Contexte
Les écosystèmes de montagne se réchauffent plus rapidement que ceux des plaines, jusqu’à 30 % de plus pour les Pyrénées. Ce massif constitue le deuxième hotspot de biodiversité en Europe avec 3652 espèces indigènes végétales, dont une proportion significative d’espèces rares, localement adaptées et endémiques. Dans ce contexte, Noèmie COLLETTE (thèse ANTICI’PYR 2024-2027) développe un pipeline de modélisation de niches bioclimatiques pour évaluer les impacts du changement climatique sur 2682 espèces répertoriées dans l’Atlas de la flore des Pyrénées (Pironon et al. 2022 ; https://atlasflorapyrenaea.eu/src/home/prez.php?idma=2). L’objectif est d’analyser la dynamique spatio-temporelle des conditions climatiques favorables à ces espèces afin d’anticiper les changements potentiels des cortèges floristiques des Pyrénées à l’horizon 2100 et de fournir des éléments d’aide à la décision pour la gestion et la conservation des milieux naturels.
L’étude déjà réalisée sur 59 espèces endémiques pyrénéennes (Collette et al., 2025) montre que les habitats ayant des conditions climatiques qui leurs sont favorables pourraient se déplacer en moyenne de 180 m en altitude et de 3 km vers le Nord en latitude. Les zones les plus propices à la coexistence de plusieurs espèces se retrouveraient alors confinées à des altitudes supérieures à 2 000 m. D’ici 2100, la quasi-totalité des espèces endémiques pyrénéennes devraient subir une forte réduction de la superficie des habitats ayant des conditions climatiques qui leurs sont favorables, avec près de la moitié d’entre elles risquant une disparition complète de ces conditions suivant les scénarios à fortes émissions de gaz à effet de serre. Cependant, certaines d’entre elles pourraient bénéficier de ces nouvelles conditions climatiques, mettant en évidence la nécessité d’examiner si elles possèdent des traits qui pourraient être préférentiellement associés à cette expansion potentielle et s’avérer avantageux dans ces environnements futurs. Il s’avère donc utile dans ce contexte de constituer une base de données répertoriant les traits pertinents pour les 2682 espèces pyrénéennes étudiées afin de les confronter demain aux résultats de modélisation de niches bioclimatiques et d’évaluer leur capacité éventuelle d’adaptation face au changement climatique.
Données disponibles et objectifs du stage
Les résultats des projets Interreg POCTEFA Floralab/Floralab+ montrent que i) la présence ou la floraison de certaines espèces peut fortement fluctuer d’une année à l’autre, ii) certaines populations en déclin ne fleurissent plus depuis une décennie et sont déjà à la limite de leur aire de répartition, iii) ces traits communs concernent déjà des espèces appartenant à différentes familles d’Angiospermes. C’est notamment le cas pour Cypripedium calceolus et Orchis spitzelii (Orchidaceae), Maianthemum bifolium et Convallaria majalis (Asparagaceae), Xatartia scabra (Apiaceae) et Delphinium montanum (Ranunculaceae, Salvado et al., 2022). Nous proposons donc au(à la) candidat(e) de constituer une base de données pour agréger tout trait pertinent avec leurs ressources bibliographiques à l’appui pour les 2682 espèces pyrénéennes : i) la taille du génome en utilisant la base de données des valeurs 1C des plantes (qui sont un proxi de la taille du génome, https://cvalues.science.kew.org/), ii) le niveau de ploïdie en utilisant la base de données publique (https://ploidb.tau.ac.il/) ou la cytométrie en flux qui permet directement d’évaluer ces grandeurs, iii) le cycle de vie, les modes de reproduction, en se basant sur baseflor et baseveg (Julve, dernière mise à jour 2024) et iv) tout autre trait que nous jugerons pertinent. Il.elle réalisera des analyses statistiques et évaluera alors la disponibilité et représentativité des traits dans le jeu de données ainsi que leur répartition en fonction du gradient altitudinal. Le.la candidat.e définira des hypothèses à tester à la lumière de la littérature et de données acquises sur d’autres massifs (Appenins, Alpes).
Profil recherché
Nous recherchons une personne motivée, rigoureuse et autonome possédant de solides bases en biostatistiques (notamment en modélisation linéaire), biologie et physiologie végétale, écologie et biologie de la conservation et pouvant aussi justifier de compétences en analyses bio-informatiques ainsi qu’une bonne aptitude à la rédaction scientifique et à la communication des résultats (en français et en anglais). Compte-tenu de la disponibilité des données, une expérience du travail de terrain ou une maitrise des techniques de travail en laboratoire ne seront pas indispensables pour ce stage mais seront appréciées de même qu’une éventuelle maitrise de l’espagnol et/ou du catalan.
Structure d’accueil et conditions de travail
Le stage de master 1, d’une durée de 3-5 mois à partir de janvier 2026, se déroulera au Laboratoire Génome et Développement des Plantes (UMR UPVD/CNRS 5096, https://lgdp.univ-perp.fr/) à l’Université de Perpignan Via Domitia au sein de l’équipe Geno’Mix (https://lgdp.univ-perp.fr/recherche/genomique-echange-genetique-adaptation-et-evolution). Le stage sera gratifié selon les règles en vigueur dans le cadre du projet Interreg POCTEFA Floralab+ (https://www.floralab.eu/).
Contacts
Pour toute demande d’information supplémentaire et/ou faire acte de candidature, contacter par courriel les deux encadrantes, Noèmie COLLETTE (noemie.collette@univ-perp.fr) et Valérie HINOUX (valerie.hinoux@univ-perp.fr). Pour postuler, joindre une lettre de motivation et un CV. Date limite de candidature : 07/12/2025.
Liste des références bibliographiques citées dans cette offre
Collette N., Pinel S., Delorme-Hinoux V., Bertrand J., (2025) Predicting spatiotemporal bioclimatic niche dynamics of endemic Pyrenean plant species under climate change: how much will we lose ? https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.03.19.644085v1, accepté dans Ecography
Pironon S., Gómez D., Font X., García M.B. (2022) Living at the limit in the Pyrenees: Peripheral and endemic plants are rare but underrepresented in protection lists. Divers. and Distrib., 28, 930–942. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ddi.13487
Salvado P., Aymerich Boixader, P., Parera J., Vila Bonfill A., Martin M., Quélennec C., Lewin J.-M., Delorme‐Hinoux V., Bertrand J. (2022) Little hope for the polyploid endemic Pyrenean Larkspur (Delphinium montanum): evidences from population genomics and Ecological Niche Modeling. Ecology and Evolution, 12 (3), (10.1002/ece3.8711).
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