Offre de thèse (English version below)
Les souris en milieu urbain : circulation, adaptations, résistance et vectorisation de pathogènes dans le contexte de la végétalisation du milieu urbain en région lyonnaise
Contexte scientifique et sociétal
En réponse à la croissance rapide des zones urbaines, les politiques publiques commencent à déployer des Solutions fondées sur la Nature (SfN) par exemple via la végétalisation de l’espace urbain ou les points de compostage. Cela génère de nouvelles opportunités pour les espèces en termes d’habitat, de déplacements et de ressources alimentaires. Les conséquences des SfN sur la souris domestique (Mus musculus), et particulièrement sur les processus à l’origine de sa dynamique de population et de sa variabilité génétique, demeurent très mal connues alors que cette espèce constitue un problème de plus en plus manifeste dans la Métropole de Lyon, notamment à cause de la diffusion de mutations de résistances aux rodenticides et de l’appréhension qu’elle peut générer au niveau sociétal.
La mise en place de zones végétalisées et celle de composts domestiques pourrait favoriser la mise en place de communautés de rongeurs plus diversifiées et plus abondantes, augmentant le brassage de pathogènes potentiellement zoonotiques entre espèces. La souris, en étroit contact avec les populations humaines car entrant facilement dans les habitations, pourrait alors augmenter le risque de transmission zoonotique. En favorisant les déplacements et l’établissement de populations abondantes, les zones végétalisées risquent d’accroitre le brassage de mutations de résistance aux rodenticides, nuisant au contrôle des populations de souris. Il est encore difficile aujourd’hui de comprendre comment les éléments du paysage anthropisé modèlent la structure et les échanges entre les populations de souris, et conditionnent ainsi leurs capacités d’adaptation locale et la circulation des pathogènes.
Le projet de thèse vise donc à mieux comprendre les effets de différents types de SfN (corridors végétalisés, jardins partagés, avec ou sans composts) sur la souris, en tant qu’élément de la biodiversité mais aussi comme espèce susceptible d’occasionner des dégâts et vecteur zoonotique potentiel dans un milieu urbain en transformation : la Métropole de Lyon.
Objectifs et méthodologie
La thèse développera une approche pluridisciplinaire pour mieux comprendre la structure des populations de souris en zone urbaine, leurs adaptations, l’impact des SfN et les potentiels risques sanitaires associés.
1) Il s’agira d’abord de caractériser la structure et les échanges entre populations au moyen d’approches de génomique des populations.
2) Ces données seront contextualisées à l’aide d’analyses paysagères qui mobiliseront des outils et des méthodes issues de la géographie, de l’écologie du paysage et des statistiques spatiales (« landscape genomics »), par des modélisations d’habitats et de déplacements potentiels (connectivité) à partir de cartes d’occupation du sol.
3) Un screening des pathogènes présents et des mutations conférant des résistances aux rodenticides sera effectué, et le déterminisme écologique et spatial de leur variabilité sera abordé.
4) Le régime alimentaire des souris sera évalué au moyen d’études isotopiques, complétées d’analyses de la performance biomécanique de la mandibule, afin de comprendre comment les souris s’accommodent des ressources localement disponibles, et comment les SfN peuvent moduler leur régime alimentaire.
L’échantillonnage se fera dans des zones urbaines, périurbaines et rurales de la Métropole de Lyon. La mise en place et la réalisation de cet échantillonnage fera partie intégrante du déroulé de la thèse.
Collaborations et insertion du projet dans la dynamique locale
Le projet de thèse s’appuiera sur une dynamique collaborative associant les compétences de différents laboratoires lyonnais : LBBE (génomique du paysage, morphométrie), RS2GP (pathogènes et résistance aux rodenticides), LEHNA (écologie isotopique) et EVS (analyses paysagères).
La thèse s’inscrit plus largement dans la dynamique du living lab ANTHARES dédiées aux SfN urbaines (https://www.pepr-solubiod.fr/). Ce living lab rassemble 14 laboratoires du site ainsi que la métropole, les villes de Lyon et Villeurbanne, et des acteurs non-académiques. Les différentes thèses financées dans ce cadre seront structurées dans un groupe de travail commun permettant de favoriser les interactions et le développement de réflexions transdisciplinaires sur l’espace urbain, les SfN et la biodiversité en ville.
