Dans le cadre du développement de parcs éoliens, le suivi de la biodiversité marine doit prendre en compte toutes les composantes de l’écosystème. Parmi elles, le méroplancton occupe une place clé : il regroupe les stades larvaires de nombreux invertébrés benthiques,
présents de manière saisonnière dans la colonne d’eau, et constitue un indicateur sensible des changements écologiques. Les modifications éventuelles des communautés benthiques telles que la colonisation des nouvelles structures artificielles ou encore le risque d’introduction d’espèces non indigènes se traduisent toutes par des signaux observables dans la composition de ces communautés larvaires. Ainsi, associé aux suivis classiques, l’étude du méroplancton constitue un outil complémentaire précieux pour évaluer les effets écologiques des parcs éoliens offshore sur la biodiversité marine.
Les parcs éoliens peuvent modifier la structure et la composition des peuplements benthiques en raison des perturbations physiques (turbulences locales, modification des dépôts sédimentaires), de l’effet récif créé par les fondations, et des changements dans les
interactions trophiques associés. Ces processus peuvent favoriser certaines espèces au détriment d’autres, entraînant une recomposition progressive des communautés. Or, ces organismes émettent lors de leur reproduction des larves planctoniques qui séjournent
plusieurs jours à plusieurs semaines dans la colonne d’eau. Les changements observés au sein des communautés benthiques sont donc susceptibles de se refléter dans la composition du méroplancton. Les structures verticales (pylônes, jackets) introduisent un nouveau type
d’habitat dans un environnement jusqu’alors dominé par des fonds meubles. Ces substrats durs peuvent être colonisés par des cortèges d’espèces très différents de ceux présents naturellement. L’enjeu est alors de comprendre comment ces nouvelles espèces, via leur
méroplancton, influencent la dynamique et l’équilibre des communautés planctoniques locales. Enfin, le méroplancton représente également un indicateur précoce pour détecter l’apparition d’espèces invasives, favorisées par l’implantation de structures anthropiques et
par les activités industrielles associées.
Les récentes approches de séquençage haut-débit de l’ADN environnemental sont de plus en plus plébiscitées pour décrire les communautés présentes dans l’environnement. Si ces méthodes présentent un avantage considérable pour distinguer les différentes espèces présentes dans le méroplancton, une affiliation taxinomique précise est trop souvent contrainte par la longueur réduite des fragments d’intérêts séquencés, ainsi que de l’exhaustivité des bases de références utilisés. Les objectifs de ce stage visent à développer
des approches pour répondre à ces enjeux.
Dans un premier temps, le/la stagiaire sera amené(e) à évaluer la méthode de séquençage long-read « Oxford Nanopore » pour obtenir des fragments longs d’ADN de génomes mitochondriaux. Cette approche permettra l’obtention simultanées de plusieurs
marqueurs taxinomiques qui permettront d’augmenter la résolution des assignations taxinomique des organismes du méroplancton et donneront ainsi accès à des études fines de population. Dans un second temps, il/elle s’attachera à consolider les bases de données de
référence de la diversité connue des espèces zooplanctoniques en utilisant les données publiques ainsi que celles produites durant ce stage à partir de l’expertise et des spécimens disponibles à la station biologique de Roscoff. Enfin, en fonction du temps disponible, il/elle
pourra participer à une campagne d’échantillonnage afin de préparer la mise en oeuvre des approches de métabarcoding-long développées durant ce stage pour les appliquer à la caractérisation de la composition des communautés méroplanctoniques.
Pour la réalisation de ces travaux, de bonnes notions en biologie moléculaire et bioinformatique sont nécessaires. De plus, des connaissances solides en écologie marine ainsi qu’une forte appétence pour la prise en compte des pressions anthropiques sur l’écosystème marin sont recommandés. Ce stage, sera réalisé en collaboration étroite avec la société de conseil setec énergie environnement et sa marque setecinvivo. Au sein de setecinvivo l’équipe Biodiversité et Ecologie Marine développe des approches innovantes pour analyser et interpréter des données écologiques en vue de mieux décrire et comprendre le fonctionnement des écosystèmes marins spécialisée dans les évaluations environnementales des écosystèmes marins. Ces travaux initiaux pourront faire l’objet d’une poursuite sous forme de thèse CIFRE (partenariat recherche académique/entreprise).
– Moyens techniques et scientifiques mis à disposition de l’étudiant
L’étudiant(e) sera hébergé(e) à la Station biologique de Roscoff où il/elle aura à disposition l’ensemble des équipements (bureau et laboratoire) nécessaires aux travaux de biologie moléculaire et aux analyses bioinformatiques. Il/elle disposera également de
l’expertise en biologie moléculaire, en taxinomie et écologie du méroplancton de ses encadrants aussi bien à la station biologique de Roscoff qu’au sein de l’équipe chez setecinvivo.
– Quelques références bibliographiques majeures sur le sujet :
Outils moléculaires et ADNe/metabarcoding
González-Miguéns et al., 2025. A novel taxonomic database for eukaryotic mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene (eKOI). https://doi.org/10.1093/database/baaf057
Mizuno et al., 2025. Non-invasive reconstruction of complete mitochondrial genomes from aquatic environmental DNA using PCR-free long-read sequencing. https://doi.org/10.1101/2025.06.24.661187
Bucklin et al., 2021. Toward a global reference database of COI barcodes for marine zooplankton. Marine Biology, 168:78.
Cordier et al., 2021. Ecosystems monitoring powered by environmental genomics: a review ofcurrent strategies with an implementation roadmap. Molecular Ecology, 30, 2937–2958.
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