DESCRIPTION DES MISSIONS
Contexte :
L’Office français de la biodiversité (OFB) est né le 1er janvier 2020. Ce nouvel établissement public, placé sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture, a été créé pour protéger et restaurer la biodiversité. Il intègre les missions, les périmètres d’intervention et les 2 800 agents de l’Agence française pour la biodiversité (AFB) et de l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS).
Il contribue, s’agissant des milieux terrestres, aquatiques et marins, à la surveillance, la préservation, la gestion et la restauration de la biodiversité ainsi qu’à la gestion équilibrée et durable de l’eau en coordination avec la politique nationale de lutte contre le réchauffement climatique (loi n°2019-773 du 24 juillet).
Pour remplir ses missions, l’Office s’appuie sur des équipes pluridisciplinaires (inspecteurs de l’environnement, ingénieurs, vétérinaires, techniciens, personnels administratifs, etc.) réparties sur tout le territoire national. Il est organisé de façon matricielle pour prendre en compte tous les milieux, en transversalité, selon une articulation à trois niveaux :
– une échelle nationale où se définissent et se pilotent la politique et la stratégie de l’OFB (directions et délégations nationales) ;
– une échelle régionale où s’exercent la coordination et la déclinaison territoriale (directions régionales) ;
– des échelons départementaux et locaux, de mise en œuvre opérationnelle et spécifique (services départementaux, antennes de façade, parcs naturels marins, etc.).
La Direction de la Recherche et Appui Scientifique (DRAS) est l’une des 2 directions « connaissance » de l’OFB, en charge de la recherche et de l’expertise sur les espèces, sur les milieux, leurs fonctionnalités et leurs usages, ainsi que sur les risques sanitaires en lien avec la faune sauvage. Elle est composée de 5 entités :
– Service conservation et gestion durable des espèces exploitées
– Service conservation et gestion des espèces à enjeux
– Service santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles
– Service anthropisation et fonctionnement des écosystèmes terrestres
– Service fonctionnement, préservation et restauration des écosystèmes aquatiques continentaux et marins
Description du stage :
Mission :
Au niveau mondial, le botulisme aviaire est responsable de la perte de millions d’oiseaux sauvages et représente la maladie la plus importante en termes de mortalité chez les oiseaux migrateurs. En France, des épisodes avec mortalité massive (plus de 200 oiseaux sauvages morts) sont rapportés et, entre 2000 et 2023, 306 foyers de botulisme dans l’avifaune ont été recensés par le réseau SAGIR avec une plus forte fréquence en été. Agent pathogène potentiellement zoonotique, ubiquiste dans l’environnement naturel et dont le cycle biologique (passage par des formes sporulées, végétatives et toxinogénèse) est dépendant de facteurs environnementaux, l’étude de C. botulinum s’inscrit dans une approche intégrée dont les enjeux relèvent de la santé des écosystèmes. En outre, la compréhension des mécanismes et les préconisations de gestion revêtent une importance particulière dans un contexte de réchauffement climatique, où l’on peut s’attendre à une augmentation de la fréquence et du nombre de plans d’eau touchés par les épisodes de botulisme.
L’objectif global du projet est le suivant :
Déterminer les conditions physico-chimiques, hydrodynamiques, bactériologiques et ornithologiques pouvant conduire à un épisode de botulisme chez les oiseaux sauvages en écosystèmes lentiques français. Pour cela, les objectifs spécifiques sont :
1. d’identifier les conditions et mécanismes hydro-écologiques favorisant l’initiation d’un épisode de botulisme ;
2. de suivre le développement de C. botulinum, la production de toxines botuliques et l’évolution des communautés microbiennes dans les matrices environnementales, en lien avec les conditions hydro-écologiques suivies en 1) et les épisodes de botulisme;
3. d’identifier les modalités d’exposition des oiseaux sauvages;
4. de mettre en lien les conditions d’émission du danger (objectifs 1 et 2) et les modalités d’exposition des oiseaux (objectif 3) afin de proposer une évaluation du risque de survenue d’épisode de botulisme en écosystèmes lentiques français.
