Structure d’accueil : Ifremer Nantes
Lieu : Nantes
Durée : 5 à 6 mois (à partir de janvier 2027)
Partenariat : UMR DECOD, L’Institut Agro, Rennes
Encadrant(s) : Jean-Baptiste Romagnan, Martin Huret, Pablo Brosset
Date limite de candidature : 15 novembre 2026
Encadrement du stage :
Jean-Baptiste Romagnan, UMR DECOD, Ifremer Centre Atlantique, Unité HALGO, laboratoire EMH
jean.baptiste.romagnan@ifremer.fr tel: 02 40 37 41 62
Pablo Brosset, UMR DECOD, Institut Agro Rennes
pablo.brosset@agrocampus-ouest.fr tel: 02 23 48 55 38
Martin Huret, UMR DECOD, Ifremer Centre Bretagne, Unité HALGO, laboratoire LBH
martin.huret@ifremer.fr tel: 02 98 22 41 36
Laboratoire/unité d’accueil
UMR DECODHALGO Laboratoire Ecologie et Modèles pour l’Halieutique (EMH)
Ifremer Centre Atlantique, Rue de l’Ile d’Yeu, BP 210105 – 44311 Nantes Cedex 03
L’unité mixte de recherche (UMR) « Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan » (DECOD est le regroupement d’équipes de recherche d’INRAE, de l’Ifremer et de l’Institut Agro Rennes-Angers. Cette entité rassemble chercheurs, ingénieurs et techniciens de laboratoires situés à Brest, Lorient, Nantes et Rennes. Elle a pour ambition de contribuer à produire des connaissances pour anticiper les changements liés aux différentes pressions exercées par les activités humaines sur la biodiversité aquatique continentale et marine.
Les activités de DECOD sont centrées sur l’analyse des processus écologiques et évolutifs à l’œuvre dans les milieux aquatiques et à leurs interfaces, de la source à l’océan, l’évaluation de l’état de la biodiversité, et la construction de scénarios de futurs possibles pour ces écosystèmes. Les résultats de ces recherches sont utilisés pour développer des outils et des méthodes d’évaluation de l’état des écosystèmes et des ressources exploitées, et donc d’aide à la décision pour la gestion. L’UMR fédère ainsi une communauté scientifique qui mène des recherches pour appuyer les politiques publiques, nationales et européennes.
Le laboratoire EMH et ses collaborateurs offrent un environnement de travail stimulant et créatif. L’équipe utilise un large éventail de techniques de modélisation allant des individus aux niveaux des écosystèmes, avec une expertise dans les domaines des liens entre la démographie, la dynamique des populations et les écosystèmes dans le but d‘une utilisation durable des ressources halieutiques et des écosystèmes. Le laboratoire EMH d’Ifremer a une longue tradition d’accueil et de formation de stagiaires de tous niveaux universitaires.
Contexte
La sardine européenne (Sardina pilchardus) constitue une espèce emblématique des pêcheries du golfe de Gascogne et joue un rôle majeur dans le fonctionnement du socio-écosystème pélagique du golfe (Huret et al., 2026). Ces dernières années, des évolutions importantes de caractéristiques biologiques de la sardine ont été observées, notamment une diminution de la taille et de la condition corporelle des individus (Véron et al., 2020), ainsi que des changements dans leur dynamique et leur distribution spatiale, en relation avec des changements environnementaux, en particulier une accélération du réchauffement climatique et une diminution de la taille des organismes zooplanctonique (Grandrémy, 2023). Ce stage s’inscrit dans la continuité de ces travaux et vise à approfondir les connaissances sur la reproduction de la sardine dans le golfe de Gascogne, en s’intéressant plus particulièrement aux dynamiques spatiale et temporelle de la taille des œufs (Garrido et al., 2015), qui pourraient refléter des dynamiques d’adaptation de la sardine aux dynamiques environnementales à l’œuvre dans le golfe.
Objectifs du stage
Ce stage a pour objectif principal l’analyse des potentielles conséquences de la baisse de profitabilité du zooplancton sur la reproduction des petits poissons pélagiques, et en particulier sur la quantité des réserves allouées aux œufs par la mère. L’hypothèse principale est que la taille des œufs diminue en fonction de l’augmentation de la température et de la diminution de taille du zooplancton, dans le contexte de perte de condition des adultes. L’hypothèse alternative est que la taille des œufs ne diminue pas, traduisant un investissement plus important des mères dans la reproduction. Pour cela, le stage s’appuiera sur une série temporelle d’échantillonnage des œufs de sardine collectés au CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler, Checkley et al., 1997) et imagées au ZooCAM (Colas et al., 2018) lors des campagnes annuelles PELGAS (printemps, Gascogne, Doray et al., 2018)), EVHOE (automne, Gascogne) et CGFS (automne, Manche), entre 2014 et 2026. L’étude portera précisément sur l’analyse de la variabilité temporelle (saisonnière, interannuelle) et spatiale (Gascogne vs. Manche) de la taille des œufs dans le temps (marqueurs des réserves énergétiques disponibles pour la future larve), en lien avec différents paramètres environnementaux tels que la température qui semble jouer sur la taille des œufs de sardine (Huret et al., 2016) mais également des descripteurs du zooplancton (abondance, biomasse, taille). Plus spécifiquement, le/la stagiaire devra :
• Extraire la taille des œufs des images individuelles collectées à l’aide du ZooCAM, en séparant les images avec les œufs en bon état de celles avec des objets abîmés ou avec plusieurs objets superposés, à l’aide de l’application web Ecotaxa (Picheral et al., 2017).
• Conduire une analyse rétrospective de la taille des œufs de sardine, qui pourrait être un indicateur de baisse de la qualité des œufs des petits pélagiques (données zoocam depuis 2014 disponibles).
