Titre de la thèse : Comprendre comment la connectivité des stades de vie et les effets carry-over façonnent le recrutement : approche intégrée appliquée à la plie (Pleuronectes platessa) de Manche Est
Mots-clés : Poisson plat – Recrutement – Écologie trophique – Croissance – Condition physiologique et nutritionnelle – Jeunes stades – Cohortes
Anglais : Understanding how life stage connectivity and carry-over effects shape recruitment: an integrated approach applied to plaice (Pleuronectes platessa) in the Eastern English Channel
Keywords: Flatfish – Recruitment – Trophic ecology – Growth – Physiological and nutritional condition – Early life stages – Cohorts
Laboratoire d’accueil : LOG (Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences), ULCO et Ifremer – Laboratoire Ressources Halieutiques (Boulogne-sur-Mer)
Spécialité : Écologie marine et halieutique – durabilité des ressources
Encadrement : Pr Frida Ben Rais Lasram (LOG – ULCO, directrice), Jérémy Denis (LOG – ULCO, co-directeur) et Léa Joly (Ifremer – LRH, co-directrice).
Financement : IFSEA – ULCO
Thématique : Ce projet de thèse à pour objectif d’identifier les mécanismes qui contrôlent le recrutement de la plie en Manche Est en étudiant conjointement la connectivité, l’écologie trophique et la condition physiologique des stades larvaires et juvéniles. Il s’inscrit pleinement dans les priorités scientifiques de l’équipe DREEM du LOG : analyse du fonctionnement des écosystèmes côtiers, du plancton aux poissons exploités (Axe 1), développement d’approches de modélisation biophysique et d’indicateurs intégrés pour comprendre la survie et la distribution des jeunes stades (Axe 2), et évaluation des services écosystémiques rendus par les nourriceries côtières, essentielles aux socio-écosystèmes halieutiques (Axe 3). Le projet renforcera également la transversalité entre l’équipe TELHYD, notamment sur les aspects liés aux modèles de dérive larvaire et aux forçages physiques. Il favorisera en parallèle les collaborations scientifiques avec l’Ifremer. En effet, il répond aux objectifs du laboratoire LRH (Ressources Halieutiques) : améliorer la compréhension des mécanismes qui conditionnent l’état, la productivité et la dynamique des populations exploitées (Objectif 1), apporter des connaissances sur l’évolution des communautés et les leviers de gestion durable des pêcheries futures (Objectif 2), et fournir des outils pour quantifier les impacts cumulés des activités humaines sur les habitats essentiels, dont les nourriceries (Objectif 3). Ainsi structurée, la thèse s’inscrit au cœur des enjeux communs du LOG et de l’Ifremer en matière de fonctionnement des écosystèmes, de gestion durable des ressources et d’évaluation des pressions anthropiques.
Contexte : Ce doctorat s’inscrit à la fois dans un contexte général et dans une problématique fortement localisée en Manche Est, marqué par une diminution préoccupante de la biomasse des poissons plats exploités commercialement. Ce constat suscite l’inquiétude pour le tissu socio-économique des territoires côtiers dépendant de ces ressources. Le stock d’adulte reproducteur exploitable de plie (Pleuronectes platessa) en Manche Est a augmenté jusqu’en 2014, s’est stabilisé, puis a amorcé un déclin marqué depuis 2020. Il atteint aujourd’hui l’un des niveaux le plus bas observés depuis ces quinze dernières années, qui se répercute par des débarquements historiquement faibles, les plus bas enregistrés depuis le début de la série chronologique en 1976 (ICES recommandations 2025, WGNSSK 2025). Malgré une succession de recrutements élevés entre 2010 et 2019, atteignant un maximum en 2014, le recrutement est en baisse depuis 2019. L’avis du Conseil International pour l’Exploration de la Mer (CIEM) pour 2026 reflète cette dynamique défavorable, avec une révision à la baisse de 56% (1384 tonnes) par rapport à l’avis 2025 (2600 tonnes).
Bien que l’écologie des jeunes stades de vie ait été largement étudiée depuis plusieurs décennies, les mécanismes contrôlant le recrutement de la plie restent encore insuffisamment compris. Les phases larvaires et juvéniles, reconnues comme déterminantes pour la constitution des futures populations d’adultes, permettent d’élaborer des indices de recrutement basés sur l’abondance, mais les capacités prédictives associées restent très variables. Plusieurs facteurs abiotiques et biotiques, ainsi que la densité des juvéniles lors de leur installation au sein des nourriceries côtières, influencent la survie et la dynamique des cohortes. L’installation dans ces habitats essentiels dépend d’abord de la survie larvaire jusqu’aux zones favorables, mais les continuités entre stades de vie successifs sont encore rarement intégrées dans les approches actuelles.
