Contexte : Ce stage s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche en épidémiologie visant à mieux comprendre la dynamique de diffusion du virus OsHV-1, un agent pathogène infectieux se propageant dans le milieu aquatique et affectant les populations juvéniles d’huîtres, avec des conséquences importantes pour la production conchylicole. L’objectif du stage est de prendre en main et d’approfondir un modèle spatial de diffusion épidémiologique existant, développé sous R, afin d’explorer différents scénarios de propagation du virus et d’évaluer l’efficacité de différentes mesures de gestion susceptibles de limiter l’ampleur des épidémies. À terme, ces travaux visent à identifier des stratégies de gestion efficaces et durables, pouvant contribuer à accompagner les professionnels du secteur face aux épisodes de mortalité liés à OsHV-1.
Objectifs, programme de travail et résultats attendus :
1 – Prendre en main et approfondir le modèle spatial de diffusion épidémiologique existant, afin d’en maîtriser le fonctionnement, les principales hypothèses et les paramètres, et d’identifier les adaptations nécessaires à l’exploration de scénarios de gestion.
2 – Identifier et implémenter différentes mesures de gestion susceptibles de limiter la propagation du virus et/ou l’ampleur des épizooties.
3 – Définir des métriques d’évaluation pertinentes et comparer les scénarios simulés, afin de quantifier l’efficacité potentielle des différentes mesures de gestion sur la dynamique et l’ampleur des épidémies simulées.
Ce stage offre l’opportunité de mobiliser des compétences en bio-informatique, en modélisation et en science des données au service d’une problématique agronomique concrète, avec la possibilité de valoriser les résultats par la publication d’un article scientifique. Par ailleurs, une poursuite en doctorat à l’issu du stage pourra être envisagée sur une thématique s’inscrivant dans la continuité de ces travaux. Cette perspective sera notamment fonction de l’intérêt du/de la stagiaire pour le sujet et de la qualité du travail réalisé au cours du stage.
Compétences recherchées :
Ce stage nécessite de bonnes compétences en bio-informatique et en modélisation, ainsi qu’une maitrise du langage R. Une première expérience et/ou des connaissances en épidémiologie seraient appréciées, sans toutefois constituer un prérequis.
Niveau : Master 2
Durée : 6 mois
Indemnités de stage : oui
Lieu de stage : Station Ifremer de La Tremblade, Avenue Mus de Loup, Ronce-les-Bains 17390 La Tremblade
Encadrement : Maude Jacquot (Chargé de recherche) et Jules Trillaud (Doctorant)
Pour tout renseignement ou pour postuler, envoyer votre CV et lettre de motivation à maude.jacquot@ifremer.fr et jules.trillaud@ifremer.fr ; 05 46 76 26 82
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