Contexte du recrutement et définition de poste :
Lien vers le profil de poste et pour candidature : https://amethis.doctorat.org/amethis-client/prd/consulter/offre/2791
Contexte socio-économique et scientifique :
Bien que la perte d’habitat demeure la principale menace pour la biodiversité, l’invasion d’espèces exotiques envahissantes (EEE), définies comme des espèces non indigènes introduites par l’homme qui menacent les écosystèmes, les habitats et les espèces, a été documentée comme contribuant à la dégradation des écosystèmes (Doherty et al. 2016), affectant l’économie, la sécurité alimentaire, et la santé humaine (IPBES 2023). Comme beaucoup d’autres écosystèmes, les zones humides sont menacées par les EEE (Vilà et Hulme 2017). Parmi ces EEE, les rongeurs aquatiques envahissants (RAE), dont le ragondin (Myocastor coypus) et le rat musqué (Ondatra zibethicus), originaires respectivement d’Amérique du Sud et du Nord, provoquent d’importants dommages économiques (Cuthbert et al. 2021), peuvent transmettre des maladies infectieuses (Chinchio et al. 2020), et dégradent très fortement les écosystèmes (Bertolino et al. 2005). Les coûts des dommages associés aux RAE (ragondin en particulier) figurent parmi les plus élevés de ceux recensés pour les EEE à l’échelle mondiale (Diagne et al. 2020). A titre d’exemple, les dommages causés à l’échelle mondiale par le ragondin sont estimés à 19 milliards de dollars sur les dernières décennies (Diagne et al. 2020) et augmentent de façon exponentielle (Cuthbert et al. 2021). Alors que ces RAE ont colonisé la quasi-totalité du territoire français métropolitain, les tailles de populations ne sont pas connues et l’ensemble des impacts qui leur sont associés restent encore très mal quantifiés (Bonnet et al. 2021). Face à cette colonisation massive des EEE dont l’éradication est impossible, des programmes de contrôle visant à réduire les impacts dans les zones à enjeux sont préconisés (Braysher 1993). Depuis 5 ans, dans le département du Maine et Loire, BiodivAG coordonne avec la FDGDON49 un programme de recherche-action autour de la gestion des RAE impliquant un réseau de partenaires dont plusieurs syndicats de bassin versant et collectivités (e.g., EPTBSN) et de bénévoles fortement mobilisés. En s’insérant dans ce programme existant, la thèse aura pour objectif de développer des outils standardisés de suivis des populations de RAE (densité locale, reproduction, dispersion, …), en combinant plusieurs indicateurs écologiques et différentes échelles spatiales afin i) d’estimer la distribution des individus et les densités locales, et d’en comprendre les principaux déterminants, ii) d’étudier la perméabilité du paysage aux déplacements des individus, et iii) d’analyser la cooccurrence entre des espèces natives et les RAE présents. In fine, ce projet doit permettre aux acteurs du territoire de développer une stratégie de gestion plus intégrée qui couple les données relatives à l’état des populations et celles définies par les enjeux socio-économiques et écologiques du territoire (Pays et al. 2026).
Hypothèses et questions scientifiques :
Le programme de gestion des RAE a mis en place plusieurs suivis des pratiques de gestion (piégeage) et des populations (abondance relative via des pièges photographiques, reproduction des femelles capturées, comptage par drone) et une méthode statistique permettant d’estimer des densités d’individus en intégrant l’ensemble de ces sources de données devient cruciale. Bien que des développements méthodologiques récents aient été publiés sur cette espèce (Gimenez 2025), la question demeure de savoir comment utiliser toutes ces données de suivis pour estimer les densités locales d’individus. De plus, bien que le concept de corridor écologique peut-être débattu pour le cas des EEE, on peut s’attendre à ce que certaines variables paysagères liées au mode de vie semi-aquatique des RAE favorisent leur établissement dans certains paysages et leur dispersion, et par conséquent les densités locales d’individus (Kervellec et al. 2024). A partir des données issues de pièges photographiques (Viviano et al. 2025) et celles issues d’analyses paysagères (Pays et al. 2024), il s’agira d’identifier, à plusieurs échelles spatiales, les variables qui favorisent ou freinent les déplacements des individus (Merkens et al. 2023). Si, au sein de la communauté d’espèces occupant ces zones humides, une compétition existe, nous testerons l’hypothèse d’un partitionnement de niche temporelle entre les RAE et les autres espèces qui partagent le même habitat et /ou les mêmes exigences écologiques. Ce travail devrait permettre de développer des cartes de risques face aux densités de populations locales de RAE, à leurs impacts sur l’environnement, au paysage plus ou moins favorable à leur prolifération et déplacement, et aux activités humaines qui se développent sur un territoire.