Profil recherché
Master2 en écologie et/ou évolution, intérêt à la fois pour le travail de terrain, de laboratoire et l’analyse de données ; compétences en génomique des populations et/ou écologie spatiale et ses outils et/ou écologie isotopique, attrait pour l’analyse de données avec logiciels dédiés et logiciel R, autonomie et prise d’initiative, bonnes capacités rédactionnelle et bon niveau d’anglais.
Equipe encadrante : Sabrina Renaud (LBBE – DR CNRS), Sébastien Devillard (LBBE – PU Lyon 1), Virginie Lattard (RS2GP – DR INRAe), Marc Bourgeois (EVS – MCU Lyon 3).
Dates-clés prévisionnelles
– Dépôt des candidatures : 10 juin
– Auditions des candidats présélectionnés : semaine du 17 juin (visio possible)
– Début de la thèse : mi-octobre 2024
Contact : Envoyez CV + lettre de motivation à Sabrina Renaud (sabrina.renaud@univ-lyon1.fr).
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House mice in urban environment: circulation, adaptations, resistance and pathogen vectorization in a context of urban revegetation in the Lyon area
Context
The implementation of Nature-based Solutions (SbN) growingly appears as a way to mitigate, among others, issues related with the rapid expansion of urban areas. The thereby created environments offer new opportunities to animal and vegetal species in terms of habitat, spatial dispersion, and food resources. The consequences of urban SbN on the house mouse (Mus musculus) are very scarcely known, especially regarding its population dynamics and genetic diversity. This species however more and more constitutes an issue in the Lyon area, where infestations have been reported in several schools, famous pastries and restaurants.
Urban SbN (e.g. urban revegetation and private composters) might favor the establishment of more diversified rodent communities, potentially increasing the circulation of rodent-borne zoonotic diseases in the urban environment. The house mouse, intimately associated with human habitations, might increase the risk of zoonotic transmission. By favoring spatial movements, revegetated areas may increase the dispersion of mutation of resistance to rodenticides, that are already frequent in the Lyon area and may contribute to the difficulties of managing house mice outbreaks. The aim of the PhD is thus to improve the understanding of how elements of anthropized landscapes influence the spatial structure of the house mice populations, condition their adaptative potential and modulate pathogenetic circulation, with a focus on SbN in the Lyon area.
Objectives
The house mouse will be considered as a part of the biodiversity but also as a pest to be managed and a potential zoonotic vector. The PhD will rely on a multidisciplinary approach to target the following issues.
1) Characterization the spatial structure and exchanges between house mice populations using population genomics.
2) Contextualization these data using habitat modelling relying on methods from geography, landscape ecology and landscape genomics.
3) Screening of pathogens and of mutations conferring resistance to rodenticide in relationship with ecological data, landscape structure and genomic variability.
4) Evaluation of the diet using isotopic analyses coupled with biomechanic analyses on the jaw, in order to understand how mice adjust on local resources and how SbN can modulate these resources.
The sampling will be done across urban, periurban and rural areas from the Lyon area. The design and implementation of the sampling will be part of the PhD.
Collaborations and insertion within the local scientific dynamics
The PhD project relies on a collaborative network associating competences from several labs in Lyon: LBBE (landscape genomics, morphometrics), RS2GP (pathogens and resistance to rodenticides), LEHNA (urban ecology) and EVS (landscape analyses). It is part of the dynamics related to the launch of the Living Lab ANTHARES devoted to urban SbN (https://www.pepr-solubiod.fr/). This Living Lab associates 14 academic laboratories, as well as the Cities of Lyon and Villeurbanne, and non-academic stake-holders. The PhDs funded within this framework will be structured as a working group fostering interactions and transdisciplinary exchanges on urban landscape, SbN and the place devoted to biodiversity in modern cities.
Required profile
Master 2 in ecology and/or evolution; interest for field work, laboratory work and data analyses; skills in population genomics and/or spatial ecology and/or isotopic ecology; appetency for data analyses with devoted softwares and R environment; autonomy and initiative taking; good redactional skills.
Direction team: Sabrina Renaud (LBBE – DR CNRS), Sébastien Devillard (LBBE – PU Lyon 1), Virginie Lattard (RS2GP – DR INRAe), Marc Bourgeois (EVS – MCU Lyon 3).
Key dates
– Limit for submission of applications: 10th of June
– Auditions of shortlisted candidates: week of the 17th of June (video meeting possible)
– Beginning of the PhD : mid-October 2024
Contact: CV + cover letter to Sabrina Renaud (sabrina.renaud@univ-lyon1.fr).
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