Contexte
Force est de constater qu’une majorité des maladies humaines émergentes sont d’origine zoonotiques, lesquelles proviennent principalement de la faune sauvage. Parmi celle-ci, les chauves-souris sont des réservoirs de nombreux virus potentiellement transmissibles aux êtres humains, comme les coronavirus. La Guinée, un pays d’Afrique de l’Ouest situé à un point chaud de biodiversité et soumis à une forte pression anthropique, hébergent une grande diversité de chauves-souris qui peuvent entrer en interaction directe ou indirecte avec les populations humaines. Comprendre la dynamique de transmission de ces virus revêt donc un fort intérêt de santé publique.
Dans le cadre des projets EBO-SURSY (2017-2022) puis BCOMING (2022-2026), un suivi éco-épidémiologique a été réalisé d’avril 2022 à juin 2025 dans deux communautés de chauves-souris cavernicoles de Guinée pour les caractériser (espèce, sexe, statut reproducteur) et évaluer la diversité des coronavirus qui y circulent (détection d’ARN de coronavirus par RT-PCR et séquençage, identification génétique des espèces de chauves-souris). Sur la base des données issues de ce suivi, l’objectif principal du stage sera de caractériser les communautés de chauves-souris dans le temps et d’explorer les facteurs pouvant expliquer les variations temporelles de prévalence et de diversité des coronavirus (ex. saison, reproduction, composition spécifique, habitat).
Déroulement
Le stage se déroulera en partie au CIRAD (Centre de coopération international en recherche agronomique pour le développement) au campus de Baillarguet (Montferrier-sur-Lez, France), et en partie au CERFIG (Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guinée), un centre de recherche relevant de l’Université Gamal Abdel Nasser de Conakry (Conakry, Guinée).
Après une phase d’intégration au CIRAD, le ou la stagiaire sera accuilli.e au CERFIG pour contribuer au travaux de laboratoire (extraction d’ADN et PCR) et à l’analyses des données. La rédaction pourra se faire en Guinée ou en France, en fonction de la préférence de l’étudiant.e. Une participation à une mission de terrain en Guinée pourra aussi être envisagée. Un vol aller-retour pour Conakry sera pris en charge en plus des indemnités de stage.
Début et durée
Stage d’une durée de six mois à partir de début 2026 (dates à convenir).
Compétences recherchées
– Licence en écologie, biologie moléculaire, épidémiologie ou discipline voisine.
– Intérêt pour l’écologie en lien avec des questions de santé.
– Une expérience de travail en laboratoire (extraction d’ADN, PCR, électrophorèse).
– Compétence en analyse de données (R/Rstudio).
– Expérience ou motivation pour vivre en Afrique de l’Ouest (durant la saison des mangues).
– Vaccination contre la fièvre jaune (obligatoire) et la rage (recommandée).
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