Offre de stage de césure – automne/hiver 2026-2027
De très nombreuses questions d’écologie, de conservation et de gestion des espèces animales sont liées à la distribution et aux déplacements des individus de ces espèces. Dans ce contexte, les écologues ont pu bénéficier ces dernières décennies de nombreux développements technologiques pour suivre de manière de plus en plus précice, dans le temps et dans l’espace, ces déplacements. L’une des questions qui persiste à l’heure actuelle est celle-ci: A quel point pouvons-nous, avec ces données, batir des modèles prédictifs fiables des déplacements et distributions ? A quelles échelles spatiales et temporelles?
L’objectif de ce stage de césure est d’apporter des éléments de réponse à ces questions. Le travail consistera à (1) s’approprier la littérature récente sur la modélisation des déplacements d’animaux, et identifier une ou deux approches jugées particulièrement intéressantes; (2) développer des scripts en language R permettant d’estimer les paramètres des modèles choisis, ainsi que de simuler à partir de ces modèles; (3) réaliser ces développements en travaillant sur des données réelles, en particulier des données de déplacements de plus de 30 éléphants d’Afrique dans une réserve sud-Africaine; (4) évaluer la qualité prédictive des modèles produits; (5, facultatif) en fonction de l’avancée des travaux, la réalisation d’une interface de simulation à l’usage des gestionnaires pourra être considérée.
Le stage sera réalisé au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE, Montpellier), sous la direction de Simon Chamaillé-Jammes, chercheur CNRS en écologie comportementale. Le ou la stagiaire rejoindra donc l’équipe ‘Mouvement, Abondance et Distribution’ du laboratoire – une très belle et sympathique équipe ! La durée de stage devra être de 5 ou 6 mois, avec une date de démarage souhaitée en septembre ou octobre. Le stage est gratifié.
Le profil recherché est :
– Cursus universitaire ou école d’ingénieur.e, spécialité écologie (éventuellement hors écologie si formation en analyses spatiales).
– Intérêt pour les questions liées au déplacement animal.
– Bonne maitrise du langage R.
– Une expérience de la modélisation/simulation et/ou de l’analyse de données de déplacement sera un plus.
– Autonomie, prise d’initiative, rigueur.
Pour plus d’information, ou pour candidater (email de motivation+CV), écrire à Simon Chamaillé-Jammes (simon.chamaille@cefe.cnrs.fr). La sélection de la candidature retenue se fera début mai.
References utiles:
Avgar, T., Potts, J. R., Lewis, M. A., & Boyce, M. S. (2016). Integrated step selection analysis: bridging the gap between resource selection and animal movement. Methods in Ecology and Evolution, 7(5), 619-630.
Arce Guillen, R., Lindgren, F., Muff, S., Glass, T. W., Breed, G. A., & Schlägel, U. E. (2023). Accounting for unobserved spatial variation in step selection analyses of animal movement via spatial random effects. Methods in Ecology and Evolution, 14(10), 2639-2653.
Forrest, S. W., Pagendam, D., Bode, M., Drovandi, C., Potts, J. R., Perry, J., … & Hoskins, A. J. (2025). Predicting fine‐scale distributions and emergent spatiotemporal patterns from temporally dynamic step selection simulations. Ecography, 2025(2), e07421.
Klappstein, N. J., Thomas, L., & Michelot, T. (2023). Flexible hidden Markov models for behaviour-dependent habitat selection. Movement Ecology, 11(1), 30.
Michelot, T., Blackwell, P. G., Chamaillé-Jammes, S., & Matthiopoulos, J. (2020). Inference in MCMC step selection models. Biometrics, 76(2), 438-447.
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