L’écologie des communautés de virus, ou viromes, est une discipline récente et en plein essor. Récemment, les viromes ont été montrés comme des régulateurs du cycle du carbone dans les océans ou du microbiote intestinal. Ces rôles suggèrent que les viromes probablement jouent un rôle dans la physiologie des hôtes eucaryotes terrestres, au-delà des maladies d’origine virale. Cependant, nous avons encore des connaissances limitées sur l’assemblage du virome dans ces hôtes. Des études sur l’assemblage du virome sont donc requises comme base pour l’étude de l’influence du virome sur l’hôte.
Dans notre équipe, nous nous intéressons au virome des moustiques. Notre but est de caractériser le virome pour, ensuite, étudier son influence sur la transmission d’agents pathogènes par les moustiques. Notre équipe a montré que la diversité du virome est en partie conservée entre des populations d’une même espèce de moustique distribuées autour de la Méditerranée (Gil et al., 2023 Virus Evolution). La même étude a aussi montré que la conservation du virome entre individus d’une même population est probablement limitée. C’est-à-dire, les individus d’une population, examinés par pairs, auraient probablement des viromes différentes. Cependant, nos résultats ont été obtenus à partir du virome de plusieurs individus groupés ensemble. Une comparaison des viromes d’individus isolés est donc requise afin d’obtenir de données robustes sur cette potentielle hétérogénéité intra-populationnelle du virome. Malheureusement, il y a très peu d’études analysant le virome de moustiques à l’individu (e.g. Pan et al., 2024 Nature Evolution and Ecology).
Le but de ce stage est de réaliser une analyse comparative du virome d’individus issus des mêmes populations analysées dans notre étude précédente. Les questions de recherche principales sont :
– Y-a-t-il des patterns déterministes dans le virome d’individus d’une même population d’une espèce de moustiques ?
– Y-a-t-il une influence de l’urbanisation sur le virome de moustiques ?
L’étudiant aura à sa disponibilité un jeu de données, assez exceptionnel par sa taille, incluant les viromes d’environ 300 individus adultes du moustique Culex pipiens. Ce moustique est le vecteur principal du virus West Nile en Europe. Les moustiques proviennent de six sites – soit ruraux, soit périurbains – situés en Camargue. Le virome de chaque individu a été caractérisé séparément par métagénomique (Gil et al., 2021 Molecular Ecology Ressources). L’étudiant analysera ce jeu de données par des approches d’écologie de communautés et de la phylogénie (e.g. Morel et al., 2023 PLoS One). De plus, l’étudiant confirmera les données de prévalence des virus majoritaires par le criblage des moustiques individuels avec des PCRs.
Nous cherchons des candidats intéressés par l’écologie de communautés et les virus. Une partie importante du stage implique l’analyse statistique de jeux de données sous R. De plus, le stage permet une expérience de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire.
Les candidats intéressés peuvent envoyer un CV avec des références (e.g., encadrants du stage M1) et une lettre de motivation.
Niveau d’études : M2
Lieu du stage : unité ASTRE, Campus de Baillarguet, Montpellier
Durée du stage : 6 mois
Contact : Serafín Gutiérrez (serafin.gutierrez@cirad.fr).
Liste de publications de l’équipe : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gutierrez%2C+serafin%5BAuthor%5D&sort=date
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