Les études récentes montrent que la dérive larvaire, fortement contrainte par les conditions hydrodynamiques régionales, structure la connectivité entre frayères et nourriceries côtières et conditionne l’arrivée et l’installation des juvéniles. Parallèlement, la condition physiologique des larves, influencée par l’ontogénie, la température, la disponibilité en proies et les conditions rencontrées durant la dérive, détermine la croissance ultérieure et la capacité d’installation dans les nourriceries. Ces processus interagissent avec les dynamiques trophiques locales, incluant la compétition et la prédation, qui modifient la survie des juvéniles en complément des facteurs physiques. Si les modèles biophysiques représentent aujourd’hui les approches les plus prometteuses, plusieurs limites persistent : représentation partielle du comportement larvaire et des processus sub-mésoscales, manque de données intégrées sur les effets carry-over à l’échelle des cohortes, compréhension encore incomplète des interactions trophiques et manque d’approches véritablement interdisciplinaires. Les besoins identifiés concernent un couplage renforcé entre observations, expérimentation et modélisation, le développement de marqueurs biochimiques pour retracer les trajectoires écophysiologiques, l’intégration de la connectivité, ainsi qu’une amélioration des modèles pour y inclure comportement, croissance dépendante de la température et dynamique des proies. Une telle approche multi-échelle et intégrée est indispensable pour progresser vers une compréhension prédictive du recrutement dans un contexte de variabilité environnementale croissante.
Le projet de thèse proposé vise précisément à combler ces lacunes en assurant un suivi continu de cohortes successives, de l’ichtyoplancton (œuf et larve) jusqu’au stade juvénile, afin de caractériser les processus conduisant au recrutement. L’objectif est de travailler à plusieurs échelles biologiques et écologiques afin de proposer une vision holistique et intégrative du recrutement, dans une perspective d’identifier les paramètres déterminants sa variabilité, avec pour objectif d’améliorer la gestion durable du stock emblématique de plie en Manche Est. L’approche combinera l’exploitation de séries temporelles existantes, la collecte de nouvelles données, ainsi que l’intégration d’indicateurs trophiques, physiologiques et de condition rarement mobilisée sur l’ensemble des premières années de vie. L’originalité et la force du projet de thèse résident sur ce suivi à long-terme de cohortes et dans l’articulation d’observation de terrain, d’approches analytiques et de modélisation.
Ce doctorat s’intègre dans un programme de recherche plus large, JOUVENS (2026-2030), financé par le GALPA 3 Estuaires, le Parc Naturel Marin des Estuaires Picards et de la Mer d’Opale, le LOG et l’Ifremer. Il s’appuie également sur des projets courts de recherche annexe de JOUVENS portés par l’Ifremer (projet DISET), et sur des dispositifs de formation par la recherche financée par l’IFSEA (projet NURSE-FLAT). Au-delà de l’appui scientifique conséquent qu’il apportera, ce réseau offrira au doctorant.e un environnement de travail multi-institutionnel et pluridisciplinaire, en lien direct avec les institutions scientifiques, les acteurs professionnels du secteur de la pêche et les gestionnaires des ressources halieutiques à l’échelle du territoire local.
Objectifs : L’objectif principal de la thèse est de comprendre comment les processus clés de la connectivité des stades précoces, les interactions trophiques et les effets carry-over associés à la condition physiologique déterminent le recrutement de la plie en Manche Est. Les objectifs spécifiques sont :
• Déterminer la connectivité entre frayères et nourricerie en caractérisant les dynamiques spatio-temporelles des jeunes stades de vie (œufs, larves et juvéniles) et identifier les facteurs hydrodynamiques et environnementaux régulant la force de recrutement.
• Évaluer la niche trophique et les processus de compétition/prédation influençant la survie larvaire et juvénile.
• Mesurer la condition physiologique et nutritionnelle larvaire (lipides, ARN/ADN) sur la performance des juvéniles (croissance, survie) et identifier des seuils critiques de survie et déterminer les effets carry-over reliant la condition, connectivité et installation dans les nourriceries côtières.
• Intégrer l’ensemble des processus dans un modèle biophysique, afin d’expliquer la variabilité interannuelle du recrutement.
