Titre de stage : Impact de la plantation sur la diversité génétique forestière : cas d’une vieille sapinière.
Dans le cadre du projet Européen Optforests (https://www.optforests.eu/), nous recrutons un(e) stagiaire de niveau licence ou master pour étudier l’impact de plantations d’arbres non locaux sur la diversité génétique de populations locales. Le stage aura lieu dans le laboratoire Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM, INRAE) à Avignon pour une durée de 3 à 6 mois à partir de septembre 2026.
Contexte et objectifs :
Les résultats du projet Occigen sur les vieilles forêts (https://hal.inrae.fr/OCCIGEN) ont révélé une zone de mélange génétique dans la forêt ancienne de la Tenelle, située dans l’Aveyron, sur la commune d’Arnac-sur-Dourdou. Aux 25 arbres étudiés dans le cadre d’Occigen ont été ajoutés 300 arbres supplémentaires afin de mieux caractériser la structure génétique à l’échelle du massif forestier. L’origine de ce mélange est probablement liée à d’anciennes plantations datant de la fin du XIXᵉ siècle, mais aucune archive de gestion n’a été trouvée pour le confirmer. Les outils génétiques permettront donc de reconstruire l’histoire de ce peuplement grâce à l’analyse de 325 échantillons, dont l’ADN a été séquencé pour 14 microsatellites (méthode SSRseq, https://pgtb.fr/developpement-et-genotypage-de-microsatellites-par-sequencage-ssr-seq-2/) et 74 SNPs.
L’évaluation de la connectivité génétique entre la population autochtone et les plantations voisines à l’échelle du paysage sera réalisée grâce à des analyses de génétique des populations. La connectivité sera quantifiée par des estimations du flux de gènes et des degrés de mélange génétique entre les populations. L’effet de l’hybridation sur la vigueur des arbres sera aussi étudié à travers différents paramètres dendrométriques, notamment la hauteur et la circonférence des individus.
Les méthodes mises en œuvre reposeront sur l’utilisation de modèles de génétique des populations afin d’évaluer les taux d’hybridation et des outils statistiques sous R. Au cours du stage, le ou la stagiaire développera des compétences en génétique des populations (hybridation, diversité génétique, structure des populations) et dans l’utilisation de logiciels spécialisés en génétique des populations et en analyses statistiques.
Profil recherché :
Niveau Licence ou Master en biologie.
Expérience en analyse de génétique des populations
Expérience en analyse statistiques
Expérience dans l’utilisation du logiciel R
Environnement de travail
L’étudiant.e sera encadrée par Caroline Scotti-Saintagne, ingénieur de recherche en génétique forestière. Il :elle sera basé.e à l’ unité de recherche INRAE Ecologie des forêts méditerranéennes https://ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/.
Domaine Saint-Paul, site Agroparc. Route de l’aérodrome. 84914 AVIGNON Cedex 9
Equipe d’accueil : Axe disciplinaire : Biologie des populations et évolution (BioPopEvol)
Rémunération : selon grille salariale de l’INRAE
Date de prise de fonction : A définir, idéalement démarrage octobre 2026
Durée : 6 mois selon possibilités
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