Module ouvert aux étudiants en thèse afin de leur permettre d’avoir une introduction aux approches ‘omiques. La formation se déroulera courant Janvier 2026 (19-23 Janvier) sur Thonon les Bains (Unité CARRTEL).
Méthode pédagogique :
À travers ce module, vous aurez des cours magistraux (2h30 x 5), des travaux pratiques (14h30) et dirigés (3h) afin d’apprendre à caractériser une communauté microbienne aquatique de l’échantillonnage (terrain) à l’analyse des données de séquençage qu’ils génèreront eux même (Nanopore). Pendant ce cours d’une semaine, vous apprendrez des approches bioinformatiques pour analyser les données métagénomiques en incluant l’analyse des reads (taxonomique et fonctionnelle), leur assemblage, et comment construire des génomes assemblés par les métagenomes (MAGs). Ce cours pourra servir de base à vos futures analyses de données.
Programme des cours magistraux:
Les cours traiteront de notions de base en microbiologie environnementale (sur la diversité, les fonctions et les interactions des micro-organismes), de méthodes d’analyses des structures des communautés microbiennes (méthodes conventionnelles, biologie moléculaire, génomique microbienne et métagénomique) avec un focus sur la métagénomique environnementale.
Pré-requis :
Intérêt pour les microbes et pour découvrir la métagénomique
Pas besoin de savoir programmer mais un intérêt pour l’analyse de communauté microbienne via des approches ‘omiques.
Equipe pédagogique :
Nicolas Tromas Marine Vautier Cécile Chardon
Modalités d’inscription : Inscription en ligne (ADUM) obligatoire (contacter gestionnaire-codusmb.ddrv@univ-smb.fr)
https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3697365&site=l
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