Ontogenèse de la dispersion et de la migration chez le Courlis cendré (Numenius arquata) et la Barge à queue noire (Limosa limosa) suivis par GPS-GSM et accéléromètre
Laboratoires d’accueil :
LIENSs (Littoral Environnement et Sociétés) – UMR 7266, La Rochelle Université – CNRS, La Rochelle, France
Encadrement :
• Pierrick Bocher (MCF HDR), LIENSs – co-encadrant scientifique (écologie des limicoles, télémétrie)
• Florian Orgeret (Chaire Junior), CEBC – co-encadrant scientifique (écologie du mouvement, biologging)
Lieu principal du stage : LIENSs, Bâtiment ILE, 2 rue Olympe de Gouges, 17000 La Rochelle.
Interactions prévues avec le CEBC : présentation possible à un séminaire et aux « results-club » organisés par les étudiants du CEBC.
Contexte scientifique
Depuis 2015, les programmes LIMITRACK, puis MIGRATLANE et HABITRACK, déploient des balises GPS-GSM (avec accéléromètre depuis 2020) sur des limicoles côtiers des Pertuis Charentais et le long de la voie de migration atlantique, générant des séries temporelles à haute résolution sur les déplacements et comportements (repos, alimentation, transit). Ces dispositifs permettent d’étudier l’usage de l’espace aux échelles locale (hivernage) et migratoire, ainsi que l’exposition aux risques littoraux (submersions marines, dérangement, chasse, infrastructures telles que parcs éoliens en mer).
Le Courlis cendré et la barge à queue noire, espèces menacées en Europe, présentent des trajectoires individuelles contrastées et une forte fidélité spatio-temporelle. Comprendre l’ontogenèse (développement au cours de la vie) des stratégies de dispersion/migration, à partir de suivis répétés sur près de trois ans, éclaire la plasticité comportementale, la spécialisation individuelle et la vulnérabilité face aux pressions anthropiques. L’approche s’appuiera sur des méthodes d’écologie du mouvement (KDE/home ranges, Selection d’habitat de type Resource Selection Function (RSF) / Step Selection Function (SSF), modèles mixtes).
Jeu de données et périmètre
Le stage exploitera un sous-ensemble standardisé d’environ 12 Courlis cendrés un nombre non encore définis de barges équipés de GPS-GSM + accéléromètre et suivis jusqu’à près de 3 ans, permettant :
1. l’analyse inter-individuelle (variabilité des stratégies),
2. l’analyse intra-individuelle (trajectoires d’apprentissage et maturation, choix des sites d’hivernage),
3. la mise en relation avec des couches de risques littoraux (submersion, infrastructures, statuts de protection). Les cadres, jeux et formats découlent des routines de traitement déjà utilisés dans les projets LIENSs/CEBC (Movebank/exports, R, SIG).
Objectifs scientifiques (M2)
1. Ontogenèse des mouvements. Quantifier l’évolution des patrons de mouvement au fil des saisons et des années : tailles et stabilité des domaines vitaux (KDE 95/50 %), rythmes nycthéméraux, alternance repos/nourrissage issue de l’accélérométrie.
2. Dispersion et migration. Décrire le calendrier migratoire, la fidélité aux sites clefs, la fragmentation des haltes, et tester l’émergence d’une spécialisation individuelle.
3. Sélection d’habitats et exposition aux risques. Modéliser la sélection d’habitats (RSF/SSF) en lien avec l’occupation du sol, les statuts de protection, la présence d’infrastructures (ex. parcs éoliens offshore), et des indicateurs de submersion/élévation du niveau de la mer disponibles pour la zone d’étude.
4. Synthèse conservation. Identifier des leviers opérationnels (gestion de reposoirs, trames de quiétude, scénarios d’aménagement) et proposer des recommandations pour limiter l’exposition des courlis aux risques littoraux.
Méthodes
• Pré-traitement tracking : nettoyage, régularisation temporelle, annotation comportementale par accélérométrie
• Domaines vitaux : KDE (95 %/50 %), comparaison inter-annuelle et inter-saisonnière ; métriques de stabilité/recouvrement.
• Sélection d’habitat : RSF et/ou SSF (GLMM/GLMMTMB), variables environnementales (occupation du sol, marée, distance reposoirs/berges, statuts) et couches “risques littoraux” (submersion/scénarios d’élévation, emprises d’infrastructures).
• Analyses spatiales : intégration SIG (QGIS/R), couplage avec fonds « mer-littoral » (vasières, marais, digues), zones protégées.
• Restitution : graphiques reproductibles (R Markdown/Quarto), figures cartographiques, note de synthèse pour partenaires.
Tâches du/de la stagiaire
• Harmoniser et analyser les séries GPS-GSM/ACC (contrôles qualité, annotation des comportements).
• Calculer domaines vitaux et indicateurs d’ontogenèse (trajectoires individuelles, basculements de stratégie).
• Mettre en œuvre RSF/SSF pour quantifier la sélection d’habitats et l’exposition aux risques littoraux.
• Contribuer ponctuellement au terrain (lecture bagues/contrôles opportunistes) selon calendrier. Des possibilités de participation aux suivis de terrain (capturer, équiper, observer les courlis) pourront être proposées en fonction du calendrier des campagnes.
• Rédiger un rapport scientifique et préparer une communication orale.
Profil recherché
• Master 2 en écologie, biostatistiques ou domaine connexe.
• Maîtrise de R souhaitée, manipulation de larges jeux de données, visualisation, analyses spatiales (sf/terra), notions RSF/SSF/GLMM.
• Intérêt marqué pour l’écologie du mouvement et la conservation en milieu littoral ; autonomie, rigueur, sens de l’open-science (scripts reproductibles).
• Bonnes capacités rédactionnelles en français et en anglais.
Environnement et apports de stage
• Encadrement croisé LIENSs–CEBC, intégration à des équipes actives en biologging/télémétrie et conservation des limicoles.
• Accès aux routines d’analyse et aux référentiels cartographiques du littoral charentais ; appui méthodes (RSF/SSF).
• Possibilité de valorisation (note interne, poster/séminaire, contribution à manuscrit si résultats et calendrier le permettent).
Informations pratiques
• Durée & période : 5–6 mois, entre janvier et juillet (flexible selon maquette M2).
• Gratification : ~ 580 € / mois (base règlementaire, ANR ExelLR)
• Matériel : poste de travail dédié, logiciels (R, QGIS), accès serveurs et dépôts internes.
Candidature
Envoyer en un seul PDF intitulé M2_Curlew_Ontogeny_NOM_Prénom.pdf :
1. CV (max. 2 pages) ; 2) Lettre de motivation (1 page) ; 3) Relevés de notes M1/M2 ; 4) Contact de deux référent·e·s ; 5) (optionnel mais conseillé) exemple court de script/rapport fait avec R. À adresser à : pierrick.bocher@univ-lr.fr et florian.orgeret@univ-lr.fr.
• Date limite de candidature : 15 octobre (ou au fil de l’eau jusqu’au recrutement).
• Entretiens : 1–2 semaines après la clôture ; prise de poste souhaitée entre mi-janvier et mars.
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