Thématique :
Stage de biologie de la conservation : Etude des chauves-souris, par suivi acoustique passif. Utilisation d’enregistrements pour appréhender la présence et la diversité des espèces et ce qui les influence, avec pour objectif de participer à la préservation des populations françaises.
Contexte et objectif du stage
En France métropolitaine, 36 espèces de chauves-souris sont connues. Chacune des espèces est plus ou moins spécialisée dans un type d’habitat, que ce soit pour la chasse ou pour le gîte : prairie, forêt dense, gîte en grenier, arbres creux ou encore dans des cavités troglodytes. Toutes les espèces de chauves-souris françaises sont protégées et certaines sont malheureusement en forte régression (1). Elles sont en effet toutes impactées, de différentes manières et à différentes échelles, par les pressions anthropiques comme les pesticides, la disparition des habitats, les collisions avec les éoliennes ou encore la pollution lumineuse (2).
Les chauves-souris françaises se nourrissent quasi-exclusivement d’insectes, elles chassent la nuit à l’aide de leur sonar et cette caractéristique est très utile pour les étudier. En effet, une des méthodes d’étude les plus utilisées depuis quelques décennies est l’acoustique passif. Identifier des sons à l’oreille ou à l’aide de visualisations informatiques a l’avantage d’être non invasif pour les animaux ainsi que relativement peu coûteux. Les suivis acoustiques passifs permettent de récolter une importante quantité de données tout en diminuant certains biais observateurs. Le programme de science participative Vigie-chiro porté par le Muséum National d’Histoire Naturelle et plus particulièrement le CESCO utilise ces suivis acoustiques pour suivre l’évolution des populations de chauves-souris françaises, grâce à l’implication de nombreux participants (3). Tadarida, le logiciel utilisé dans ce programme (4) permet d’identifier les espèces présentes sur les enregistrements afin d’obtenir une base de données analysable tout en réduisant considérablement les temps d’identification manuelle.
Le stage a pour objectif de bancariser et d’analyser des enregistrements de chauves-souris (acoustiquement et statistiquement) via l’utilisation de Vigie-Chiro. La première partie du stage consistera à traiter et à vérifier manuellement les signaux ultrasonores détectés et identifiés par l’outil Tadarida (5). Les affinités du stagiaire permettront ensuite d’utiliser un des jeux de données obtenues afin de répondre à une problématique de conservation, la problématique d’étude pourra être définie avec l’équipe de recherche sur place.
Missions :
– Bancarisation de fichiers sons sur la plateforme de Vigie-Chiro.
– Vérifications visuelles et acoustiques des identifications des espèces de chauves-souris détectées et identifiées par le logiciel TADARIDA.
– Analyses statistiques/cartographiques des données.
Le stagiaire pourra aussi être amené à diffuser ces travaux via des communications orales internes au laboratoire ou auprès des partenaires.
Encadrement et structure d’accueil :
L’étudiant(e) sera accueilli(e) au sein du Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation (CESCO) – UMR 7204 au sein de la station marine de Concarneau. Le CESCO est un laboratoire de recherche du Muséum National d’Histoire Naturelle, spécialisé en écologie / conservation de la biodiversité. Il développe notamment des recherches visant à l’évaluation des impacts des actions anthropiques sur la nature. Le laboratoire coordonne différents programmes de science participative, dont le programme Vigie-Chiro.
Les encadrants seront : Cassandre Treyvaud, chargée d’étude, Christian Kerbiriou, Maître de conférence Sorbonne université et Anais Pessato, post doctorante.
Connaissances ou compétences acquises :
Le CESCO est un laboratoire dynamique avec des personnes travaillant sur de nombreux sujets de recherche, des liens se font régulièrement entre les équipes grâce à des groupes de travail thématiques, des conférences et diverses présentations. La team chiro (groupe thématique du CESCO) regroupe, bon nombre de personnes expertes qui travaillent sur plusieurs axes de recherche en chiroptèrologie et avec lesquelles il est enrichissant de collaborer tout en favorisant l’apprentissage et l’exploration d’autres pistes de recherche. Il en est de même pour la station marine de Concarneau qui accueille plusieurs laboratoires de recherche.
Apprentissage/ perfectionnement en écologie :
La personne recrutée aura l’occasion de continuer sa formation à l’identification des espèces de chauves-souris par l’acoustique, elle pourra également se former à la biologie de la conservation, à la chiroptèrologie ainsi qu’aux différentes étapes de la démarche de recherche.
Profil souhaité :
Compétences :
• Etudiant(e) niveau master en césure dans le domaine de l’écologie, intérêt pour la biologie de la conservation et pour l’acoustique.
• Compétences informatiques : R, QGis.
• Compétences statistiques (appréciées)
• Bonnes capacités relationnelles.
• Autonomie, curiosité intellectuelle, être force de proposition.
• Des connaissances en chiroptérologie et compétences en identification des espèces par l’acoustique (très appréciées)
Informations pratiques :
– Durée entre 1 à 2 mois (à discuter), idéalement à partir de fin juin 2026.
– Localisation : l’étudiant(e) sera basé(e) au sein du laboratoire CESCO UMR7204 à la station marine de Concarneau (place de la croix 29900 Concarneau).
– Pour candidater, merci d’envoyer un CV et une lettre de motivation (au format NOM_PRENOM_CV ou LM) à Cassandre Treyvaud (cassandre.treyvaud@mnhn.fr), en précisant dans l’objet du mail « Candidature Stage acoustique »
– Date limite de candidature : 23/05/2026.
Liens et Bibliographies :
• 1 : Tendance de population issue du programme Vigichiro : https://croemer3.wixsite.com/teamchiro/population-trends?lang=fr
• 2 : ARTHUR, L. & LEMAIRE, M. (2015) Les chauves- souris Laurent Arthur.pdf. Biotope Edition, Mèze (Collection Pathenope).
• 3 : Site de vigienature/vigie chiro qui contient les différents protocoles d’échantillonnage acoustique et traitement des enregistrements ainsi que de la documentation d’aide à l’identification des chauves-souris : https://www.vigienature.fr/fr/vigie-chiro
• 4 : Bas, Y., Bas, D. & Julien, J.-F. (2017) Tadarida: A Toolbox for Animal Detection on Acoustic Recordings. Journal of Open Research Software 5, 6.
• 5 : Barré, K., Le Viol, I., Julliard, R., Pauwels, J., Newson, S.E., Julien, J., Claireau, F., Kerbiriou, C. & Bas, Y. (2019) Accounting for automated identification errors in acoustic surveys. Methods in Ecology and Evolution 10, 1171–1188.
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