Structures d’accueil:
iEES-Paris, équipe Ecologie et Evolution des Réseaux d’interaction (campus Jussieu).
UPEC-Créteil, équipe Biogéographie et Diversité des Interactions du Sol.
Responsables du stage:
Jérôme Mathieu (iEES-Paris),
jerome.mathieu@upmc.fr
Lise Dupont (iEES-Paris) lise.dupont@u-pec.fr
Marwa El Masri (Doctorante, iEES-Paris) marwa.el_masri@sorbonne-
Description du stage:
La composition et la configuration des éléments du paysage (nature, taille, forme et organisation
spatiale des parcelles) jouent un rôle essentiel dans le maintien de la biodiversité et des services
écosystémiques associés (Fahrig 2013). Les cultures et les pesticides impactent négativement la
biodiversité du sol pourtant indispensable à l’agriculture, en particulier les pollinisateurs qui
nichent dans le sol. Les zones non cultivées dans les habitats semi-naturels autour des zones
agricoles apparaissent ainsi comme des zones refuges potentiellement sources de biodiversité de
pollinisateurs pour les parcelles agricoles (Blitzer et al., 2012). Cependant, ces habitats sont
souvent détruits pour faciliter l’utilisation de la machinerie moderne ou convertis en terres
agricoles, réduisant encore plus les populations de ces organismes et les services écosystémiques
qu’ils fournissent. Dans ce contexte, il est important de comprendre le rôle respectif des
différents éléments du paysage sur la biodiversité des sols afin de proposer des leviers de
protection, en particulier pour les pollinisateurs. A l’heure actuelle l’étude des pollinisateurs a été
restreinte à des approches épigées, de sorte que nous avons peu d’éléments sur le rôle des ces
éléments paysagers sur les pollinisateurs dans les sols.
Dans cette étude, le ou la stagiaire caractérisera la biodiversité de la macrofaune du sol, en
portant une attention particulière aux pollinisateurs, dans différents éléments paysagers (haies,
talus, chemins, patchs de forêt) dans trois sites en Île-de-France. L’objectif sera de déterminer la
spécificité de la biodiversité du sol hébergée dans ces différents éléments, ainsi que de
caractériser le degré de spécialisation des pollinisateurs vis-à-vis des ces éléments du paysage.
Ceci sera réalisé en utilisant une approche réseaux bipartites entre une couche d’habitats et une
couche de taxa de faune du sol. Le ou la stagiaire réalisera des échantillonnages de faune du sol
dans les éléments qui structurent des paysages, composés principalement de prairies, cultures et
forêts au sein du projet VigieFlore (MNHN et OFB) en Île-de-France. Ceci permettra de croiser
les données de végétation de Vigie-Flore avec les données de faune du sol.
L’identification des individus sera d’abord faite anatomiquement puis dans un second temps par
barcoding ADN. Le barcodage ADN pourrait être essentiel pour l’identification de certains stades
de vie (par exemple les larves), qui sont souvent difficiles à identifier autrement.
Ce stage s’inscrit dans le cadre de la thèse de Marwa El Masri portant sur les larves de
pollinisateurs qui nichent dans le sol.
Terrain prévu en Mars-Avril.
Profil recherche:
Intérêt et compétences pour le travail de terrain.
Connaissances naturalistes sur les invertébrés terrestres.
Maîtrise de l’analyse et du traitement de données avec R.
Motivation pour du travail minutieux en biologie moléculaire
Une expérience en en barcoding ADN serait appréciée.
Motivation pour l’analyse bioinformatique de données de séquences ADN.
Références bibliographiques:
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Benefer, C., Andrew, P., Blackshaw, R., Ellis, J. & Knight, M. (2010). The spatial
distribution of phytophagous insect larvae in grassland soils. Applied Soil Ecology, 45,
269–274.
Blitzer, E.J., Dormann, C.F., Holzschuh, A., Klein, A.-M., Rand, T.A. & Tscharntke, T.
(2012). Spillover of functionally important organisms between managed and natural
habitats. Agriculture, Ecosystems & Environment, 146, 34–43.
Christmann, S. (2022). Regard and protect ground‐nesting pollinators as part of soil
biodiversity. Ecological Applications, 32, e2564.
Villalta, I., Ledet, R., Baude, M., Genoud, D., Bouget, C., Cornillon, M., et al. (2021). A
DNAbarcode-based survey of wild urban bees in the Loire Valley, France. Sci Rep, 11,
4770.
Zattara, E.E. & Aizen, M.A. (2019). Worldwide occurrence records reflect a global decline
in bee species richness
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