Contexte
Dans un contexte de la transition agroécologique, la compréhension fine de la dynamique des maladies du blé est un enjeu majeur pour développer de nouvelles stratégies permettant d’assurer une gestion efficace et durable de la pression parasitaire, tout en préservant l’environnement.
Les systèmes agroécologiques, en intégrant la diversité végétale, la réduction du travail du sol notamment, modifient profondément les composantes du tétraèdre de la maladie (Tetrahedron triangle) : l’hôte, les pathogènes, le microbiome et l’environnement (Brader et al. 2017). Concernant les pathogènes, ces modifications peuvent influencer l’abondance, la virulence, la dispersion de l’inoculum primaire, qui joue un rôle déterminant dans l’initiation des épidémies fongiques du blé.
Le projet de thèse se déroule dans le cadre d’un projet européen SoilRes : https://soilres.eu/
Objectif et structuration
Cette thèse vise à caractériser la dynamique des pathogènes du blé dans une diversité de systèmes agroécologiques et climatiques, en s’intéressant aux 3 piliers du Disease Tetrahedron .
Cette thèse se structure en 3 axes :
– Axe 1 — Dynamique multi-pathogènes et résilience épidémique du blé dans des contextes climatiques et agroécologiques contrastés
Cet axe vise à analyser comment les systèmes agroécologiques influencent la dynamique des maladies du blé en considérant simultanément les composantes du triangle de la maladie (hôte–pathogène–environnement) et les interactions entre plusieurs pathogènes. Le suivi sera réalisé dans différents contextes pédoclimatiques et systèmes de culture contrastés afin d’étudier :
o la dynamique de plusieurs maladies foliaires en parallèle (septoriose, rouilles, fusarioses, et autres selon présence),
o les interactions entre pathogènes (co-infections, compétition, facilitation, successions épidémiques),
o les traits de l’hôte (phénologie, architecture du couvert, état nutritionnel) qui influencent la sensibilité et les interactions entre maladies.
– Axe 2 — Dynamiques et caractérisation de l’inoculum primaire dans des dispositifs expérimentaux ciblés
Cet axe se concentre sur le rôle crucial de l’inoculum primaire, c’est-à-dire la source initiale de contamination responsable de l’épidémie. Sur le système agroécologique Agroprairie (association blé avec couvert prairiaux multi espèces) couplé à un dispositif d’apport de résidus de paille inoculée d’un ou plusieurs pathogènes, seront caractérisés :
o la dynamique temporelle de l’inoculum (quantité, composition)
o les souches présentes : génotype, diversité, virulence, capacité d’infection
o La dynamique de la maladie sur la culture de blé (incidence, sévérité)
Cet axe fournira une compréhension mécanistique des conditions permettant l’initiation des maladies, clé pour identifier des leviers de régulation.
– Axe 3 — Influence des microbiomes du sol et des résidus sur la survie et la dynamique de l’inoculum primaire des pathogènes et comportement de la plante
Cet axe vise à comprendre comment les communautés microbiennes associées au sol et aux résidus de culture modulent la survie, la libération et la dynamique de l’inoculum primaire des pathogènes du blé ainsi que l’activation de gène de défense chez le blé. L’objectif est d’étudier les interactions écologiques directes entre microbiomes et pathogènes au niveau du sol et des résidus et de la plante.
L’analyse portera sur les fonctions microbiennes impliquées dans la réduction de la longévité de l’inoculum, la compétition ou l’antagonisme entre microorganismes et souches pathogènes, ou la modification de la virulence
ou de la viabilité des pathogènes au moment de l’infection.
Profil du ou de la candidat.e
Formations souhaitées : Écoles d’Ingénieurs en Agronomie ou Masters spécialisés en Agronomie, Santé des Plantes ou Microbiologie
Qualités recherchées : autonomie, rigueur et capacité d’analyse de données, intérêt pour le milieu agricole. Goût pour le travail d’équipe alliant théorie et applications concrètes
Bon niveau en Anglais
Candidature
– Envoyer CV, lettre de motivation et les coordonnées de deux personnes pour référence à Gaëlle Marliac : gaelle.marliac@vetagro-sup.fr
La Thèse doit démarrer le 1er Mai 2026 au plus tard.
Contact
Gaëlle Marliac, gaelle.marliac@vetagro-sup.fr 04 73 98 13 87
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