• Explorer la variabilité spatio-temporelle de la taille des oeufs pour en évaluer les dynamiques fonction de la saison ou de la région.
• Evaluer si les changements observés dans l’habitat (notamment sur le zooplancton et les paramètres hydrologiques clefs), ou dans la structure en taille de la population adulte, ont un effet sur les patrons spatio-temporels de la taille des oeufs.
Méthodologie
• Le/la stagiaire analysera les images d’œufs de sardine avec l’application web Ecotaxa.
• Les données ainsi générées seront dans un premier temps analysées dans un cadre univariée pour effectuer des comparaisons simples (entre années, entre zone géographiques, entre saisons).
• Une fois ces analyses réalisées le stage mobilisera des outils d’analyse spatiale (cartographie), multivariée, de traitement de séries temporelles pour déterminer les dynamiques spatio-temporelles de la taille des œufs
• Enfin le/la stagiaire mettra en œuvre des statistiques avancées (GLM, GAM), et leurs possibles liens avec l’environnement, selon les compétences et intérêts du/de la stagiaire. Les analyses devront être réalisées sous R.
Ce stage propose également un embarquement de 15 jours sur la campagne PELGAS. Outre son travail de stage, le/la stagiaire participera au travail à bord, au laboratoire d’hydrobiologie. Il/elle se formera au déploiement de CTD et bouteilles Niskin, à la collecte et l’analyse d’œufs de poissons au CUFES, à la collecte de zooplancton au filet WP2, et a l’utilisation du ZooCAM. Cet embarquement sera l’occasion de l’analyse d’échantillons d’œufs historiques (années 2000, à déterminer), par imagerie, pour une éventuelle comparaison des tailles des œufs anciens avec celles des années récentes.
Déroulement du stage
Durée du stage : 5 à 6 mois, de Janvier 2025 à Juin 2027 inclus (les dates exactes de début et de fin du stage seront précisées conjointement entre le/la stagiaire, l’Ifremer et l’institution d’origine au moment de la signature de la convention de stage).
• Janvier 2027 : dépouillement des données d’imagerie des oeufs à terre
• Février 2027 : prise en main des données, analyses univariées
• Mars 2027 : analyse multivariées, génération des cartes, analyses statistiques
• Avril 2027 : analyses statistiques, relation taille des œufs/environnement
• Mai 2027 : Campagne PELGAS 2027 (15 jours), rédaction du rapport de stage
• Juin 2025 : rédaction du rapport de stage, préparation de la soutenance.
Profil recherché
• Étudiant.e de Master 2 (Université ou école d’ingénieur) en écologie, environnement, océanographie, bio-statistique
• Excellentes compétences en traitement de données et statistiques (R obligatoire)
• Autonomie, rigueur et esprit de synthèse
• Motivé pour embarquer lors de la campagne océanographique PELGAS 2027 (15 jours en mai 2027)
Conditions
• Gratification réglementaire selon les normes en vigueur (~650 euros/mois, financement DCF).
• Accès aux infrastructures du laboratoire Ifremer (bureaux, ordinateurs, etc.)
• Encadrement assuré par une équipe pluridisciplinaire
• Possibilité de valorisation des résultats (communication, publication)
Contacts :
Candidature à envoyer à tous les responsables.
Jean-Baptiste Romagnan : Jean.Baptiste.Romagnan@ifremer.fr
Martin Huret : martin.huret@ifremer.fr
Pablo Brosset : pablo.brosset@institut-agro.fr
Ne pas hésiter à effectuer des demandes de renseignements complémentaires à tous les responsables.
Références
Checkley D.M., Cosman P., 2004, Pelagic Fish Egg Abundance and Mortality Estimation by CUFES and Real-Time Machine Vision. California Sea Grant College Program.
Colas F., Tardivel M., Perchoc J., Lunven M., Forest B., Guyader G., Danielou M.M., Le Mestre S., Bourriau P., Antajan E., Sourisseau M., Huret M., Petitgas P., Romagnan J.B., 2018, The ZooCAM, a new in-flow imaging system for fast onboard counting, sizing and classification of fish eggs and metazooplankton. Progress in Oceanography, Multidisciplinary integrated surveys 166, 54–65.
Doray M., Petitgas P., Romagnan J.B., Huret M., Duhamel E., Dupuy C., Spitz J., Authier M., Sanchez F., Berger L., Dorémus G., Bourriau P., Grellier P., Massé J., 2018, The PELGAS survey: Ship-based integrated monitoring of the Bay of Biscay pelagic ecosystem. Progress in Oceanography, Multidisciplinary integrated surveys 166, 15–29.
Garrido S., Ben-Hamadou R., Santos A.M.P., Ferreira S., Teodósio M.A., Cotano U., Irigoien X., Peck M.A., Saiz E., Ré P., 2015, Born small, die young: Intrinsic, size-selective mortality in marine larval fish. Sci Rep 5, 17065.
Huret M., Bourriau P., Gatti P., Dumas F., Petitgas P., 2016, Size, permeability and buoyancy of anchovy (Engraulis Encrasicolus) and sardine (Sardina Pilchardus) eggs in relation to their physical environment in the Bay of Biscay. Fish Oceanogr. 25, 582–597.
Grandrémy N., 2023, Dynamiques spatio-temporelles du zooplancton, en lien avec l’habitat et les petits poissons pélagiques, dans le Golfe de Gascogne. (phd thesis). Nantes Université.
Picheral M, Colin S, Irisson J-O. EcoTaxa, a tool for the taxonomic classification of images. http://ecotaxa.obs-vlfr.fr (accessed 12.11.25).
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