Sujet développé :
L’érosion de la biodiversité est un élément marquant de ces derniers siècles, dont les liens avec les activités humaines ont été établies (Ceballos et al., 2015). Parmi elles, on retrouve l’introduction d’espèces exotiques envahissantes (EEE) qui menacent les espèces natives par le biais de plusieurs mécanismes écologiques : compétition (in)directe pour une ressource, prédation ou encore modification des dynamiques de transmission d’agents infectieux (Baker et al., 2024). Ce dernier mécanisme se voit toutefois peu étudié malgré les conséquences préoccupantes, en particulier en milieu insulaire. A Hawaï, l’introduction de la malaria aviaire et la compétence des hôtes exotiques (à la fois de l’insecte vecteur et des hôtes aviaires) ont conduits à l’extinction de près d’une vingtaine d’espèces d’oiseaux (van Riper et al., 1986). Ces évènements soulèvent des questions sur les communautés insulaires dominées par les espèces exotiques, comme sur l’île de La Réunion.
L’île de La Réunion, située dans le sud-ouest de l’océan Indien, est une île tropicale dont la colonisation très récente par l’Homme (environ 400 ans) a entraîné un déclin marqué de la biodiversité, notamment de l’avifaune (Cheke, 1987 ; Barré and Barau, 2005). Conjointement à ces extinctions massives, de nombreuses espèces d’oiseaux terrestres ont été introduites. Sur un ensemble de 36 espèces terrestres nicheuses, on dénombre 23 exotiques (Safford et al., 2013). Cette forte proportion d’espèces exotiques constitue donc potentiellement une menace épidémiologique pour les populations d’oiseaux natives. Les connaissances sur les agents infectieux des espèces d’oiseaux terrestres de La Réunion sont cependant limitées, mais des études récentes ont mis en évidence la présence d’Astrovirus chez plusieurs hôtes de la faune sauvage, dont le Pigeon domestique Columba livia (Leong et al., 2025) et le Busard de maillard Circus maillardi (Lebarbenchon et al., en préparation).
Les Astroviridae (=famille) sont des virus à ARN (simple brin), et se divise en deux genres : les Mamastrovirus chez les mammifères (MAstV), et Avastrovirus (AAstV) chez les oiseaux (Guix et al., 2013). Ces virus ont un taux de mutation et de recombinaison élevé, et se transmettent à une large gamme d’hôtes, contribuant ainsi à leur variabilité génétique. De plus, ne possédant pas d’enveloppe lipidique fragile, ils se maintiennent pendant de longues périodes dans l’environnement (Mendenhall et al., 2015 ; Wohlgemuth et al., 2019). Bien que la pathogénicité des Astrovirus ne soit pas très bien connue chez les oiseaux sauvages, les Avastrovirus sont associés à des maladies entérites, causant par exemple des néphrites chez les poules et les dindes (Imada, 2000 ; Jindal et al., 2010) et des hépatites chez les canards (Fu et al., 2009). Malgré les possibilités de retombées abondantes des virus de cette famille, ils figurent parmi les virus entériques à ARN les moins étudiés (Cortez et al., 2017).
En s’appuyant sur les récents travaux réalisés (Leong et al., 2025), il est probable que plusieurs espèces d’oiseaux de La Réunion sont porteuses d’Astrovirus. Les objectifs de ce stage sont donc de :
1) déterminer la diversité des Astrovirus chez les différentes espèces d’oiseaux exotiques et natives
2) évaluer les différences de prévalences entre les espèces, les types d’habitat et les zones géographiques
3) en fonction du temps disponible, détecter les phénomènes de transmission inter-espèces.
Pour répondre à ces questions, différentes campagnes de terrain ont eu lieu entre 2023 et 2025 sur toute l’île, ayant permis de collecter près de 3000 échantillons cloacaux sur 25 espèces d’oiseau différentes, le long d’un gradient altitudinal et d’habitat.
Méthodologie / Methodology :
La présence d’Astrovirus sera recherchée par PCR en amplifiant le gène RdRp (Chu et al. 2008; Lebarbenchon et al. 2017). Un lot d’échantillons a déjà été traité et en conséquence il reste un total de 2175 échantillons à analyser par PCR à partir d’ADNc déjà disponibles. Les échantillons positifs seront séquencés par la méthode de Sanger (Genoscreen, France) et les séquences seront ensuite nettoyées et alignées sur le logiciel Geneious. Les analyses phylogénétiques seront réalisées sur le logiciel PhyML et les analyses statistiques sur le logiciel R.
Organisme d’accueil / Hosting institution :
UMR Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT)
Maître de stage (nom, prénom, email, téléphone) / Supervisor :
Zéba VALLY : zeba.vally@ird.fr
Encadrement des stagiaires (si différent du Maître de stage) co-supervisor (if relevant) :
Camille LEBARBENCHON – UMR PIMIT
Alexandre VILLERS – OFB
Planning prévisionnel / provisional schedule :
Janvier-Février : Synthèse bibliographique.
Février-Mars : manipulations des échantillons au laboratoire et nettoyage des séquençages.
