Contexte
Force est de constater qu’une majorité des maladies humaines émergentes sont d’origine zoonotiques, lesquelles proviennent principalement de la faune sauvage. Parmi celle-ci, les rongeurs sont les réservoirs de nombreux virus potentiellement transmissibles aux êtres humains, comme le virus de Lassa qui est endémique d’Afrique sub-saharienne. La zone d’incidence du virus s’étend en partie sur la Guinée, pays d’Afrique de l’Ouest situé à un point chaud de biodiversité et soumis à une forte pression anthropique. Comprendre les facteurs de présence du virus et d’exposition des populations humaines revêt donc un fort intérêt de santé publique.
Dans le cadre du projets BCOMING, des enquêtes éco-épidémiologique ont été réalisées de mai 2023 à juin 2025 dans huit villages de Guinée en saison des pluie et en saison sèche pour caractériser la composition des communautés de petits mammifères commensaux (espèces, sexe, statut reproducteur) et leur statut vis à vis du virus (détection d’ARN par RT-PCR et sérologie, confirmation génétique de l’identification des hôtes). Sur la base des données issues de ces enquêtes, l’objectif du stage sera de caractériser les communautés de petits mammifères pour explorer les facteurs pouvant expliquer les variations spatio-temporelles de (séro)-prévalence du virus de Lassa (ex. saison, reproduction, composition spécifique, habitat).
Déroulement
Le stage se déroulera en partie au CIRAD (Centre de coopération international en recherche agronomique pour le développement) au campus de Baillarguet (Montferrier-sur-Lez, France), et en partie au CERFIG (Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée), un centre de recherche relevant de l’Université Gamal Abdel Nasser de Conakry (Conakry, Guinée).
Après une phase d’intégration au CIRAD, le ou la stagiaire sera accuilli.e au CERFIG pour contribuer au travaux de laboratoire (extraction d’ADN et PCR) et à l’analyses des données. La rédaction pourra se faire en Guinée ou en France, en fonction de la préférence de l’étudiant.e. Une participation à une mission de terrain en Guinée pourra aussi être envisagée. Un vol aller-retour pour Conakry sera pris en charge en plus des indemnités de stage.
Début et durée
Stage d’une durée de six mois à partir de début 2026 (dates à convenir).
Compétences recherchées
– Licence en écologie, biologie moléculaire, épidémiologie ou discipline voisine.
– Intérêt pour l’écologie en lien avec des questions de santé.
– Une expérience de travail en laboratoire (extraction d’ADN, PCR, électrophorèse).
– Compétence en analyse de données (R/Rstudio).
– Expérience ou motivation pour vivre en Afrique de l’Ouest (durant la saison des mangues).
– Vaccination contre la fièvre jaune (obligatoire) et la rage (recommandée).
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