La cistude d’Europe (Emys orbicularis), une des deux tortues d’eau douce en France, est menacée par de nombreux facteurs d’origine anthropique. Le PNA cistude en cours reconnaît que les enjeux de conservation en France incluent l’acquisition de connaissances scientifiques, notamment sur le fonctionnement des populations et la question de la dispersion des individus. La structure des populations de cistude a déjà été étudiée par des approches de génétique des populations (e.g. Ciofi et al. 2017, Fay et al. 2023, Mikulíček et al. 2024), mais les effets potentiellement contrastés de la connectivité aquatique n’ont pas encore été évalués chez cette espèce. L’objectif du stage est d’évaluer et de comprendre la structure génétique des populations de cistude d’Europe en lien avec la connectivité aquatique dans les paysages de la Brenne (Région Centre-Val de Loire), une région caractérisée par des chaînes d’étangs mais aussi un réseau dendritique de cours d’eau. Les analyses se baseront sur des échantillons d’ADN collectés en 2024 et 2025 par écouvillonnage buccal sur près de 300 individus. Les individus seront génotypés à une dizaine de marqueurs microsatellites déjà mis au point et communément utilisés chez la cistude. Les analyses devront déterminer le niveau de connectivité des populations et le rôle de la connectivité aquatique (rivières, chaînes d’étang) sur la structure des populations. Il s’agira notamment de déterminer si les cours d’eau constituent une barrière pour les populations situées de part et d’autre. Les résultats contribueront à comprendre l’effet du paysage sur les populations de cistude d’Europe et guideront localement les mesures de conservation de l’espèce.
Références bibliographiques :
Ciofi C. et al. (2017) Patterns of gene flow along linear habitats: population genetics of the European pond turtle (Emys orbicularis) in floodplain ponds. Biological Journal of the Linnean Society 120, 945–960. https://doi.org/10.1093/biolinnean/blw008
Fay R. et al. (2023). Direct and indirect estimates of dispersal support strong juvenile philopatry and male-biased dispersal in a freshwater turtle species (Emys orbicularis). Freshwater Biology, 00, 1–12. https://doi.org/10.1111/fwb.14171
Mikulíček P. et al. (2024) Population genetic structure of the European pond turtle (Emys orbicularis) at the northern edge of the Pannonian Basin. Conservation Genetics 25, 1065–1078 (2024). https://doi.org/10.1007/s10592-024-01624-8
Missions du stagiaire :
Analyse des échantillons biologiques (extractions d’ADN, test des multiplexes de marqueurs microsatellites, PCR, lecture des génotypes individuels)
Analyse de la diversité génétique et de la structure des populations, extraction de métriques paysagères (SIG) et couplage des deux sources de données.
Analyse statistique sous R et interprétation des résultats
Rédaction d’un rapport de stage
Profil recherché :
Étudiant.e en Master 2 en écologie ou disciplines proches.
Intérêt pour l’écologie de la conservation et l’écologie moléculaire
Compétences en SIG et en analyses statistiques sous R
Connaissances en génétique des populations ; connaissances en herpétologie ou en écologie du paysage appréciées
Capacité à travailler en équipe et en autonomie, rigueur de travail
Compétences rédactionnelles
Encadrement et conditions :
• Stage co-encadré par l’association Epiméthée (Frédéric Beau) et l’UMR Ecobio (CNRS/Université de Rennes, Jean-Marc Paillisson et Nadège Belouard)
• Durée : 6 mois, date de démarrage de stage flexible entre janvier et mars 2026
• Localisation : Rennes
• Indemnités selon réglementation en vigueur
Modalités de candidature :
Envoyer une lettre de motivation, un CV et le rapport de stage de M1 aux trois encadrants, et mentionner en objet « Stage génétique des populations Cistude ». Date limite de candidature : 16/11/2025.
Commentaires récents