Titre de stage : Caractérisation génétique et analyse de l’hybridation chez le pin de Salzmann (Pinus nigra subsp. salzmannii)
Dans le cadre du projet Européen Optforests (https://www.optforests.eu/), nous recrutons un(e) stagiaire de niveau licence ou master pour étudier l’impact de plantations d’arbres non locaux sur la diversité génétique de populations locales. Le stage aura lieu dans le laboratoire Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM, INRAE) à Avignon pour une durée de 3 à 6 mois à partir de septembre 2026.
Contexte et enjeux :
Le pin de Salzmann (Pinus nigra subsp. salzmannii), aussi appelé pin des Cévennes, est une sous-espèce autochtone de Pinus nigra (Arnold) présente en France. Son habitat, déjà fragmenté, est aujourd’hui menacé par les incendies de forêt, qui réduisent et isolent ses populations naturelles et l’hybridation avec des sous-espèces exotiques de Pinus nigra, introduites massivement dans les plantations forestières des années 1970. Cette hybridation, favorisée par une divergence génétique récente (fin de la dernière glaciation), risque de diluer l’originalité génétique de la sous-espèce autochtone.
Dans ce cadre, une étude est menée sur un site incluant deux plantations exotiques localisées à environ 1 km d’une forêt protégée.
Objectifs du stage
Dans un premier temps, le/la stagiaire prendra en charge les données issues du séquençage de 255 arbres. Cela impliquera d’inspecter les données génétiques, composées de 20 microsatellites et 54 SNPs.
Dans un deuxième temps, les données seront analysées pour évaluer la structure génétique entre les populations autochtones et les populations introduites et pour d’estimer les taux d’hybridation.
Dans un troisième temps, l’impact de l’hybridation sur la vigueur des arbres sera étudié en recherchant des corrélations entre le degré d’hybridation et des paramètres dendrométriques (hauteur, circonférence).
Méthodes mises en œuvre :
-Prétraitement des données génétiques (qualité des marqueurs, alignement de séquences, BIOEDIT)
-Analyse de la structure génétique (STRUCTURE)
-Étude de la connectivité (GENECLASSE2)
-Analyse de la vigueur (Modèle statistiques de type régressions linéaires sous R)
-Synthèse et visualisation R, Qgis
Compétences développées
Au cours du stage, le/la stagiaire acquerra des compétences en génétique des populations (hybridation, diversité génétique, structure des populations), en analyses statistiques avancées sous R (packages adegenet,), en outils pour la gestion et l’analyse de données de génotypage (SSRseq, SNPs), ainsi qu’en interprétation écologique du lien entre génétique, et phénotype
Compétences techniques :
• Maîtrise de R (analyses statistiques).
• Connaissances en génétique des populations
• Connaissance de Qgis (un plus)
• Intérêt pour l’écologie forestière et la conservation des espèces.
Environnement de travail
L’étudiant.e sera encadrée par caroline Scotti-Saintagne, ingénieur de recherche en génétique forestière. Il :elle sera basé.e à l’ unité de recherche INRAE Ecologie des Forêts méditerranéennes https://ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/.
Lieu d’exercice : Domaine Saint-Paul, site Agroparc. Route de l’aérodrome. 84914 AVIGNON Cedex 9
Rémunération : selon grille salariale de l’INRAE
Date de prise de fonction : A définir, idéalement démarrage octobre 2026
Durée : 6 mois selon possibilités
Pour aller plus loin
• Méthode SSRseq : PGTB – Développement et génotypage de microsatellites
• Référence scientifique : Caroline.scotti-saintagne@inrae.fr
https://www.researchgate.net/profile/Caroline-Scotti-Saintagne
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