Le Muséum national d’Histoire naturelle recrute : un.e stagiaire « compteur GenRef insectes pollinisateurs »
Organisme recruteur : Muséum national d’Histoire naturelle
Jardin des Plantes, 57, rue Cuvier, 75005 Paris 5ème : https://www.mnhn.fr
CONTEXTE
Le référentiel « GenRef », est un nouvel outil national mettant à disposition des séquences génétiques pour :
• Améliorer et objectiver la fiabilité des assignations taxonomiques issues d’analyses moléculaires (échantillons environnementaux ou spécimens) ;
• Améliorer la qualité des données d’occurrence provenant d’analyses moléculaires portant sur les espèces présentes dans les territoires français, et en faciliter l’accès, l’interopérabilité et leur réutilisation ;
• Mutualiser les efforts de construction, de maintenance et d’alimentation des bases de séquences de référence, via un référentiel public, partagé et pérenne.
Le projet en charge de mettre en place GenRef, est financé par l’OFB et coordonné par le Muséum national d’Histoire Naturelle.
Objectifs du Stage
Cette offre de stage, portée par la Direction de l’expertise du Muséum national d’Histoire naturelle (DirEx MNHN) en partenariat avec son unité de recherche l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB) avec le soutien du Ministère en charge de la Transition écologique (MTE), vise à concevoir et mettre en œuvre un outil de suivi de la complétude du référentiel GenRef pour les différents groupes d’insectes pollinisateurs.
Ce « compteur de complétude » permettra d’évaluer de manière structurée, et reproductible, le niveau de couverture génétique des espèces de pollinisateurs présentes en France, et d’identifier les priorités d’action.
Description de la mission.
Le ou la stagiaire recruté.e sera intégré.e à l’équipe de la DirEx en lien avec l’ISYEB sous la co-responsabilité de la cheffe de projet « GenRef » et du coordinateur de l’expertise institutionnelle. Il ou elle interagira également avec l’enseignant chercheur et les responsables des collections des groupes concernés.
La mission consistera à établir un ètat des lieux du référentiel des séquences génétiques des espèces de France pour l’ensemble des insectes pollinisateurs, selon les étapes suivantes :
• identifier les niveaux de complétudes par groupe taxonomique au regard du référentiel taxonomique TaxRef v18 ;
• identifier les lacunes nationales et les marges de progression en matière de couverture génétique ;
• structurer un module « compteur » (indicateurs, tableaux de synthèses, règles de calcul) permettant de suivre l’évolution de la complétude des bibliothèques de référence ;
• contribuer à la cartographie et la planification d’une stratégie d’échantillonnage ciblée, en lien avec les enjeux à l’amélioration des connaissance (Axe 1 du PNA pollinisateurs) ;
• identifier et documenter les relais scientifiques et institutionnels potentiels pour le déploiement de cette stratégie d’échantillonnage.
Ces actions contribueront directement à l’évaluation en cours du Plan national pollinisateurs et à la préparation de sa future révision à partir de 2027.
CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES
– Être inscrit-e dans un Master 2 professionnel en écologie, biodiversité ou disciplines proches ;
– Avoir un intérêt marqué pour les enjeux de biodiversité, de données et d’appui aux politiques publiques.
COMPETENCES ET QUALIFICATIONS REQUISES
– Connaissances générales des principes du séquençage génétique et de l’utilisation des marqueurs moléculaires pour l’identification taxonomique ;
– Notions en méthodes de capture et de récolte d’échantillons en entomologie ;
– Connaissances et intérêt pour les insectes pollinisateurs ;
– Être à l’aise avec les outils bureautiques (tableurs structurés) et l’utilisation ou la gestion de base de données ;
– Capacités rédactionnelles et aisance à l’oral (entretiens, échange avec partenaires) ;
– Capacité à travailler en équipe et à faire preuve d’autonomie ;
– Aptitude à effectuer des recherches bibliographiques dans la littérature scientifique et grise.
COMPETENCES ACQUISES PENDANT LE STAGE
Au cours de ce stage, le ou la stagiaire développera des compétences scientifiques et techniques à l’interface entre la recherche, la gestion des données et l’appui aux politiques publiques notamment :
• Compréhension des principes de constitution et d’évaluation d’une bibliothèque de séquences génétiques de références ;
• Utilisation d’un référentiel taxonomique national (TaxRef) pour l’analyse de la complétude des données ;
• Construction d’indicateurs de complétude et de couverture de données à partir de bases hétérogènes ;
• Structuration de tableaux de synthèse et de modules de suivi ;
• Analyses comparatives par groupes taxonomiques et par territoires ;
• Contribution à l’élaboration d’une stratégie nationale d’échantillonnage ciblée pour les insectes pollinisateurs ;
• Interaction avec des chercheurs, responsables de collections et experts institutionnels ;
• Initiation aux logiques de coordination entre recherche, expertise et politiques publiques.
MODALITÉS DE RECRUTEMENT
Type de contrat : stage
Durée : 3 à 5 mois
Rémunération : indemnisation légale par gratification de stage
Date de prise de fonction : mars-avril 2026
Lieu : MNHN – Paris 5ème (Jardin des Plantes)
PROCÉDURE DE RECRUTEMENT
Le dossier de candidature est à envoyer avant le vendredi 20 février à : direction.expertise@mnhn.fr avec la mention : Stage « compteur GenRef insectes pollinisateurs »
Ce dossier comprendra :
– un curriculum vitae détaillé ;
– une lettre de motivation.
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