L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 270 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et en écologie-environnement. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous exercerez votre activité au sein du département Santé Animale de l’UMR ASTRE au CIRAD. L’objectif de l’UMR est d’améliorer la santé animale, la santé publique et la sécurité alimentaire au Sud, notamment dans le cadre des changements globaux et des transitions des socio-écosystèmes. L’enjeu majeur est de développer une approche intégrative de la santé : inter-sectorialité et interdisciplinarité autour de l’animal, de l’écosystème et du territoire, dans le cadre des approches One Health et EcoHealth.
Votre mission consistera à travaillera sur des communautés de chauves-souris utilisant des grottes situées le long d’un gradient d’anthropisation au sein de régions tropicales historiquement riches en biodiversité. Le projet s’intégrera dans le projet BCOMING (https://bcoming.eu/) qui cherche à comprendre l’émergence de maladies infectieuses et le lien entre biodiversité et santé humaine, dont les données sont en cours de récolte suivant un protocole standardisé dans plusieurs points chauds de biodiversité : Cambodge d’une part (Cappelle et al., 2021) et Guinée et Congo d’autre part (Labadie et al., 2024). Des données de pièges caméra, données acoustiques et ADN environnemental seront utilisées.
Dans le cadre du projet BCOMING, des données standardisées sont récoltées au niveau de plusieurs régions tropicales afin de comprendre les mécanismes qui sous-tendent l’impact de la biodiversité sur le risque d’émergence de maladies infectieuses. Dans ce contexte, trois environnements seront étudiés dans le cadre de la thèse :
– Agroécosystèmes autour et au sein de grottes situées au Cambodge où les paramyxovirus, autres coronavirus et trématodes y sont étudiés. L’utilisation des grottes, le taux de perturbations au sein des grottes et la qualification des activités au sein des grottes et en dehors des grottes y a été mesurée à l’aide de pièges caméras et de détecteurs bioacoustiques. La prévalence et l’incidence des différents agents pathogènes y sont mesurées à travers les récoltes de guano sur le sol de grottes.
– Agroécosystèmes autour et au sein de grottes situées en Guinée : des données similaires ont été récoltées au sein de grottes en Guinée.
– Agroécosystèmes autour et au sein de grottes situées au Congo : des données similaires ont été récoltées au sein de grottes au Congo.
En mettant en place un cadre standardisé de combinaison et d’analyses de données de pièges caméras, de données acoustiques et d’ADN environnemental, votre thèse permettra une approche intégrative (données hétérogènes à différentes résolution spatiale et temporelle) et multi-échelle (locale au sein de la grotte et à l’échelle du paysage).
Vos objectifs se décomposeront en trois questions principales :
– Question 1 : comment la biodiversité d’hôtes varie-t-elle le long d’un gradient d’anthropisation ?
– Question 2 : les perturbations anthropiques locales et ponctuelles ont-elles un effet notoire sur la présence et l’activité des espèces hôtes réservoirs
– Question 3 : la variation de circulation des agents pathogènes dans les communautés animales est-elle expliquée par la variation en biodiversité de ces communautés ?
Formation et compétences recherchées
Formation recommandée : Niveau Bac +5 (diplôme de Master 2 ou d’ingénieur, ou équivalent) dans le domaine de l’écologie de la faune sauvage, écologie statistique, ou écologie de la santé.
Connaissances souhaitées : écologie des communautés, écologie des chauves-souris, épidémiologie, biodiversités des régions tropicales.
Expérience appréciée : Utilisation et analyses de pièges caméras et données acoustiques, modèles statistiques, épidémiologie, publications scientifiques.
Aptitudes recherchées : autonomie, travail en équipe, rigueur, aisance relationnelle, capacité rédactionnelle, encadrement d’étudiants en stage.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
– jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
– d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
– de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
– d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
– de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
– d’activités sportives et culturelles ;
– d’une restauration collective.
Modalités d’encadrement: Encadrement Julie Louvrier (ASTRE, Montpellier)
Direction: Julien Cappelle (ASTRE, Montpellier) et Olivier Gimenez (CEFE, Montpellier)
Modalités d’accueil
Nom de l’unité d’accueil : INRAE – UMR ASTRE
Code postal + ville du lieu d’exercice : 34980 Montferrier-sur-Lez
Type de contrat : CDD
Durée du contrat : 36 mois
Date d’entrée en fonction : 01/10/2025
Rémunération : 2 200 € mensuels brut selon grille de salaire d’INRAE
Modalités pour postuler
Merci de transmettre une lettre de motivation et un CV.
Par e-mail : julie.louvrier@inrae.fr
Date limite pour postuler : 25/06/2025
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