Contexte du projet
Face au changement climatique, les océans subissent des vagues de chaleur marines de plus en plus fréquentes et intenses. Ces épisodes extrêmes peuvent avoir des effets dévastateurs sur les écosystèmes marins, tels que le blanchissement massif des coraux, la mortalité d’espèces côtières, ou la prolifération d’algues toxiques. L’intensité et la fréquence des canicules marines vont augmenter dans le futur; elles représentent une menace croissante pour les sociétés insulaires, qui dépendent largement des ressources marines. En effet, l’augmentation des températures et des évènements climatiques extrêmes affecte directement la santé et les performances des espèces marines, en particulier chez les invertébrés marins. Dans ce contexte, mieux comprendre les mécanismes biologiques qui permettent aux espèces locales de faire face à ces stress est une priorité.
Ce stage s’inscrit au sein du projet MAHEWA (https://mahewa.fr/), qui réunit un consortium de climatologues, océanographes, biologistes, anthropologues, et économistes. L’objectif commun est de progresser de manière significative dans la compréhension des caractéristiques et des impacts des canicules marines sur les systèmes socio-écologiques des territoires ultramarins du Pacifique.
L’objectif de ce stage est de participer à l’étude des limites de la thermotolérance chez des espèces clés des écosystèmes coralliens ainsi que chez des espèces exploitées, qu’elles soient pêchées ou élevées en aquaculture, face aux vagues de chaleur marines. Parmi les modèles étudiés, deux espèces d’huitres de roche du genre Saccostrea, naturellement présentes dans les lagons polynésiens, présentent un intérêt particulier. Leur potentiel de résilience face aux perturbations environnementales en fait des candidates pertinentes pour envisager le développement d’une aquaculture diversifiée et plus résiliente aux aléas climatiques. L’approche proposée repose sur l’acquisition de données moléculaires issues de séquençage à haut débit, permettant d’analyser les mécanismes biologiques impliqués dans la réponse au stress thermique, notamment à travers l’étude des profils d’expression génique.
Dans ce cadre, nous cherchons un(e) stagiaire chargé(e) d’analyser des données de séquençage liées à l’expression génique chez deux espèces d’huitres de roche du genre Saccostrea. Ces données proviennent d’une expérience de chalenge thermique réalisée sur des lots d’animaux élevés en écloserie à la station Ifremer du Pacifique. L’objectif de ce stage sera d’identifier des voies métaboliques impliquées dans la réponse des deux espèces d’huitres du genre Saccostrea face à des épisodes de vagues de chaleur marine.
Les missions principales du/de la stagiaire
• Traitement bioinformatique des données de séquençage RNA-seq
• Analyses statistiques des données transcriptomiques
• Mise en forme des résultats
Expertises développées au cours du stage
• Prise en main d’un serveur de calcul
• Analyses de données de séquençage
• Compétences théoriques en transcriptomique
• Apprentissage langages bioinformatiques (bash, R)
Champs relationnels
• En interne : les chercheurs et techniciens d’Ifremer et l’UMR 241
• En externe : partenaires scientifiques et techniques du projet MAHEWA
Profil recherché
Formation initiale et expériences professionnelles (savoir et savoir-faire) :
• Master en biologie des organismes ou bioinformatique
• Bonnes connaissances en programmation R
• Connaissances sur les données de séquençage à haut débit apprécié
• Bonne capacité de synthèse et rédactionnelle (rapport, protocoles)
Qualités personnelles (savoir-être) :
• Autonomie, ouverture d’esprit, initiative
• Aptitude au travail en équipe
• Rigueur
Les candidatures (CV + LM) pour le stage sont à envoyer avant le 17 Novembre 2025 à l’adresse mail suivante : yann.dorant@ifremer.fr
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