La méthodologie mise en œuvre pour répondre au 1er objectif consiste en un suivi des paramètres physico-chimiques dans les étangs (température, conductivité, O2 dissous, chlorophylle a, turbidité,…) à l’aide de sondes multiparamètres placées dans les étangs cas (avec historique de botulisme) et témoins (sans historique de botulisme) de 2 sites d’étude (Lac du Der dans la Marne et Marais d’Orx dans les Landes). Ces sondes seront complétées par des mesures d’O2 dissous et de température à différents points des étangs pour des suivis ponctuels afin d’investiguer la variabilité spatiale de ces 2 paramètres dont les modifications conditionnent le développement de C. botulinum. En parallèle de ce suivi des conditions hydro-écologique (et en fonction des variations observées), un échantillonnage de matrices environnementales (sédiments, eau, végétation aquatique, invertébrés) sera mis en œuvre pour recherche des différentes formes de C. botulinum d’une part et analyse de la composition microbienne d’autre part, répondant au 2ème objectif. Un suivi populationnel des oiseaux d’eau sur les sites d’étude (comptage sur les sites d’étude et identification des espèces, en dehors et lors d’épisode) sera également réalisé et mis en relation avec les paramètres écologiques et bactériologiques afin de mieux comprendre comment les oiseaux s’exposent à C. botulinum (objectif 3). Ce projet fait l’objet d’une thèse universitaire dans lequel ce stage s’inscrit.
Le.a stagiaire contribuera à la collecte et à la gestion des données correspondant à ces 3 protocoles sur le marais d’Orx au cours de l’été 2026. Ces données collectées ainsi que des données déjà existantes feront l’objet de premières analyses par le.a stagiaire en lien avec le doctorant.
Activités principales :
Le.a stagiaire interviendra principalement sur le terrain sur le site du marais d’Orx entre juin et septembre pour la collecte des données physico-chimiques (prise des données ponctuelles et de température, collecte des données issues des sondes multiparamètres) et la réalisation des prélèvements environnementaux. Selon les besoins et l’apparition d’épisode de botulisme, il.elle participera à la collecte d’oiseaux morts et aux prélèvements sur ces oiseaux avec le personnel de la réserve. Il.elle pourra également participer, avec les référents ornithologiques, aux comptages des oiseaux nicheurs et au relevé de l’occupation spatiale des oiseaux sur les étangs suivis. Il.elle saisira les données collectées et commencera les premières analyses descriptives en lien avec le doctorant.
RELATIONS LIEES AU POSTE
Relations internes :
Service SantéAgri
Relations externes :
Université de Lorraine : Bastien Berrand (doctorant) et Damien Banas (co-directeur de thèse), Laboratoire Animal et Agroécosystèmes
Personnel du marais d’Orx
ANSES : Caroline Le Maréchal – LNR botulisme, HQPAP ; Guillaume Reboul HQPAP Ploufragan
Céline Richomme – LRFS Nancy
COMPETENCES ET QUALITES REQUISES
Connaissances :
– Ecologie des milieux lentiques et méthodologie de suivi
– Connaissances en ornithologie appréciées
Savoir-faire opérationnel :
– Prélèvements en milieu humide
– Mise en œuvre de protocole de suivi physico-chimique
– Collecte et gestion des données
– Analyses descriptives d’un jeu de données
Savoir-être professionnel :
– Capacité d’adaptation
– Goût pour le terrain et le travail en équipe
– Rigueur et organisation
– Capacité à rendre compte
Diplômes – Formation – Expérience :
– Formation diplômante (Bac + 1 à Bac + 4 ) en biologie / écologie / sciences de l’environnement et de l’eau en particulier
Autres (si pertinent) :
– Savoir nager
– Connaissances des logiciels de bureautique
– Connaissance du logiciel R appréciées
CONDITIONS D’EXERCICE / SUJETIONS PARTICULIERES
– Stage basé majoritairement sur le site d’étude (Marais d’Orx). Des déplacements à Orléans et à Nancy sont à envisager.
– Stage rémunéré
– Logement non prévu
DEPOSER UNE CANDIDATURE
Les personnes intéressées devront adresser leurs candidatures (CV détaillé et lettre de motivation) par courriel sous la référence Chaboté_stage26 à ariane.payne@ofb.gouv.fr
La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 03/04/2026
Commentaires récents