Stage de Master (6 mois) – Microbiologie atmosphérique en haute altitude & transfert vers la neige/glace (Mont Blanc)
Dates : de janvier à juin 2026 (flexible)
Lieu : Institut des Géosciences de l’Environnement (Saint-Martin d’Hères, France)
Taches : Analyses en laboratoire et en bio informatique sur des échantillons atmosphériques collectés au sommet de l’Aiguille du Midi (massif du Mont Blanc) sous forme d’une série d’un an de filtres, chaque filtre correspondant à une semaine d’aspiration.
Financement : Gratification conforme à la réglementation en vigueur (3 690E total pour 6 mois)
Contexte & objectifs scientifiques:
Ce stage s’inscrit dans un projet visant à caractériser la dynamique des communautés microbiennes de l’atmosphère de haute altitude et leur transfert vers la cryosphère alpine. Le/la stagiaire exploitera 12 mois consécutifs de filtres atmosphériques hebdomadaires provenant du site de haute altitude et travaillera sur deux questions principales :
1. Évolution annuelle des communautés microbiennes atmosphériques de haute altitude (procaryotes, champignons et virus à ARN).
2. Fonction de transfert des microorganismes de l’atmosphère vers la neige/glace du Mont Blanc, en regard des séries temporelles déjà acquises par le laboratoire sur la même période.
Ce travail est hautement complémentaire des activités d’une doctorante du laboratoire, qui assurera la formation pratique du/de la stagiaire jusqu’à son autonomie.
Missions principales:
• Extraction : co extraction ADN/ARN à partir de filtres atmosphériques hebdomadaires.
• Analyses moléculaires : PCR/qPCR, préparation de librairies de séquençage (amplicons ou métagénomique), séquençage.
• Bio informatique : attribution taxonomique, attribution des fonctions métaboliques, analyses de diversité alpha/bêta, analyses saisonnières et ‘time series’, comparaison avec la neige et glace couvrant les mêmes périodes.
• Valorisation : rédaction d’un rapport, préparation de figures et d’une présentation pour l’équipe.
Profil recherché:
• Master 1/2 en microbiologie, biologie évolutive, sciences de l’environnement ou domaine connexe.
• Bases en techniques moléculaires et/ou forte motivation à s’y former rapidement.
• Code avec R et/ou Python
• Premières notions en analyse de séquences (par ex. QIIME2/DADA2, Kraken2/Bracken, ou équivalents).
• Goût pour le travail expérimental et numérique, rigueur, sens de l’organisation, autonomie progressive, esprit d’équipe.
• Lecture scientifique en anglais ; expression écrite/orale en français ou anglais.
Atouts appréciés (non obligatoires):
Expérience en co extraction ADN/ARN, viromique/ARN viral (RT qPCR, métatranscriptomique), analyses temporelles (modèles de séries), notions en trajectoires de masses d’air/HYSPLIT ou équivalent.
Nous favorisons un environnement de travail inclusif. Toutes les candidatures, indépendamment du genre, de l’origine, ou du handicap sont les bienvenues.
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