Encadrant : Simon Ducatez, CR IRD (HDR), UMR SECOPOL
Lieu du stage : Campus de l’UPF, UMR SECOPOL, Tahiti
Durée : 6 mois (début en janvier/février 2027)
Pour candidater : envoyer CV, lettre de motivation et nom + adresse mail de deux référents et la nature de leur relation avec le/la candidat·e (ancien·ne encadrant·e de stage, enseignant·e référent·e, etc.) à simon.ducatez@ird.fr, avec comme sujet du mail « candidature stage oiseaux Polynésie » avant le 4 octobre 2026.
Contexte
La Polynésie française abrite un grand nombre d’espèces d’oiseaux menacées, dont de nombreux endémiques présents nulle part ailleurs dans le monde. Malgré cette responsabilité de conservation exceptionnelle, les connaissances disponibles sur ces espèces restent souvent parcellaires et dispersées. Jean-Claude Thibault et Alice Cibois, via leur publication en 2017 de L’atlas des oiseaux de Polynésie orientale, mais aussi la SOP Manu (notamment via le livre publié par Caroline Blanvillain en 2022) ont déjà permis de rassembler une partie significative des informations disponibles. Il manque cependant une synthèse scientifique plus globale et critique, capable d’identifier précisément les lacunes de connaissance, espèce par espèce et île par île, pour orienter la recherche future et prioriser les actions de conservation là où elles sont le plus nécessaires.
Problématique et questions à aborder
Ce stage vise à identifier les manques de connaissances chez les oiseaux polynésiens, ainsi que la robustesse des connaissances déjà acquises – notamment celles qui fondent les indices de risque d’extinction utilisés aujourd’hui pour prioriser la conservation des oiseaux. Quatre questions structurent le projet :
● Certaines zones géographiques sont-elles mieux étudiées que d’autres ? Si oui, lesquelles, et à quelle échelle (archipel, île) ?
● Certaines caractéristiques des espèces sont-elles mieux connues que d’autres (traits d’histoire de vie, génétique, traits écologiques, menaces) ?
● Les connaissances locales et globales diffèrent-elles selon le statut des espèces (endémique insulaire, endémique archipélagique, endémique de Polynésie française, indigène non-endémique, introduite) et selon leur milieu (marin, côtier, terrestre) et comportement migrateur (migrateur, sédentaire) ?
● Quelle confiance peut-on accorder aux indices de menace et de risque d’extinction (UICN) actuellement attribués aux espèces polynésiennes ?
Méthode
Le travail, conduit entièrement sur ordinateur, s’appuiera sur une revue de littérature systématique, incluant la littérature grise, menée espèce par espèce. Il aboutira à la construction de deux bases de données complémentaires :
● Une base de traits des espèces, couvrant les traits d’histoire de vie et écologiques (taille et saison de ponte, nombre de pontes par an, taille des œufs, survie et longévité, morphologie, habitats utilisés et de reproduction, régime alimentaire des adultes et des jeunes, taille du domaine vital, distances de dispersion…), les caractéristiques de santé des populations (taille, tendance, nombre d’îles occupées), le statut UICN (global et régional) et les menaces identifiées, ainsi que la disponibilité de données génétiques (structure génétique des populations ; génome complet). Chaque donnée sera qualifiée par un indice de fiabilité, issu des nombres d’individus et de populations échantillonnés. L’inclusion de l’espèce dans les grandes bases de données internationales (AVONET, super-arbres phylogénétiques) sera également renseignée, ces bases excluant aujourd’hui souvent les espèces aux traits mal renseignés.
● Une matrice espèces × îles, indiquant présence/absence et abondance sur chaque île de Polynésie française, avec un indicateur de qualité et d’ancienneté des données (par exemple, une absence d’information depuis 1960 signalant une donnée à considérer comme obsolète et une île prioritaire pour de nouvelles prospections).
L’utilisation de l’IA sera minimale dans la construction de la base de données, chaque donnée et sa source devant être validée par l’étudiant·e.
Une fois ces bases constituées, les sources utilisées par l’UICN pour établir les statuts de menace seront retracées et examinées afin d’en évaluer la robustesse, sur un gradient allant du suivi scientifique régulier et récent à l’absence totale de données, en passant par l’estimation approximative d’expert.
