Offre de stage M1
Influence de le la taxonomie de l’hôte sur la structuration du virome chez les moustiques
Les virus représentent les entités biologiques les plus abondantes et diverses de la planète. Pourtant, l’écologie des communautés virales, ou viromes, demeure encore largement méconnue. Cette pénurie de connaissances touche aussi à des viromes ayant des applications potentielles comme les viromes des moustiques. Des travaux récents indiquent que la composition du virome des moustiques peut influencer leur physiologie et, ainsi, moduler leur capacité à transmettre des agents pathogènes à l’être humain.
Au sein de notre équipe, nous cherchons à caractériser les viromes des moustiques afin de comprendre leur rôle potentiel dans la transmission virale aux vertébrés. Cependant, la manière dont les viromes se structurent dans la nature reste encore mal comprise.
L’objectif principal du stage est d’explorer la structuration du virome de moustiques le long d’un gradient d’apparentement taxonomique de l’hôte. Cette question reste largement inexplorée. Plus précisément, le gradient est formé par des espèces de moustiques appartenant à trois genres. Le stagiaire travaillera à partir d’un jeu de données déjà généré. Ce jeu comprend plusieurs centaines de viromes issus d’analyses métagénomiques réalisées sur des milliers d’individus appartenant aux trois genres de moustiques.
Les missions principales seront :
1. Consolidation du jeu de données existant.
2. Analyse des diversités alpha et bêta afin de caractériser la structure des communautés virales.
3. Selon l’avancement, l’analyse par réseaux des viromes.
Profil recherché
– Intérêt marqué pour l’écologie des communautés et/ou l’écologie virale.
– Notions de programmation en R.
– Motivation pour l’analyse de données.
Durée du stage : au moins 4 mois (stage rémunéré).
Lieu : Unité de recherches ASTRE, Campus international de Baillarguet, Montpellier
Publications de l’équipe: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=serafin+gutierrez%5BAuthor%5D&sort=date
Contact : Serafín Gutiérrez, serafin.gutierrez@cirad.fr
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