French version below
Microbial biostimulants for agriculture are an increasingly successful alternative to pesticides. One of
the projects of the “Functions and Evolution of the Plant Holobiont” team consists of conducting an
experimental evolution study over several generations of plants (tomato). The aim is not to evolve
the plant itself, but rather the rhizosphere microbiota, in order to enhance its ability to improve plant
resistance to drought. After selecting these microbiota by inoculating the best-performing ones into
a new generation of plants, we will determine the mechanism by which the microbiota improved
drought resistance by testing four hypotheses: (1) a modification of root architecture leading to
improved uptake of (1a) water or (1b) nutrients; (2) increased biofilm production within the
rhizosphere; and/or (3) changes in the profile of rhizosphere metabolites. High-throughput
sequencing approaches on rhizosphere microbiomes will enable to characterize the evolution of their
structure and link it with plant phenotypes under water deficit conditions. The combination of
expertise in ecology, microbiology, and plant ecophysiology will allow to address microbiota selection
in a functional manner. This knowledge will help reveal which plant traits are most relevant for
plant–microbe interactions.
The specific objectives of the Master’s internship will be to (i) carry out the experimental work, (ii)
determine whether selection occurred (statistical analyses: GLM, GAM), (iii) extract DNA and perform
sequencing to analyze the selected microbial communities (multivariate analyses). Applicants should
demonstrate a good understanding of the project’s objectives and working hypotheses, a strong
interest in plant and microbial experimentation under controlled conditions, as well as motivation for
data acquisition and statistical analysis.
The internship will take place at INRAE Dijon, within the UMR Agroécologie, MICSOL division. The
internship will be compensated according to current regulations (about €670/month for 6 months).
Applicants must send a cover letter and a CV before the end of November to the email addresses
mentioned above
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Projet : Sélection de microbiotes améliorant la résistance des plantes à la sécheresse
Acronyme : SELSEC
Durée : 6 mois
Coordination : Manuel BLOUIN (Professeur à l’Institut Agro Dijon), Dirk Redecker (Professeur à
l’université Bourgogne Europe)
E-mail : manuel.blouin@agrosupdijon.fr ; dirk.redecker@inrae.fr
Les biostimulants microbiens pour l’agriculture sont une alternative aux pesticides qui rencontrent un
succès grandissant. Un des projets de l’équipe « Fonctions et Evolution de l’Holobionte Végétal »
consiste à réaliser une expérience d’évolution expérimentale, sur plusieurs générations de plantes
(tomate). L’objectif est de faire évoluer non pas la plante mais le microbiote rhizosphérique, afin
d’améliorer sa capacité à rendre la plante plus résistante à la sécheresse. Après avoir sélectionné ces
microbiotes par inoculation des plus performants à une nouvelle génération de plantes, nous
déterminerons le mécanisme par lequel le microbiote a amélioré la résistance à la sécheresse, en
testant quatre hypothèses : (1) une modification de l’architecture racinaire pouvant conduire à une
amélioration des prélèvements (1a) d’eau ou (1b) de nutriments ; (2) une production accrue de biofilm
au sein de la rhizosphère et/ou (3) une modification du profil des métabolites rhizosphériques. Des
approches de séquençage à haut débit sur les microbiotes rhizosphériques permettrons de
caractériser l’évolution de leur structure et de les mette en relation avec le phénotype des plantes en
condition de déficit hydrique. La mise en commun d’expertise en écologie, microbiologie et
écophysiologie végétale permettra d’appréhender la sélection d’un microbiote de manière
fonctionnelle. Ces connaissances permettront de révéler quels sont les traits végétaux sur lesquels les
interactions plantes-microorganismes présentent le plus d’intérêt.
L’objet spécifique du stage de M2 sera de i) réaliser l’expérimentation, ii) déterminer si la sélection
(analyses statistiques : GLM, GAM), (iii) extraction de l’ADN et séquençage pour analyse des
communautés microbiennes sélectionnées (analyses multivariées). Les candidats désireux de postuler
devront montrer une bonne compréhension des enjeux et des hypothèses de travail posées, montrer
une forte appétence pour l’expérimentation végétale et microbienne en condition contrôlées, avoir de
l’attrait pour l’acquisition et l’analyse statistique des données.
Le stage se déroulera à l’INRAe de Dijon, au sein de l’UMR Agroécologie, pôle MICSOL. Le stage fera
l’objet de la gratification en vigueur (soit environ 670 euros/mois pour 6 mois).
Les candidats doivent envoyer une lettre de motivation et un CV avant la fin novembre aux adresses
emails mentionnées ci-dessus.Project: Selection of microbiomes improving plant resistance to drought
Acronym: SELSEC
Duration: 6 months
Coordination: Manuel BLOUIN (Professor at Institut Agro Dijon), Dirk Redecker (Professor at
Université Bourgogne Europe)
E-mail: manuel.blouin@agrosupdijon.fr ; dirk.redecker@inrae.fr
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