Titre du stage :
Étude des populations de bœufs musqués au Nunavik par une approche de génétique des populations
Contexte :
Le bœuf musqué (Ovibos moschatus) est un grand herbivore du Haut-Arctique canadien et du Groenland. Il n’est pas endémique du Québec ; aucune trace fossile n’y a été retrouvée (Banfield, 1975). En 1967, quinze bœufs musqués ont été introduits dans le nord du Québec (baie d’Ungava) à des fins d’élevage pour le qiviut, la laine de bœuf, par les communautés inuites. À la suite de la fermeture de la ferme, 54 animaux ont été relâchés progressivement entre 1973 et 1983 dans les environs de Kuujjuaq et de Tasiujaq (Le Hénaff & Crête, 1989). Depuis, la population a connu une forte croissance, avec au moins 4500 individus dans la région de la baie d’Ungava et 2500 individus dans la région de la baie d’Hudson (Ministère de l’Environnement du Québec, 2019-2020).
L’histoire démographique du bœuf musqué est marquée par des cycles de goulots d’étranglement et d’expansions, laissant une empreinte génétique notable. Les populations récentes introduites, comme celle du Québec, ont émergé à partir de très faibles effectifs fondateurs. Malgré cela, la population mondiale est en expansion et semble en bonne santé, faisant du bœuf musqué un modèle idéal pour étudier les effets de l’histoire démographique et de l’effet fondateur sur la diversité génétique.
Dans ce contexte, on peut s’interroger sur la situation actuelle de la population du Québec qui a connu un effet fondateur fort avec seulement 54 animaux fondateurs issus d’une population native faiblement diversifiée, pour arriver à une taille de population totale estimée à plus de 10 000 individus. A ce jour, aucune étude génétique n’a été menée sur les populations de bœufs musqués du Québec ; nous n’avons aucune connaissance de la structure génétique des populations actuelles, ni sur leurs niveaux de diversité génétique.
Objectifs du stage :
L’objectif principal de ce stage est de combler le manque de connaissances sur la structure et la diversité génétique des populations de bœufs musqués du Québec. Les questions de recherche principales sont :
1. Structure populationnelle et spatialisation de la différenciation
o Valider la structure de la population et quantifier la différenciation génétique entre les populations de l’Ungava et de l’Hudson.
o Tester l’hypothèse d’isolement par la distance à l’échelle individuelle pour déterminer l’échelle spatiale à laquelle les flux effectifs s’opèrent.
2. Quantification de la diversité génétique et effet fondateur
o Estimer le niveau de diversité génétique des populations introduites et tester l’impact de l’effet fondateur sur la population de la baie d’Hudson par rapport à l’Ungava.
o Évaluer le degré d’apparentement et la taille effective de la population (Ne), et vérifier l’absence de dépression de consanguinité malgré la faible diversité.
Approche méthodologique :
• Les analyses se baseront sur les échantillons collectés par le ministère de l’Environnement du Québec et le programme Caribou Ungava, Université Laval (2017–2024, N=159 : 108 Ungava, 51 Hudson).
• Tous les individus ont été génotypés selon une approche genotyping-by-sequencing (ddRADSeq) et alignés sur un génome de référence.
Profil recherché :
• Étudiant·e en Master 2 en écologie, biologie évolutive, génétique, bioinformatique ou disciplines proches.
• Intérêt pour l’écologie arctique, la génétique des populations et l’approche intégrative.
• Compétences de base en analyse génétique, bioinformatique et statistiques souhaitées.
• Goût pour l’analyse de données et l’interprétation écologique.
Encadrement et conditions :
• Stage encadré au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA, Université Savoie Mont Blanc), en collaboration avec un réseau de chercheurs internationaux travaillant sur les mammifères arctiques.
• Durée : 6 mois (janvier – juin 2026).
• Localisation : Le Bourget-du-Lac et Grenoble.
• Indemnités selon réglementation en vigueur.
Perspectives :
Ce stage permettra au/à la stagiaire d’acquérir une solide expérience en génétique des populations, bioinformatique et écologie évolutive, dans un cadre international. Les résultats contribueront à mieux comprendre la dynamique des populations de bœufs musqués introduites et fourniront des outils pour la gestion de cette espèce en expansion.
Modalités de candidature :
Soumettre une lettre de motivation et un CV complet incluant les relevés de notes de licence et M1 par courriel à Glenn Yannic avant le 14 novembre 2024. (Début du stage le 5 janvier 2026)
Contact :
Glenn Yannic
Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA)
Université Savoie Mont Blanc
Le Bourget-du-Lac, France
Tél : 04 79 75 88 65
Email : glenn.yannic@univ-smb.fr
References
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– Cuyler C, Rowell J, Adamczewski J, Anderson M, Blake J, Bretten T, et al. (2020). Muskox status, recent variation, and uncertain future. Ambio 49: 805–819.
– Hansen CCR, Hvilsom C, Schmidt NM, Aastrup P, Van Coeverden de Groot PJ, Siegismund HR, et al. (2018). The Muskox Lost a Substantial Part of Its Genetic Diversity on Its Long Road to Greenland. Current Biology 28: 4022-4028.e5.
– Le Hénaff D, Crête M (1989). Introduction of muskoxen in northern Quebec: the demographic explosion of a colonizing herbivore. Canadian Journal of Zoology: 1102–1105.
– Pečnerová P, Lord E, Garcia-Erill G, Hanghøj K, Rasmussen MS, Meisner J, et al. (2024). Population genomics of the muskox’ resilience in the near absence of genetic variation. Molecular Ecology 33: e17205.
– Peterson BK, Weber JN, Kay EH, Fisher HS, Hoekstra HE (2012). Double digest RADseq: an inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species. Plos One 7.
– Prewer E, Kutz S, Leclerc LM, Kyle CJ (2020). Already at the bottom? Demographic declines are unlikely further to undermine genetic diversity of a large Arctic ungulate: muskox, Ovibos moschatus (Artiodactyla: Bovidae). Biological Journal of the Linnean Society 129: 459–469.
– Prewer E, Kutz S, Leclerc L-M, Kyle CJ (2022). Draft Genome Assembly of an Iconic Arctic Species: Muskox (Ovibos moschatus). Genes (Basel) 13.
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