Contexte :
Dans le contexte actuel des changements climatiques, il est essentiel de bien comprendre les fondements de l’adaptation locale des espèces le long des gradients environnementaux. Nous nous intéressons plus particulièrement à l’adaptation des papillons le long du gradient altitudinal en Europe. Nous étudions plus particulièrement le rôle de la phénologie comme réponse et facteur d’adaptation au changement de climat avec l’altitude, avec une approche de génomique des populations. Pour cela nous menons depuis quelques années une campagne d’échantillonnage, pour une quinzaine d’espèces de papillons communes en Europe ; l’objectif final étant d’obtenir un échantillonnage pour 2 populations de basse altitude (en dessous de 600m d’altitude) et 2 populations de haute altitude (au dessus de 1500m d’altitude), respectivement dans les Alpes et les Pyrénées.
Une des hypothèses principales est que les espèces présentant un fort changement de phénologie avec l’altitude (changement du nombre de générations et/ou changement dans le timing de la phénologie) devraient présenter un flux de gènes plus restreint entre altitudes à cause du décalage temporel de la phénologie entre les populations. Cependant d’autres facteurs sont également à prendre en compte comme l’isolement par la distance entre les populations. Cet isolement par la distance dépend notamment des capacités de dispersion, qui diffèrent entre les espèces, pouvant ainsi influencer les niveaux de structuration génétique observés entre populations. Un isolement écologique peut également être observé, notamment chez les espèces dont l’écologie diffère entre les altitudes, par exemple pour la spécialisation à la plante-hôte ou à l’habitat.
Objectifs du stage :
– (i) analyser et comparer la différentiation génétique des populations de différentes espèces de papillons, pour obtenir des estimations de la structure génétique le long du gradient altitudinal.
– (ii) mettre en lien les niveaux de différenciation entre populations pour chaque espèce avec différents traits écologiques, comme par exemple la capacité de dispersion ou la spécialisation écologique afin de voir comment les caractéristiques écologiques des espèces influencent la structuration génétique observée.
Approche méthodologique :
Le ou la stagiaire travaillera sur des données issues de séquençages de génomes entiers (WGS). Pour certaines espèces le jeu de données de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) a déjà été produit, pour d’autres ce sera à le ou la stagiaire de mettre en œuvre des outils d’analyse bio-informatique pour l’analyse des séquences ADN déjà développés dans le cadre d’une thèse portant sur ce projet. Le ou la stagiaire devra également constituer une base de données de traits écologiques pour les espèces d’intérêts à partir de la bibliographie et de bases déjà publiées. Enfin, le ou la stagiaire devra tester si les niveaux de différenciation sont expliqués par des différences de traits écologiques entre espèces.
Selon les affinités du / de la stagiaire et la durée du stage, il / elle pourra être amené à faire de la biologie moléculaire (extraction d’ADN) et/ou du terrain dans les Alpes et les Pyrénées.
Compétences requises :
– concepts théoriques de génétique/génomique des populations
– connaissances de base de l’environnement Linux (utilisation de pipelines de bio-informatique en bash)
– maîtrise d’analyses statistiques basiques sous R (modèles linéaires)
– des connaissances naturalistes sur les Lépidoptères seront un plus, mais pas essentielles
Profil recherché :
– Etudiant ou étudiante en Master 1 en écologie, biologie évolutive, génétique ou bio-informatique.
– Intérêt pour la génétique des populations et l’analyse de données
Perspectives :
Ce stage permettra au / à la stagiaire d’acquérir de l’expérience en génétique des populations, en bio-informatique et en écologie évolutive.
Encadrement et conditions :
– Stage encadré au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), au sein de l’équipe de Génétique et Ecologie Evolutive (GEE), par Mathieu Joron et sa doctorante Audrey Bourgois
– Durée : entre 2 et 3 mois (à partir de mi février – début mars idéalement) (ces points peuvent être rediscutés selon les besoins du ou de la stagiaire).
– Location : Montpellier
– Gratification selon réglementation en vigueur
Modalités de candidature :
Soumettre une lettre de motivation détaillant votre intérêt pour le stage, et un CV complet incluant les UE suivies et précédentes expériences en lien avec les compétences requises pour le stage à l’adresse mail ci-dessous. Après étude des candidatures, des entretiens individuels sur place ou en visio seront ensuite réalisés.
Date limite de candidature : 16/01/2026
Contact : audrey.bourgois@cefe.cnrs.fr
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