Encadrement : Martin Jeanmougin (MNHN, CESCO – Vigie-Nature) et Yves Bas (MNHN, CESCO – Vigie-Nature)
Structure d’accueil et lieu du stage : Le stage se déroulera au Muséum national d’Histoire naturelle au sein de l’équipe Vigie-Nature intégrée à l’UMR 7204 Centre d’écologie et des sciences de la conservation (CESCO).
Contexte :
Dans le cadre de la Stratégie Nationale de la Biodiversité, le programme de Surveillance Terrestre de la Biodiversité (STB) s’appuie sur des protocoles de sciences participatives pour mesurer l’état et l’évolution de la biodiversité. Le programme « Vigie-Nature » co-porté par le Muséum national d’Histoire naturelle et l’Office Français de la Biodiversité est ainsi largement mobilisé, en particulier à travers ses observatoires naturalistes comme le Suivi Temporel des Oiseaux Communs (STOC). Des outils statistiques de calcul en « routine » ont été développé au sein du CESCO pour obtenir des tendances populationnelles des espèces à l’échelle nationale, permettant de venir informer via des indicateurs l’Observatoire National de la Biodiversité. Néanmoins, le transfert de ces approches pour d’autres programmes de Vigie-Nature n’est pas évident, du fait de différences dans les protocoles et aussi d’un défaut de stratégies d’échantillonnage permettant une appropriation facilitée par les acteurs territoriaux de la conservation. « Combien de sites sont nécessaires pour obtenir une tendance significative ? Quel(s) type(s) d’habitat faut-il prioritairement échantillonner dans ce territoire ? » sont parmi les questions posées par les acteurs territoriaux et inhérentes à leur motivation à s’engager dans la participation.
Le stage se focalisera en premier lieu sur le cas du Suivi Temporel des Libellules (Steli), programme co-porté avec l’Office pour les insectes et leur environnement (Opie). Ce programme, intégré à la STB et au Plan National d’Action (PNA) pour les Libellules, nécessite un accompagnement des acteurs territoriaux et des animateurs des déclinaisons régionale du PNA pour sa mise en place e.g. en déterminant les stratégies d’échantillonnages les plus pertinentes à ces échelles.
Des méthodes statistiques basées sur des calculs de paramètres démographiques permettant de nourrir des simulations et des tests de puissances existent pour orienter ces stratégies d’échantillonnage. Le stage s’appuiera en particulier sur des travaux similaires appliqués sur les Outre-Mer pour le programme STOC. A ce jour, deux stages ont déjà exploré des outils statistiques permettant de proposer de nouvelles stratégies d’échantillonnages et des adaptations du protocoles aux contextes locaux.
Objectifs du stage :
L’objectif principal de ce stage est d’obtenir une méthode et un outil statistique appliqué d’évaluation et de définition de stratégies d’échantillonnage pour des programmes de sciences participatives. Plus précisément le ou la stagiaire sera chargé.e de :
1. Faire un état des lieux des données sur Steli et de leur utilisabilité dans le cadre de la « routine » de calcul développé au CESCO sur les tendances populationnelles des espèces des différents programmes de suivis Vigie-Nature
2. Identifier les stratégies d’échantillonnages territoriales pertinentes (sur la base de tests de puissance et de simulations) à mettre en place pour optimiser le calcul de tendances nationales à court et moyen terme
3. Proposer un outil statistique reproductible et évolutif adaptable à d’autres programmes de sciences participatives
Méthodologie :
Lors de ce stage, plusieurs approches statistiques seront appliquées (i) pour calculer de tendances temporelles de populations d’espèces via des régressions linéaires type GLM ou via des GAM avec effets aléatoires (modèles mixtes) et (ii) pour définir les stratégies d’échantillonnages en fonction de divers scénarios via des simulations de récoltes de données sur différents territoires et des tests de puissance pour s’assurer de la significativité de ces scénarios.
Les analyses se baseront sur les travaux et données préexistantes des programmes de Vigie-Nature pour élaborer des scénarios crédibles. L’ensemble des analyses de données se déroulera sur le logiciel R.
Compétences requises :
Stagiaire de niveau Master 2 en statistiques appliquées ou en écologie avec une forte appétence pour l’analyse de données. L’étudiant.e devra pouvoir mobiliser rapidement des outils statistiques fréquentistes univariés (e.g. modèle mixte) ainsi que des outils d’analyses spatiales, de manipulation et de visualisation avec le logiciel R. Une attention particulière sera portée quant à la reproductibilité et aux bonnes pratiques de codage (e.g. via Git). Des connaissances en écologie/biodiversité, en analyses spatiales ou sur les sciences participatives sont un plus.
Déroulé et perspectives :
Après une phase de nettoyage et filtrage des données du Steli, le stagiaire estimera les paramètres d’occurrence, d’abondance et de variances temporelles et spatiales pour nourrir un modèle de simulation. Il conduira les analyses de tendances temporelles sur ces données simulées en utilisant la routine de calcul développé au CESCO. Sur cette base, il explorera les différents scénarios statistiques envisageables pour des stratégies d’échantillonnage territorialisées et proposera un outil sous R reproductible et évolutif. En complément et selon le temps disponible, il sera possible d’étendre les analyses en miroir sur d’autres programmes de science participative ayant chacun leurs spécificités comme le Suivi Temporel des Rhopalocères de France (STERF), Vigie-Flore ou Vigie-Chiro.
Durée du stage : 6 mois
L’étudiant.e sera dans une équipe dynamique et en interaction avec plusieurs chercheurs et chargé.es de projet issus de différentes avec des points réguliers hebdomadaires. Le ou la stagiaire aura également l’opportunité de participer à l’animation scientifique du CESCO, ainsi qu’aux formations de sciences participatives organisées par Vigie-Nature.
Date de début souhaitée : Janvier 2024
Modalités de candidature : CV et lettre de motivation à envoyer à martin.jeanmougin@mnhn.fr et yves.bas@mnhn.fr avant le 19/11/2025.
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