Contexte :
Face à une crise de la biodiversité et à une population humaine croissante, les sociétés sont confrontées au défi majeur d’assurer la sécurité alimentaire tout en minimisant les impacts sur la biodiversité, voire en contribuant à sa restauration. L’agroécologie est une solution qui peut intégrer ces multiples enjeux. Elle correspond à des systèmes de production qui s’appuient sur les fonctions écologiques fournies par la biodiversité comme les régulations biologiques et la pollinisation (Wezel et al., 2009). L’hypothèse d’une relation positive entre biodiversité multi-trophique et fonctions semblent aujourd’hui largement démontrée (Dainese et al. 2019). Toutefois, il reste encore de nombreux enjeux méthodologiques pour mesure cette biodiversité (Besson et al., 2022). De plus, l’effet des pratiques agricoles aux échelles locales et paysagères (Poinas et al., 2025), de la structure du paysage et des infrastructures agroécologiques sur la biodiversité sont souvent contexte-dépendants et nécessitent donc des outils et méthodologies pour les mesurer (Karp et al., 2018 ; Sirami et al., 2019 ; Petit et al., 2020).
Ce stage contribuera au projet BIODICAPT (https://www.pepr-agroeconum.fr/les-projets-finances/socio-ecosysteme/laureat-aap/biodicapt) qui a pour but de mettre en place une stratégie de suivi de la biodiversité instrumentée, accessible et sobre, via le déploiement de capteurs audio et imagerie pour caractériser les communautés, les infrastructures agroécologiques des pratiques agricoles et des structures paysagères. Ce projet rassemble neuf réseaux de parcelles commerciales en France (couvrant les grandes cultures et les cultures pérennes). Un des objectifs majeurs de BIODICAPT est d’évaluer les covariations entre données de biodiversité multi-taxonomique issus de relevés classiques et de capteurs, et de déterminer les réponses conjointes aux pratiques agricoles et au paysage pour la conception d’agrosystèmes agroécologiques adaptés au contexte.
L’équipe Contrôle Biologique par Conservation (CBC, UR PSH, INRAE Avignon) anime l’un des 9 réseaux de parcelles BIODICAPT sur le site atelier Basse Vallée de la Durance (BVD, https://site-atelier-basse-vallee-durance.fr). Ce territoire de 500 km² au sud d’Avignon couvre l’un des principaux bassins de production de pommes en France. Depuis 2021, des suivis de biodiversité avec capteurs (éco-acoustique) ou basés sur des méthodes classiques (piégeages et observations d’arthropodes, de la flore, des micromammifères), ainsi que des enquêtes sociotechniques y sont menés dans 35 vergers commerciaux.
Objectifs :
L’objectif du stage sera de déterminer les réponses conjointes aux pratiques agricoles et au paysage de différentes composantes de la biodiversité acquises à partir de différents sources (par exemple, par capteurs acoustiques pour les oiseaux et les chauves-souris et par piégeages ou observations directes pour les arthropodes, éventuellement ravageurs) sur les mêmes sites.
Les résultats des modèles conjoints ouvriront la voie à une analyse multicritère visant à détecter un ensemble de contextes agricoles intéressants pour différentes combinaisons ciblées de diversité multifonctionnelle ou multitaxonomique.
Démarche proposée :
L’étudiant.e bénéficiera de données de biodiversité acquises pendant 3 ans dans un réseau de 35 parcelles commerciales du site atelier Basse Vallée de la Durance ainsi que des données sur les pratiques agronomiques et les caractéristiques du verger, telles que la présence de filets de protection, le mode de conduite (biologique ou conventionnel), le type d’irrigation, la variété et l’âge du verger, disponibles dans plus de 2000 parcelles.
Au sein du projet BIODICAPT et, en lien avec des chercheurs et autres stagiaires du projet,
• L’étudiant.e contribuera à la mise en forme des données multi-taxonomiques (écoacoustique, arthropodes…) ;
• Il/elle utilisera à la fois des approches standard de l’écologie des communautés (e.g. RDA ou NMDS), et une modélisation conjointe des attributs (activité, occurrence, abondance) des différents taxons (par exemple GJAM, Clark et al. 2017), afin de détecter les caractéristiques locales et du paysage ainsi que les pratiques agricoles ayant des effets synergiques ou antagonistes entre les taxons
• Il/elle participera aux relevés de terrain de 2026
Encadrement :
Claire Lavigne, Thomas Delattre et Bertrand Gauffre (UR PSH)
Profil recherché :
Nous cherchons un.e candidat.e en M2 d’écologie avec des compétences en statistiques sous R ou un candidat en statistiques appliquées avec un goût pour l’écologie et attiré·e par le travail en équipe et les environnements collaboratifs.
Conditions :
Stage de 6 mois, idéalement à partir de Janvier/Mars 2026 (dates flexibles). Le/la stagiaire bénéficiera de la gratification standard (environ 565 € par mois).
Lieu du stage :
UR 1115 PSH (Plantes et Systèmes de culture Horticoles) – INRAE Avignon (https://psh.paca.hub.inrae.fr/)
Contact :
Pour postuler, veuillez envoyer votre CV et votre lettre de motivation à : Claire.lavigne@inrae.fr,
Date limite :
12 novembre 2025 mais des entretiens pourront être menés au fur et à mesure de l’arrivée des candidatures
Références citées :
• Besson, M., Alison, J., Bjerge, K., Gorochowski, T.E., Høye, T.T. & Jucker, T. et al. (2022) Towards the fully automated monitoring of ecological communities. Ecology Letters, 25, 2753–2775. https://doi.org/10.1111/ele.14123
• Clark, J.S., Nemergut, D., Seyednasrollah, B., Turner, P.J. and Zhang, S. (2017), Generalized joint attribute modeling for biodiversity analysis: median-zero, multivariate, multifarious data. Ecol Monogr, 87: 34-56. https://doi.org/10.1002/ecm.1241
• Dainese, M., Martin, E.A….. Lavigne, C., et. al. (2019) A global synthesis reveals biodiversity-mediated benefits for crop production. Science Advances 5. https://doi.org/10.1126/sciadv.aax0121
• Karp D.S.,… Lavigne C.,…[153 auteurs] (2018) Crop pests and predators exhibit inconsistent responses to surrounding landscape composition. PNAS, 115: E7863–E7870. doi: 10.1073/pnas.1800042115
• Petit S., Muneret L., Carbonne B., Hannachi M., Ricci B., Rusch A., Lavigne C. (2020) Landscape-scale expansion of agroecology to enhance natural pest control: a systematic review. Advances in ecological research. 63, 1-48.
• Poinas, I., Lavigne, C., Dib, H., Leroy, A., Franck, P., Delattre, T., Said, X., Gauffre B. (2025) Increased proportion of exclusion netting in the landscape affects pest damage in unnetted apple orchards. Journal of Applied Ecology, 62, 790–800. https://doi.org/10.1111/1365-2664.70002
• Sirami, C. Gross, N.… Gauffre B., […] & L. Fahrig (2019) Increasing crop heterogeneity enhances multitrophic diversity across agricultural regions, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 116, 16442-16447, https://doi.org/10.1073/pnas.1906419116
• Tikhonov G, Opedal ØH, Abrego N, et al. Joint species distribution modelling with the r-package Hmsc. Methods Ecol Evol. 2020; 11: 442–447. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13345
• Wezel, A., Bellon, S., Doré, T. et al. (2009) Agroecology as a science, a movement and a practice. A review. Agron. Sustain. Dev. 29, 503–515. https://doi.org/10.1051/agro/2009004
Commentaires récents