Titre du stage : Traits d’histoire de vie et interactions interspécifiques entre le nématode du pin, son espèce sœur, et un champignon pathogène
Type de stage : Master 2, césure ou dernière année d’école d’ingénieur
Dates de stage : De janvier/février à juin/juillet 2026 (6 mois)
Gratification : environ 600€ par mois
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Encadrement :
– Yannis Clavier, doctorant UMR BIOGECO,
– Méline Saubin, chargée de recherche INRAE, UMR BIOGECO, Équipe GEMFOR,
– Laure Villate, maîtresse de conférences Univ Bordeaux, UMR BIOGECO, Équipe ECOGERE.
Lieu : UMR BIOGECO – INRAE Cestas Pierroton / Univ Bordeaux (bâtiment B2) et Plateforme EMERGREEN (INRAE Villenave d’Ornon)
Candidature : envoyer CV + lettre de motivation au plus tard le 14 novembre à :
yannis.clavier@u-bordeaux.fr, meline.saubin@inrae.fr et laure.villate@u-bordeaux.fr
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Contexte scientifique
Le nématode du pin Bursaphelenchus xylophilus (PWN pour PineWood Nematode) est une espèce invasive classée organisme prioritaire de quarantaine en Europe. Responsable de la maladie du flétrissement du pin (PWD pour Pine Wilt Disease), il provoque une mortalité massive chez plusieurs espèces de Pinus et représente une menace sanitaire majeure pour les forêts européennes.
Originaire d’Amérique du Nord, où il est peu virulent sur les hôtes indigènes, il est devenu un problème mondial majeur après son introduction accidentelle en Asie au début du XXe siècle, puis au Portugal en 1999, où il a causé d’importants dépérissements, puis en Espagne en 2008. Sur ces trois continents, sa vection est assurée par des espèces indigènes de coléoptères longicornes (notamment Monochamus galloprovincialis en Europe).
Dans les écosystèmes forestiers européens, une espèce indigène du même genre, B. mucronatus, occupe une niche écologique similaire : mêmes hôtes, cycle de vie comparable et même insecte vecteur. Bien qu’il soit également parasite, son pouvoir pathogène semble faible dans son aire de distribution. Ces similitudes en font un modèle de comparaison idéal pour comprendre les mécanismes d’invasion et d’adaptation de B. xylophilus.
Le succès d’une espèce invasive dépendant fortement de ses interactions avec les espèces déjà présentes dans l’écosystème, il est essentiel d’étudier les interactions entre B. xylophilus et les espèces locales. En cas d’introduction de B. xylophilus, plusieurs scénarios pouvant influencer les dynamiques d’invasion sont possibles : exclusion par compétition, cohabitation via un glissement de niche, ou même hybridation.
A ce duo s’ajoute une troisième espèce clé : le champignon pathogène Diplodia sapinea, agent d’une maladie émergente qui touche les pins du monde entier. Pathogène latent, D. Sapinea provoque d’importants dépérissements chez plusieurs espèces de Pinus, notamment en conditions de stress hydrique ou lors de l’infections concomitantes par d’autres pathogènes. Ce pathogène est de plus particulièrement intéressant à étudier car il interagit étroitement avec les nématodes, dont il peut constituer la ressource alimentaire.
Les interactions biotiques complexes entre ces trois pathogènes, combinées aux pressions abiotiques liées au changement global, conditionnent la santé et la résilience des pinèdes. Leur étude conjointe est donc cruciale pour anticiper la vulnérabilité des pinèdes européennes.
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Objectifs du stage
Ce stage s’inscrit dans le cadre de la thèse de Yannis Clavier (démarrage octobre 2025) portant sur l’écologie évolutive conjointe du nématode du pin, de son espèce sœur et du champignon Diplodia sapinea dans le cadre du changement global.
L’objectif de ce stage est mieux comprendre la démographie et les traits d’histoire de vie de ces trois espèces parasites – séparément, mais aussi lorsqu’elles interagissent.
Le·la stagiaire contribuera à :
• analyser la démographie et les traits d’histoire de vie de B. xylophilus, B. mucronatus et D. sapinea ;
• évaluer les interactions interspécifiques (compétition, facilitation) entre ces pathogènes ;
• tester le potentiel d’hybridation entre les deux espèces de nématodes.
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Approche méthodologique
Ce travail reposera sur des expérimentations in vitro sur cultures fongiques (boîtes de Pétri) et comprendra trois volets :
1. Études de la croissance et suivi démographique des trois espèces séparément en conditions contrôlées ;
2. Analyses des interactions interspécifiques (compétition, cohabitation, facilitation) ;
3. Tests d’hybridation entre B. xylophilus et B. mucronatus (reproduction in vitro en boîtes de Pétri et détection de l’hybridation par analyses moléculaires – génotypage SSR)
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Conditions d’accueil :
Ce stage se déroulera principalement en laboratoire confiné, au sein de la Plateforme EMERGREEN (INRAE de Villenave d’Ornon), avec un accueil au laboratoire BIOGECO (UMR 1202, INRAE – Université de Bordeaux)
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Profil recherché :
– Etudiant·e en Master 2 Biodiversité, Écologie, Evolution, ou équivalent, ou élève ingénieur·e agronome ;
– Intérêt fort pour l’écologie évolutive, les interactions biotiques et la microbiologie expérimentale ;
– Goût pour le travail de laboratoire (microscopie, microbiologie, extractions d’ADN, qPCR, séquençage SSR) ;
– Compétences solides en statistiques et analyse de données ;
– Autonomie, rigueur, curiosité scientifique et esprit d’équipe.
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Mots-clés :
nématode du pin – compétition interspécifique – hybridation – glissement de niche – champignon pathogène – traits d’histoire de vie – espèce invasive – écologie évolutive
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