Principales étapes de la thèse et démarche :
Le projet de thèse est à l’interface entre une recherche fondamentale et une recherche appliquée au service d’un programme de gestion territoriale d’EEE à forts enjeux sur un territoire. Cette thèse bénéficiera des données récoltées depuis 2021 sur le suivi de piégeage et des populations, des actions dans le programme de recherche-action mises en place sur le territoire, et de l’implication forte des partenaires académiques et non académiques.
Globalement, la thèse se découpera en 4 volets. Volet 1 : Développement d’un modèle permettant l’estimation des tailles de population de RAE à partir des données de capture (piégeage) et de comptage par les pièges photographiques et drones en intégrant des données démographiques comme l’âge des individus, la sex-ratio et les paramètres de reproduction. Volet 2 : A partir des données de pièges photographiques, analyse multi-échelle des variables paysagères affectant la distribution spatiale des individus et identification des facteurs paysagers qui catalysent ou freinent leur déplacement. Ce travail doit permettre d’avancer sur des cartes de risques d’exposition des activités humaines aux RAE. Volet 3 : A partir de ces mêmes données, analyse des rythmes d’activités journaliers des RAE et des autres espèces occupant les mêmes habitats afin de tester l’hypothèse de partitionnement de niche temporelle. Les volets 1, 2 et 3 se compléteront afin d’alimenter les discussions entre acteurs et chercheurs pour adapter la stratégie territoriale actuelle de gestion des RAE. Volet 4 optionnel car dépendra des ressources disponibles : Analyse des déplacements d’individus équipés de colliers GPS, extraction des variables décrivant les déplacements et l’activité des individus (déplacement journalier, domaine vital…) et analyse des déterminants des déplacements observés.
Approches méthodologiques et techniques envisagées :
Depuis 2021, le programme de recherche-action sur les RAE collecte annuellement des données standardisées issues des dispositifs de suivi des captures et des pratiques de gestion, ainsi que des suivis de populations réalisés à l’aide de pièges photographiques, d’autopsies de carcasses et de comptages par drone. Le projet de thèse, structuré en trois volets principaux, s’appuiera sur ces dispositifs de suivi, qui seront maintenus tout au long de la thèse. L’originalité du projet réside dans la combinaison de données issues de différents protocoles de suivi. Le
projet mobilisera ainsi les données collectées sur la période 2021-2025, qu’il combinera aux données acquises durant la thèse afin de répondre aux objectifs des volets 1, 2 et 3. Le suivi des pratiques de piégeage est assuré par des piégeurs pilotes bénévoles dans le département du Maine-et-Loire (49), qui appliquent un protocole strict fondé sur l’utilisation de carnets de piégeage standardisés. Le suivi des populations repose sur un protocole de monitoring des individus dans leur milieu naturel (pièges photographiques et drone), complété par un suivi des
captures des piégeurs permettant d’extraire des variables démographiques telles que le sexe, l’âge, le statut reproducteur et la taille de la portée. Les pièges photographiques permettront également de collecter des données relatives à la présence et aux rythmes d’activité des espèces, notamment des mammifères, fréquentant les points d’eau suivis. L’objectif est d’estimer les densités locales des individus en intégrant l’ensemble de ces sources de
données. Enfin, les variables paysagères seront extraites à partir de bases de données géographiques en libre accès, notamment COSIA, BDTOPAGE, RGEAlti.
Compétences scientifiques et techniques requises pour le candidat :
Connaissances scientifiques :
Solides connaissances dans les champs de l’écologie animale, de l’écologie spatiale, de l’écologie des déplacements et de l’écologie du paysage.
Connaissances en écologie des mammifères, et plus spécifiquement des rongeurs, appréciées.
Intérêt pour les problématiques de gestion des espèces (EEE notamment) et pour l’écologie appliquée à la conservation et à la gestion des populations.
Compétences méthodologiques et techniques :
Capacité à concevoir, conduire et coordonner des expérimentations et des protocoles de suivi sur le terrain.
Maîtrise des méthodes de collecte de données écologiques (piégeage, suivis par pièges photographiques, comptages, suivis de carcasses, etc.) ou capacité à les acquérir rapidement.
Compétences en analyses statistiques et en programmation sous R.
Maîtrise des outils de systèmes d’information géographique (SIG) et des analyses spatiales associées.
Capacité à intégrer et croiser des données issues de sources et de protocoles multiples.
Commentaires récents