Avril – Mai : Analyse des données.
Mai – Juin : Rédaction et soutenance du mémoire de master 2.
Perspective de thèse et type de financement le cas échéant / Is this subject susceptible to be followed by a Ph-D project ?:
Non.
Information complémentaire / Any additional information :
Profil recherché :
– Régulièrement inscrit en Master 2 ou en Ecole d’ingénieur.
– Connaissances en écologie et biologie moléculaire.
– Intérêt pour les manipulations au laboratoire (PCR) et l’analyse de données phylogénétiques.
– Aisance avec le logiciel R.
– Anglais lu.
Indemnité selon la loi en vigueur.
Ordinateur portable requis.
Que ce soit par l’intermédiaire de transports en commun ou par le biais de son véhicule personnel, les frais de déplacements du stagiaire pour venir sur son lieu de stage seront à sa charge.
Les candidatures (CV + LM) pour le stage sont à envoyer avant le 15 Novembre 2025 à l’adresse mail suivante : zeba.vally@ird.fr
Références bibliographiques / References :
Baker, J., Harvey, K.J., French, K., 2014. Threats from introduced birds to native birds. Emu – Austral Ornithology 114, 1–12. https://doi.org/10.1071/MU12122
Barré, N., Barau, A., 2005. Oiseaux de la Réunion, 2. éd. ed. Editions Orphie, Réunion.
Ceballos, G., Ehrlich, P.R., Barnosky, A.D., García, A., Pringle, R.M., Palmer, T.M., 2015. Accelerated modern human–induced species losses: Entering the sixth mass extinction. Sci. Adv. 1, e1400253. https://doi.org/10.1126/sciadv.1400253
Cheke, A.S., 1987. An ecological history of the Mascarene Islands, with particular reference to extinctions and introductions of land vertebrates, in: Diamond, A.W. (Ed.), Studies of Mascarene Island Birds. Cambridge University Press, pp. 5–89. https://doi.org/10.1017/CBO9780511735769.003
Chu, D.K.W., Poon, L.L.M., Guan, Y., Peiris, J.S.M., 2008. Novel Astroviruses in Insectivorous Bats. J Virol 82, 9107–9114. https://doi.org/10.1128/JVI.00857-08
Cortez, V., Meliopoulos, V.A., Karlsson, E.A., Hargest, V., Johnson, C., Schultz-Cherry, S., 2017. Astrovirus Biology and Pathogenesis. Annu. Rev. Virol. 4, 327–348. https://doi.org/10.1146/annurev-virology-101416-041742
Guix, S., Bosch, A., Pintó, R.M., 2012. Astrovirus Taxonomy, in: Schultz-Cherry, S. (Ed.), Astrovirus Research. Springer New York, New York, NY, pp. 97–118. https://doi.org/10.1007/978-1-4614-4735-1_6
Imada, T., Yamaguchi, S., Mase, M., Tsukamoto, K., Kubo, M., Morooka, A., 2000. Avian Nephritis Virus (ANV) as a New Member of the Family Astroviridae and Construction of Infectious ANV cDNA. J Virol 74, 8487–8493. https://doi.org/10.1128/JVI.74.18.8487-8493.2000
Jindal, N., Patnayak, D.P., Chander, Y., Ziegler, A.F., Goyal, S.M., 2010. Detection and molecular characterization of enteric viruses from poult enteritis syndrome in turkeys. Poultry Science 89, 217–226. https://doi.org/10.3382/ps.2009-00424
Lebarbenchon, C., Ramasindrazana, B., Joffrin, L., Bos, S., Lagadec, E., Le Minter, G., Gomard, Y., Tortosa, P., Wilkinson, D.A., Goodman, S.M., Mavingui, P., 2017. Astroviruses in bats, Madagascar. Emerging Microbes & Infections 6, 1–3. https://doi.org/10.1038/emi.2017.474
Leong, R., Hoarau, A.O.G., Carcauzon, V., Köster, M., Dietrich, M., Tortosa, P., Lebarbenchon, C., 2025. High astrovirus diversity in an endemic bat species suggests multiple spillovers from synanthropic rodents and birds. J Virol 99, e01357-24. https://doi.org/10.1128/jvi.01357-24
Mendenhall, I.H., Smith, G.J.D., Vijaykrishna, D., 2015. Ecological Drivers of Virus Evolution: Astrovirus as a Case Study. J Virol 89, 6978–6981. https://doi.org/10.1128/JVI.02971-14
Safford, R., Hawkins, F., Gale, J., Small, B., Safford, R., 2013. The Malagasy Region, The Birds of Africa. Christopher Helm, London.
van Riper, C., van Riper, S.G., Goff, M.L., Laird, M., 1986. The Epizootiology and Ecological Significance of Malaria in Hawaiian Land Birds. Ecological Monographs 56, 327–344. https://doi.org/10.2307/1942550
Wohlgemuth, N., Honce, R., Schultz-Cherry, S., 2019. Astrovirus evolution and emergence. Infection, Genetics and Evolution 69, 30–37. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2019.01.009
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