Stage de master 2 : Interactions entre le microbiote et le statut immunitaire chez la mouette tridactyle

Stage de master 2 : Interactions entre le microbiote et le statut immunitaire chez la mouette tridactyle

Contexte :
The vertebrate gastrointestinal tract is inhabited by a diverse community of bacteria, the so-called gut microbiota. The « microbiota revolution » of the past two decades has revealed the complex but crucial role of the microbiota on the induction, training, and function of the host immune system. In return, the immune system prevents microbial over-exploitation, infection and disease, while allowing beneficial and neutral host-microbe interactions (Belkaid & Hand, 2014). However, although the tight mutual interactions between immune functions and gut microbiota have been revealed by research in humans and captive mammalian models, our knowledge of theses interactions in wild populations, especially in nonmammalian species, remains poor. In birds, a study in wild barn swallows (Hirundo rustica) has shown that antigen challenges can induce changes in gut microbiota composition (Kreisinger et al. 2018), and a study in zebra finches (Taeniopygia guttata) has shown individual-level associations between immune function and host-associated microbiota (van Veelen et al. 2020).

– Belkaid Y, Hand T (2014) Role of the Microbiota in Immunity and Inflammation Cell, 157, 121-141
– Kreisinger J, Schmiedová L, Petrželková A, et al. Fecal microbiota associated with phytohaemagglutinin-induced immune response in nestlings of a passerine bird. Ecol Evol. 2018; 8: 9793–9802.
– van Veelen HPJ, Falcão Salles J, Matson KD, van Der Velde M & Tieleman BI (2020). Microbial environment shapes immune function and cloacal microbiota dynamics in zebra finches Taeniopygia guttata. Animal microbiome, 2, 21.

Objectif :
L’objectif de ce stage sera de caractériser l’association entre le microbiote cloacal et différents paramètres immunitaires des individus (ex : génotype CMH, concentration d’haptoglobine dans le sang, ratio leucocyte/lymphocyte, taux d’anticorps, … ). Le modèle d’étude sera des mouettes tridactyles (Rissa tridactyla) nichant en Alaska. Chez cette espèce, des études précédentes ont montré que le microbiote cloacal était associé au succès reproducteur, suggérant ainsi un rôle important du microbiote pour la santé et la reproduction.

Les missions du stagiaire :
– Réaliser une synthèse bibliographique
– Réaliser une partie des analyses immunologiques au Centre d’Etude Biologique de Chizé
– Analyser les données sous R afin de répondre à la problématique.
– Rédaction du rapport de stage
La campagne de terrain et le séquençage du microbiote ont déjà été réalisés. Les données immunogénétiques sont déjà acquises.

Profil recherché :
– Etudiant(e) niveau master 2 ou césure dans le domaine de l’écologie évolutive, avec un intérêt pour l’écologie animale et l’écophysiologie.
– Intérêt pour les analyses de laboratoire
– Compétences sur R pour les analyses statistiques (modèles mixtes et éventuellement analyses de communautés).
– Une bonne maitrise de l’anglais est nécessaire notamment pour l’étude bibliographique.
– Autonomie, curiosité intellectuelle, dynamisme

Rémunération : selon tarif en vigueur au 1er janvier 2027

Le stage se déroulera au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement (CRBE) de Toulouse

Contacts : Veuillez envoyer CV, lettre de motivation, bulletins de note de M1 à sarah.leclaire@univ-tlse3.fr. Les candidatures sont ouvertes jusqu’à sélection d’un·e candidat·e après entretien.