Ingénieur·e d’étude en synthèse, bancarisation et analyse de données sur la biodiversité des sols forestiers issues de méthodes moléculaires et morphologiques dans le cadre du projet BOSFOR (PEPR FORESTT).
Contexte du projet
Avec 17 millions d’hectares, les forêts françaises couvrent un tiers du territoire. Elles font face au changement climatique ainsi qu’à des pratiques sylvicoles non durables, et ce d’autant plus que les taux d’exploitation et de reforestation continuent d’augmenter pour satisfaire les besoins en bioéconomie et énergies renouvelables. Les choix de gestion, notamment ceux visant à moduler les niveaux de récolte, la composition en espèces ou les taux de reboisement, altèrent la biodiversité des peuplements. Ces choix affectent la biodiversité du sol pour laquelle nos connaissances restent très incomplètes. Bien que cette biodiversité du sol soit liée à de nombreux services écosystémiques, elle reste peu intégrée dans les modèles et les scénarios analysant le carbone ou la biodiversité, de même que dans la boite à outils nécessaire au suivi des forêts. La gestion durable des sols, ou plus généralement de la multifonctionnalité des forêts, passe donc par une connaissance approfondie de cette biodiversité. Il s’agit d’une condition préalable pour définir des indicateurs de santé des sols forestiers appropriés, mieux anticiper les réponses des organismes du sol et des fonctions associées aux changements globaux, et contribuer aux futures directives en matière de gestion forestière.
BOSFOR apportera des connaissances clés permettant de concevoir des outils d’aide à la décision durables à destination des décideurs et des professionnels de la forêt:
· Quelle est la diversité, la phénologie et l’activité des organismes des sols forestiers français ?
· Comment mieux gérer les forêts pour maintenir cette biodiversité et les fonctions associées, notamment dans un contexte du changement climatique ?
· Comment les modélisateurs et les parties prenantes peuvent-ils mieux prendre en compte cette biodiversité, améliorer les prédictions des modèles et contribuer à une gestion plus durable des forêts ?
BOSFOR permettra un effort unique de recherche sur la biodiversité des sols forestiers, réunissant des spécialistes de la faune et du microbiote des sols et travaillant en étroite collaboration avec les modélisateurs et les parties prenantes. Ce projet ambitieux et fédérateur s’appuiera sur des infrastructures et observatoires français représentant des écosystèmes forestiers contrastés. Il bénéficiera des travaux de soixante chercheurs, ingénieurs et techniciens et jeunes chercheurs de huit laboratoires différents. Le travail sera réalisé en interaction étroite avec des projets de recherche et nationaux et internationaux axés sur la surveillance de la biodiversité des sols et sa réponse aux changements globaux.
BOSFOR produira des résultats scientifiques clés qui inclura (i) une bibliothèque de codes-barres actualisée et une liste des taxons microbiens et faunistiques forestiers; (ii) un système standardisé de suivi de la présence et de l’activité des organismes du sol forestier basé sur de l’ADN environnemental, l’échantillonnage morphologique et de la surveillance acoustique ; (iii) une meilleure compréhension de la réponse cette biodiversité et des fonctions associées aux pratiques de gestion forestière courantes et innovantes ; (iv) une compréhension de la réponse de cette biodiversité au changement climatique et à l’exportation de biomasse ; (v) l’intégration d’un module sur la biodiversité des sols dans les modèles de dynamiques du carbone et des forêts ; (vi) la co-construction et l’évaluation de bioindicateurs du sol avec les parties prenantes. Enfin, BOSFOR favorisera la collaboration au sein de la communauté de recherche travaillant sur les forêts puisqu’il s’appuiera sur des sites d’étude et des sites expérimentaux partagés avec d’autres projets. En effet, le projet a été conçu dans le but d’être complémentaire et utile aux autres projets du PEPR FORESTT, et avec l’objectif général de dynamiser un large réseau de chercheurs et d’acteurs forestiers au niveau national, stimulant ainsi une recherche plus holistique et de nouveaux fronts de science.
Missions
L’offre de poste ingénieur d’étude s’inscrit dans le Work Package 1 (WP1) du projet BOSFOR dédié à la bancarisation des données existantes, la standardisation des protocoles d’échantillonnage et la mise en place d’expérimentations in situ. Le WP1 est co-porté par Pierre GANAULT, enseignant-chercheur au laboratoire ECODIV UCS INRAE 1499 de l’Université de Rouen Normandie et Mélanie ROY, enseignante-chercheuse au laboratoire CRBE de l’Université de Toulouse. Le WP1 vise entre autre à identifier, centraliser et bancariser les jeux de données, existant sur la biodiversité des sols, des micro-organismes (bactéries, champignons) à la faune du sol (micro, méso, macrofaune), produits par approche moléculaire (ADNe) ou morphologique (identification à la loupe). Cette collecte de données permettra aussi d’identifier des ADNe de sols sur lesquels séquencer de nouveaux marqueurs de taxons cibles.
Les missions suivantes relèveront de la personne recrutées :
1. Identification des jeux de données existant :
· Prise de contact avec les partenaires du projet possédant des données
· Collecte des méta-données associées
· Structuration d’un tableau de synthèse des données existantes
2. Identification des échantillons existant :
· Prise de contact avec les partenaires du projet possédant des échantillons (extraits ADN, spécimens conservés…)
· Collecte des méta-données associées
· Structuration d’un tableau de synthèse des échantillons ADNe existants
3. Comparaison aux bibliothèques de barcodes disponibles :
· Réaliser un benchmark de la complétude des bibliothèques de barcodes de références publiques au regard des taxons forestiers
· Définir les taxons manquant et proposer une stratégie pour réaliser leur séquençage
Livrables
La personne recruté·e devra fournir les livrables suivant, avec le soutien des deux porteurs du WP1 et le consortium BOSFOR :
· Base de données des échantillons et données existantes sur la biodiversité des sols forestiers en France hexagonale
· Système de mise à jour de cette base de données pour maintenir son actualisation à long terme
· Liste des taxons forestiers observés ou séquencés, et barcodes associés si existant
· Une publication de type data-paper décrivant les données rassemblées
Organisation pratique
CDD de 12 mois, temps plein
Prise de fonction courant Septembre 2026
Candidature jusqu’au 10 Juin 2026
Niveau requis pour le poste : BAC + 5 minimum
Rémunération : 2 065,92 € net mensuel
Lieu de travail : Laboratoire ECODIV-USC INRAE Université de Rouen Normandie – place E. Blondel 76821 Mont Saint Aignan
Participation à au moins une réunion annuelle du projet BOSFOR, frais de mission couverts.
Échanges réguliers avec la diversité de partenaires impliqués dans le projet
Pré-requis
Compétence en gestion et analyses de données, maîtrise de R, bases Unix/Python
Compétences en bioinformatique, traitement de séquences génétiques
Bonne connaissance de la biodiversité des sols
Esprit de synthèse, goût pour le travail en équipe
Capacité de communication en français et anglais
Première expérience souhaitée
Contacts
Merci d’adresser votre candidature : CV et lettre de motivation et 2 personnes référentes aux 2 contacts ci dessous. Les candidatures retenues seront convoquées à un entretien en distanciel la semaine du 6 Juillet.
Pierre GANAULT : pierre.ganault@univ-rouen.fr
Mélanie ROY : melanie.roy@utoulouse.fr
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