Méthode :
Le projet de thèse est décliné en quatre chapitres :
– Chapitre 1 : Connectivité et dynamique des jeunes stades de vie
Ce chapitre, qui répond à l’objectif 1, s’appuie sur l’analyse de séries temporelles issues de campagnes de terrain ainsi que sur l’acquisition de nouvelles données en Manche Est. Les distributions d’œufs et de larves seront étudiées à partir des campagnes hivernales IBTS de l’Ifremer (2009-2028). Pour certaines années, les échantillons seront triés, identifiés, mesurés et stadés afin d’intégrer les variations de développement larvaire. Les données sur les juvéniles proviendront de plusieurs suivis : le suivi intertidal de l’estuaire de la Canche au printemps du LOG (âge 0, 2001-2019), les suivis subtidaux NOURCANCHE-NOURSOM menés en automne dans les estuaires picards par l’Ifremer (âges 1-3, 1980-2028) et la campagne ENOCO du LOG prés de Boulogne-sur-Mer (âges 1-3, 2024-2025). Le programme de recherche JOUVENS viendra compléter ces séries en couvrant l’ensemble de la nourricerie côtière des estuaires picards et l’ensemble des classes d’âge. Les sous-objectifs sont (1) décrire la distribution spatio-temporelle des œufs, larves et juvéniles ; (2) analyser la variabilité interannuelle des abondances ichtyoplanctoniques et juvéniles en lien avec les conditions environnementales ; et (3) identifier les relations entre abondances larvaires en milieu pélagique et abondances juvéniles dans les nourriceries.
– Chapitre 2 : Variation spatio-temporelle de l’écologie trophique
Ce chapitre, rattaché à l’objectif 2, s’appuie sur des campagnes de terrain qui se dérouleront entre 2026 et 2028 et seront soutenues par le projet JOUVENS. Les larves et juvéniles de plie seront échantillonnés conjointement avec leurs proies et prédateurs potentiels (zooplancton, macro-invertébrés). Les sous-objectifs sont (1) analyser les contenus digestifs et les signatures isotopiques, et comparer les variations interannuelles avec les données antérieures pour la zone ; (2) décrire les variations mensuelles et les différences entre habitats (intertidal vs subtidal) ; et (3) identifier les limitations trophiques susceptibles d’expliquer la variabilité du recrutement.
– Chapitre 3 : Effets carry-over sur le recrutement
Ce chapitre, correspondant à l’objectif 3, vise à évaluer les effets carry-over sur la survie et le recrutement des cohortes. L’analyse reposera sur la comparaison d’indices de condition et de croissance pour deux cohortes (âges 0 à 3 ans), à partir des échantillons collectés dans les campagnes IBTS et dans les nourriceries côtières (JOUVENS, NOURSOM). Une approche multi-indice permettra d’identifier les indicateurs les plus pertinents de survie. Les sous-objectifs sont (1) quantifier les réserves énergétiques (triglycérides) via une analyse de la composition lipidiques ; (2) évaluer la condition de croissance et la nutrition à partir du rapport ARN/ADN et d’indices morphométriques classiques utilisés en halieutique, et (3) déterminer les effets carry-over entre les premiers stades de vie, en lien avec les facteurs environnementaux et trophique de l’habitat.
– Chapitre 4 : Modélisation de la connectivité et de la condition
Rattaché à l’objectif 4, ce chapitre intégrera l’ensemble des données collectées précédemment, complétées par des éléments issus de la littérature. Celles-ci seront couplées à un modèle biophysique pour analyser conjointement les paramètres physiques et les processus biologiques qui influencent la survie et le recrutement des cohortes. Les sous-objectifs sont (1) modéliser les schémas de dispersion larvaire et la connectivité entre stades et nourriceries à partir du couplage du modèle lagrangien Ichthyop et du modèle hydrodynamique MARS3D ; (2) intégrer des processus biologiques (facteurs environnementales, interactions trophiques, condition physiologique) afin d’améliorer la précision des simulations de survie ; et (3) calibrer et valider le modèle intégré.
Résultats attendus : Les travaux de cette thèse permettront de mieux comprendre les facteurs qui contrôlent le recrutement de la plie, un stock sur le déclin en Manche Est. En intégrant l’ensemble des stades de vie, de la phase œuf jusqu’au recrutement, et en combinant des approches de terrain, de laboratoire et de modélisation, ce projet de thèse offre une vision holistique du processus de recrutement. Le suivi de cohortes à long-terme permettra de quantifier de manière robuste la connectivité entre les stades de vie et frayères et nourriceries, d’identifier les zones trophiques critiques pour la survie des jeunes stades de vie, de déterminer les effets carry-over et les goulots d’étranglement du recrutement et d’évaluer la pertinence d’indicateurs physiologiques et biochimiques comme prédicteurs du recrutement. Ces résultats fourniront des éléments essentiels pour soutenir une gestion écosystémique des stocks et habitats, anticiper les fluctuations des ressources et améliorer la durabilité du stock de plie.
Partenariats et collaborations : LOG (ULCO) – équipes DREEM & Ifremer (LRH)
Parc Naturel Marin et Acteurs socio-économiques (pêche)
Profil recherché :
– Master 2 en écologie marine / halieutique / océanographie
– Compétences souhaitées :
o analyses statistiques (R)
o écologie des poissons / plancton
o intérêt pour modélisation (atout)
o Goût pour le travail de terrain + analyses + modélisation
Candidature :
Postulez via ADUM : https://adum.fr/as/ed/voirproposition.pl?site=adumR&matricule_prop=73118
Date limite : 31 mai 2026
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