Contexte
En Europe, l’interdiction progressive des pesticides et l’apparition de résistances aux insecticides favorisent l’augmentation des maladies virales transmises par les insectes dans les agroécosystèmes. Plus de 75 % des virus de plantes sont véhiculés par des insectes vecteurs, responsables d’environ un tiers des pertes agricoles mondiales. Ces problématiques sont amplifiées par le changement climatique, qui favorise la survie et la dispersion des vecteurs.
La betterave à sucre illustre bien ces enjeux : depuis l’interdiction des néonicotinoïdes, les épidémies de jaunisse virale se multiplient. Cette jaunisse est causée par plusieurs virus transmis par des pucerons, notamment Myzus persicae (puceron vert du pêcher) et Aphis fabae (puceron noir de la fève). Si les deux espèces infestent la betterave, leurs relations à la plante diffèrent : A. fabae s’y installe durablement, tandis que M. persicae, bien que ne colonisant pas la plante de façon stable, est reconnu comme le principal vecteur des virus responsables de la jaunisse.
La coexistence de ces deux espèces soulève une question clé : la présence préalable d’une espèce colonisatrice influence-t-elle le comportement de l’autre espèce, et donc indirectement la dynamique de transmission virale ? Des travaux sur des modèles proches ont montré que des pré-infestations con- ou hétérospécifiques pouvaient modifier les comportements de « probing » (piqures tests), d’alimentation et d’installation des pucerons (ten Broeke et al. 2017, 10.1007/s11829-017-9530-8), ainsi que certains traits physiologiques (survie, reproduction) (Messina et al. 2002, 10.1046/j.1570-7458.2002.00956.x). Toutefois, leurs implications pour les dynamiques de transmission virale restent encore mal comprises.
Objectifs du stage
• Évaluer l’impact de la présence d’une espèce de puceron (pré-infestation) sur les réponses comportementales de l’autre.
• Étudier l’effet des densités relatives et de l’ordre d’arrivée des pucerons sur ces interactions.
• Contribuer à une meilleure compréhension des interactions plantes–insectes et des mécanismes comportementaux modulant les risques épidémiques en cultures.
VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS
Vous serez accueilli(e) au sein de :
UMR 1131 Santé de la Vigne et Qualité du Vin (SVQV),
INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’alimentation et l’Environnement),
28, rue de Herrlisheim 68000 Colmar
https://www6.colmar.inrae.fr/svqv
Un séjour de quelques jours est également prévu à l’Institut Sophia Agrobiotech (Sophia-Antipolis) afin de vous former aux méthodes d’annotation et d’analyse automatique de vidéos par intelligence artificielle.
Le/La stagiaire utilisera un système de vidéo-phénotypage permettant le suivi des comportements des pucerons sur disques foliaires placés en plaques multi-puits. Dans un second temps, il/elle pourra contribuer à l’adaptation du dispositif pour travailler sur des feuilles entières, voire sur des plantes entières, afin de se rapprocher de conditions plus réalistes et de tester la robustesse des résultats obtenus.
Les expériences consisteront à :
• Mettre en place expérimentalement des combinaisons de pré-infestation mono- et bi-spécifiques, en variant les densités et les ordres d’arrivée.
• Enregistrer des vidéos de ces expériences, les analyser et reconstruire les déplacements et comportements à l’aide d’un pipeline d’intelligence artificielle de suivi multi-objets (TrichTrack ; Pani et al. 2021, 10.1109/AVSS52988.2021.9663814 ; en collaboration avec l’ISA de Sophia Antipolis).
• Analyser statistiquement les données générées afin de comparer les mouvements et les comportements de dispersion/installation entre modalités.
• (Optionnel) Réaliser des enregistrements EPG (Electrical Penetration Graph) pour analyser le comportement alimentaire de M. persicae sur des plantes pré-infestées par A. fabae et/ou des conspécifiques, et évaluer leur succès de transmission.
LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS
• Formation recommandée : Étudiant·e en Master 2 ou Ingénieur.e Agronome à la recherche d’un stage de fin d’études (écologie, entomologie, éthologie, ou disciplines proches).
• Intérêt marqué pour la biologie/écologie des interactions plantes-insectes.
• Bonnes compétences expérimentales (travail en conditions contrôlées, manipulation d’insectes…).
• Attrait pour et/ou familiarité avec l’analyse de données comportementales (vidéos, trajectoires…) et leur traitement statistique (R, Python ou équivalents).
• Autonomie, rigueur et goût pour le travail en équipe.
Type de contrat : Stage – Césure
Durée du contrat : 4 – 6 mois
Date d’entrée en fonction : Janvier-Mars 2025
Rémunération : Gratification selon la réglementation en vigueur
Transmettre une lettre de motivation et un CV à :
Quentin CHESNAIS (Chargé de Recherche) et Vincent CALCAGNO (Directeur de Recherche)
• Par e-mail : quentin.chesnais@inrae.fr ; vincent.calcagno@inrae.fr
• Date limite pour postuler : 31/10/2025
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