Selon le temps disponible, un recensement des associations de conservation actives sur les différentes îles pourra compléter l’analyse, mis en regard des zones et espèces prioritaires identifiées.
Résultats attendus
● Une base de données de traits d’espèces (éventuellement scindée par type de trait), avec indices de qualité des données disponibles.
● Une base de données de distribution géographique et d’abondance/présence d’information (matrice espèces × îles).
● Une série d’analyses identifiant les principaux écarts de connaissance entre espèces et zones géographiques.
● Une série de recommandations pour prioriser les recherches futures, afin de combler les lacunes identifiées et renforcer la confiance dans les données déjà collectées.
Calendrier prévisionnel (modifiable en fonction de la durée exacte et date de début du stage)
Janvier 2027 : construction d’une première version des deux bases de données à partir de Thibault & Cibois 2017.
Février-mi-avril 2027 : recensement de la littérature existante, extraction des informations issues de cette littérature et des sites internet de référence (IUCN, birdsoftheworld et Birdlife), utilisation des références citées dans Blanvillain 2022, consultation de la SOP Manu pour références complémentaires, notamment dans la littérature grise, et alimentation de la base de données.
Mi-avril à mi-mai 2027 : analyse des données
Début mai à début juin 2027 : rédaction du rapport de stage
Juin 2027 : soutenance de stage
Intérêt pour le groupe de recherche et pour le pays
Pour le groupe de recherche, ce travail constituera une ressource de référence structurante, avec deux bénéfices synergiques évidents. Il permettra de situer et d’orienter les études que nous conduisons déjà sur l’avifaune polynésienne, en identifiant les espèces et les territoires les moins bien renseignés. Il ouvrira aussi la voie à l’inclusion future des espèces polynésiennes dans les grandes bases de données internationales, dont elles sont aujourd’hui souvent absentes faute de traits renseignés – une étape nécessaire pour toute analyse phylogénétique ou macroécologique à large échelle impliquant ces espèces.
Pour la Polynésie française, ce travail fournira un outil d’aide à la décision directement mobilisable par les acteurs de la conservation : savoir précisément où porte l’incertitude – sur quelles espèces, quels territoires, quels types de données – permet de concentrer l’effort de recherche et de suivi là où il aura le plus d’impact pour la préservation d’une avifaune parmi les plus menacées au monde.
Profil souhaité de l’étudiant·e (aucun des critères listés n’est éliminatoire)
● Connaissances générales en ornithologie et biologie de la conservation
● Expérience en revue de littérature et/ou méta-analyse
● Bonne connaissance des moteurs de recherche de la littérature scientifique
● Forte motivation pour un travail 100% sur ordinateur
● Maîtrise de la suite Office, en particulier Excel
● Connaissances solides en analyses statistiques (utilisation de R, construction de modèles linéaires type GLMM)
● Intérêt pour apprendre les méthodes statistiques de base en analyses comparées (e.g., GLMM phylogénétiques)
● Maîtrise de l’anglais
● Indépendance, prise d’initiative et intérêt pour interagir avec les autres membres du groupe de recherche et participer à la dynamique scientifique du laboratoire
Formation reçue
Le stage permettra à l’étudiant·e de développer :
● la maîtrise de l’extraction d’informations à partir de la littérature scientifique et grise ;
● une connaissance approfondie de la littérature ornithologique polynésienne ;
● la maîtrise et l’interprétation critique des ressources en ligne de l’UICN, de BirdLife International et du site de référence https://birdsoftheworld.org/bow/home ;
● la mise en place d’analyses statistiques préliminaires à partir d’une base de données construite par ses soins, pour répondre à des questions de recherche définies ;
● la rédaction d’un rapport de stage et la préparation d’une présentation orale.
Références
● Thibault, J-C. and Cibois, A. (2017). Birds of Eastern Polynesia: a biogeographic atlas. Lynx Edicions: Barcelone.
● Blanvillain C. (2022). Guide des oiseaux de Polynésie française. Editions Haere Po, Tahiti, Polynésie française.
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