Contexte scientifique :
Les pesticides constituent une source majeure de contamination diffuse des écosystèmes aquatiques et peuvent affecter les organismes non cibles exposés chroniquement. Les écrevisses exotiques, largement distribuées dans les milieux aquatiques, constituent des organismes sentinelles pertinents pour étudier ces contaminations. Au-delà de leur bioaccumulation, l’exposition aux pesticides peut modifier le microbiote associé aux organismes hôtes, notamment au niveau de l’intestin et de l’hépatopancréas, avec des conséquences potentielles sur la nutrition, l’immunité et les processus de détoxification. Dans le cadre du projet HOLOCRAY-PEST, des écrevisses provenant de sites présentant des niveaux contrastés de contamination seront étudiées afin de caractériser les communautés microbiennes associées à ces tissus par métabarcoding. Le stage aura pour objectif de caractériser la diversité et la composition du microbiote et d’identifier d’éventuelles signatures microbiennes associées à l’exposition aux pesticides.
Hypothèses testées dans le projet :
H1 : L’exposition chronique aux pesticides modifie la composition et la diversité du microbiote des écrevisses.
H2 : Les communautés microbiennes diffèrent entre les populations provenant de sites fortement contaminés et peu ou pas contaminés.
H3 : Certaines bactéries ou signatures microbiennes sont associées au niveau de contamination et pourraient constituer des biomarqueurs de l’exposition.
Techniques mises en oeuvre:
Extraction d’ADN à partir des tissus intestinaux et hépatopancréatiques ; amplification du gène 16S rRNA et séquençage Illumina paired-end ; traitement bioinformatique des données de métabarcoding (filtrage, débruitage, assignation taxonomique) ; analyses de diversité alpha et beta et analyses multivariées des communautés microbiennes ; recherche de taxons et signatures microbiennes associés aux niveaux de contamination.
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