre et adapter des techniques de biologie moléculaire pour analyser des échantillons benthiques par métabarcoding
o Réaliser des extractions d’ADN et d’amplification de marqueurs pour le métabarcoding des communautés benthiques. Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage). Réaliser les analyses bioinformatiques des données de métabarcoding, en mettant en place des pipelines informatiques intégrant le nettoyage et l’assignation des séquences à des bases de données de référence.
o Gérer des bases de données de référence, en contribuant à leur enrichissement par de nouvelles séquences le cas échéant
o Mettre en place une démarche qualité de l’ensemble du processus de l’échantillonnage à l’analyse des données, dans le respect des principes F.A.I.R.
o Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d’activités
o Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité
Il/elle contribuera à la valorisation scientifique du projet.
o Rédiger des rapports d’expérience, d’études ou des notes techniques (cf. contribution aux rapports intermédiaires et finaux de projets + publications). Participation à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications.
o Transmission des connaissances et compétences.
o Contribuer à entretenir les bonnes relations établies pour le projet avec les acteurs de terrain (professionnels, institutionnels et scientifiques).
Connaissances transversales requises :
– Nomenclature, méthodes et outils d’identification (connaissance approfondie)
– Milieux marins côtiers (connaissance générale)
– Techniques d’échantillonnage de communautés benthiques (connaissance générale)
– Intérêt pour la taxonomie benthique
– Dynamique de la biodiversité
– ADN environnemental
– Cadre légal et déontologique
– Échantillonnage : législation
– Réglementation en matière d’hygiène et de sécurité
– Langue anglaise : B1 à B2
Savoir-faire :
– Utiliser les techniques d’échantillonnage (maîtrise)
– Adaptation d’un protocole de mise en œuvre d’instruments et d’analyses
– Réaliser des extractions d’ADN et d’amplification de marqueurs
– Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage).
– Réaliser des analyses bioinformatiques des données de métabarcoding (maitrise des logiciels spécifiques)
– Gérer une banque d’échantillons (maîtrise) et les métadonnées associées
– Encadrer / Animer une équipe
– Intérêt pour l’écologie de la conservation
Savoir-être :
– Bon relationnel (communication) et sens du travail en équipe
– Organisation, méticulosité et rigueur
– Sens du service public et du service à la communauté scientifique
– Créativité et enthousiasme pour le terrain
Un intérêt pour la plongée scientifique ainsi que la possession d’un certificat d’aptitude à l’hyperbarie (CAH) constitueront un plus au dossier.
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La date limite de candidature est fixée au 31 décembre 2025.
Les candidatures sont à adresser à Sciences-DRH-Candidatures@sorbonne-universite.fr, en copie à jcleclerc@sb-roscoff.fr.
Des auditions sont anticipées la semaine du 12 janvier 2026.
Voir aussi : https://choisirleservicepublic.gouv.fr/offre-emploi/ingenieur-d-etude-en-charge-d-identification-moleculaire-de-communautes-benthique-fh-ref-rpsi45–reference-2025-2115547/
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