Thèse CIFRE INRAE/EDF « Suivi quantitatif de la dynamique migratoire des poissons migrateurs amphihalins par ADN environnemental (ADNe) »
Durée : 36 mois à partir d’octobre 2026.
Contexte et objectifs
Les poissons amphihalins jouent un rôle écologique essentiel et constituent un patrimoine
naturel et culturel majeur, mais leurs populations déclinent fortement sous l’effet des pressions
anthropiques. Dans ce contexte, EDF s’engage à limiter l’impact de ses ouvrages
hydroélectriques sur la continuité écologique des cours d’eau, conformément aux exigences
réglementaires. Au-delà de la mise en place de dispositifs de franchissement, cet engagement
implique une meilleure connaissance des dynamiques migratoires afin d’optimiser le
fonctionnement des barrages à la phénologie des espèces.
A ce jour, le suivi quantitatif des migrations amphihalines reste limité à quelques fleuves équipés
de stations de comptage ou de dispositifs de vidéo-surveillance. Sur la majorité des cours d’eau,
les évaluations reposent sur des méthodes invasives (pêche électrique, piégeage), coûteuses et
très dépendantes de la capturabilité des espèces. L’ADN environnemental (ADNe) apparaît
comme une alternative prometteuse pour un suivi non invasif à grande échelle. Cependant, Il peut
exister un écart important entre les concentrations d’ADNe mesurées et l’abondance réelle des
espèces, car de nombreux facteurs biotiques et abiotiques, tels que la température, le débit de
l’eau, le pH, et la lumière, influencent la dispersion et la dégradation de l’ADNe dans
l’environnement. Ces facteurs peuvent limiter la comparabilité des résultats entre zones de
prélèvements et périodes de l’année.
L’enjeu de cette thèse est de fiabiliser l’ADNe comme outil quantitatif de suivi des dynamiques de
migrations des poissons amphihalins, en tenant compte de la forte variabilité saisonnière et
spatiale des conditions hydrologiques et environnementales. L’objectif sera de développer des
méthodes robustes et opérationnelles visant à produire des indicateurs quantitatifs de
paramètres essentiels pour la gestion des populations, tels que l’abondance des géniteurs, le
recrutement et la survie à différents stades de vie. Le travail, mené sur plusieurs espèces
migratrices (saumon atlantique, truite de mer et anguille européenne), visera à valider et
optimiser les protocoles de prélèvements sur le terrain et d’analyse moléculaire, en s’appuyant
sur des expérimentations en laboratoire ainsi que sur des tests en conditions semi-contrôlés et
en milieu naturel sur les bassins de la Bresle et la Garonne.
Organisation des travaux et méthodologie envisagée
La première étape consistera à optimiser les protocoles de filtration et d’analyse moléculaire par
PCR digitale (reproductivité, robustesse aux variations de qualité d’eau) en laboratoire et en
condition semi-contrôlée (pisciculture et/ou mésocosme) en s’appuyant sur l’expertise et les
données accumulées depuis plusieurs années par EDF LHNE et l’INRAE DECOD. En
complément, des expériences d’encagement des salmonidés non-natifs seront réalisées en
milieu naturel afin d’évaluer la dispersion et la dégradation de l’ADNe en fonction des conditions
hydrologiques, notamment le débit et la température de l’eau.
Les protocoles ADNe seront ensuite mis en œuvre pour retracer avec précision la dynamique
migratoire et le recrutement de poissons amphihalins sur deux fleuves aux caractéristiques
hydro-morphologiques et environnementales contrastées : la Bresle pour le suivi des truites de
mer et anguilles européennes ; la Garonne pour le suivi du saumon atlantique et de l’anguille
européenne. Des séries régulières de prélèvements seront réalisées au niveau de stations de
comptages et sur plusieurs sites en amont afin d’étudier l’évolution de la concentration d’ADNe
en fonction de l’abondance d’adultes reproducteurs lors de la montaison ou de juvéniles lors de
la dévalaison. Des filtrations d’ADNe seront également effectuées pendant les pêches
électriques d’inventaire, utilisées pour le calcul des indices d’abondance anguille et truite, afin
d’évaluer la pertinence d’indicateurs quantitatifs d’ADNe du recrutement. L’ensemble des
prélèvements ADNe seront couplés à des mesures physico-chimiques permettant d’identifier les
facteurs environnementaux influençant la détection et la quantification de l’ADNe et d’améliorer
l’interprétation des signaux observés.
L’ensemble des données d’ADNe et des variables environnementales acquises dans le cadre de
cette étude, complétées par des données issues de la littérature seront combinées afin de
développer des modèles statistiques reliant les concentrations d’ADNe à l’abondance des
espèces étudiées en fonction des conditions de prélèvement. Des données issues d’un projet de
développement précédent sont déjà disponibles pour la rédaction d’un premier article.
Financement, encadrement et environnement de travail
Le financement de la thèse repose sur une convention CIFRE (ANRT) entre EDF et INRAE. Le/la
doctorant.e sera co-encadré.e par Carole Guillaume, Eric De Oliveira (EDF LNHE) et Erwan
Quéméré (directeur de thèse, titulaire de l’HDR, INRAE DECOD). Il/elle sera basée au laboratoire
d’EDF R&D, « Laboratoire National Hydraulique & Environnement » (LNHE) à Chatou (78) mais sera
amené.e à faire plusieurs séjours à l’UMR DECOD (Dynamique et Durabilité des Ecosystèmes : de
la source à l’océan) à Rennes. Les études expérimentales seront réalisées au sein des
laboratoires de biologie moléculaire du LNHE. Il.elle devra également se déplacer régulièrement
pour les campagnes de prélèvements de terrain (Garonne, Bresle) en collaboration étroite avec
les gestionnaires de sites. Le.la doctorante sera inscrit.e à l’école doctorale EGAAL (thèse de
doctorat spécialité : Biodiversité, écologie, environnement).
Profil recherché
Master ou diplôme d’ingénieur (ou équivalent) en écologie, sciences de l’environnement,
hydrologie ou domaine connexe. Des compétences en biologie moléculaire sont fortement
attendues et des connaissances en écologie des milieux aquatiques et/ou hydrologie seront
fortement appréciées. Intérêt marqué pour les approches intégrant travaux de laboratoire et de
terrain, ainsi que pour les enjeux de gestion et de conservation des espèces aquatiques. Solides
bases en analyses statistiques. Rigueur, autonomie, bonnes capacités de communication (en
français et anglais).
Procédure pour candidater (date limite le 31/05/2026)
Envoyer un seul document PDF comprenant une lettre de motivation, un CV, les relevés de notes
et les contacts de deux référents à : Erwan Quéméré (erwan.quemere@inrae.fr), Carole
Guillaume (carole.guillaume@edf.fr) et Eric De Oliveira (eric.de-oliveira@edf.fr). Un entretien oral
pourra être proposé à une sélection de candidat.e.s sur la base de leur candidature écrite
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