Présentation de la mission
L’érosion actuelle de la biodiversité, considérée comme la sixième crise d’extinction, est en très grande partie due à des facteurs d’origines anthropiques. Dans les régions méditerranéennes, on assiste notamment à une artificialisation croissante des sols, à l’abandon de certaines pratiques agricoles traditionnelles ainsi qu’à une augmentation de la fréquence et de la sévérité des incendies forestiers due au réchauffement climatique. Ces facteurs sont à l’origine du déclin de la tortue d’Hermann, dont les dernières populations françaises se situent dans le Var et en Corse. Cependant, les données quantitatives restent insuffisantes et la contribution respective des différentes menaces au déclin de l’espèce est encore mal connue. L’objectif de cette thèse est de produire des connaissances nouvelles permettant d’améliorer les mesures de conservation mises en place dans le cadre du Plan national d’Actions dédié à l’espèce. Des protocoles standardisés (comptages et capture-marquage-recapture) initiés entre 2000 et 2010 fournissent un état initial pour le suivi des effectifs à l’échelle nationale. Un premier axe de cette thèse consistera à reconduire ces protocoles afin de fournir les premières estimations des tendances démographiques et mieux cerner les facteurs à l’origine de ces tendances. Des améliorations de ces protocoles de suivi seront proposées, notamment en termes de plan d’échantillonnage à déployer sur le long terme. Un second axe de cette thèse consistera à étudier le comportement de cette espèce dans les milieux agricoles, par une étude de sélection des habitats et des mouvements d’individus équipés de GPS haute résolution. Les résultats produits permettront de mieux identifier les pratiques favorables au maintien de cette espèce dans les milieux agricoles et ainsi de concilier agriculture et biodiversité. Le dernier axe consistera à évaluer les effets de la gestion mécanisée des habitats, notamment du débroussaillage à but de défense des forêts contre les incendies, sur la dynamique des populations, afin de proposer des solutions minimisant leurs impacts. Les résultats issus de ces trois axes de la thèse permettront de mieux éclairer les gestionnaires sur les facteurs et les pratiques influençant l’espèce et d’orienter les actions de gestion destinée à améliorer son statut de conservation à moyen terme.
Activités
• Recherches bibliographiques
• Collecte de données sur le terrain
• Analyse de données de comptages, de capture-marquage-recapture et de présence-absence (site-occupancy)
• Analyse de données de sélection d’habitats et de mouvement
• Rédaction d’articles internationaux
Compétences attendues
• Titulaire d’un Master (ou équivalent) en écologie
• Connaissances / intérêt pour l’herpétologie
• Attrait pour le travail sur le terrain (permis B nécessaire)
• Fortes compétences en modélisation statistiques, notamment spatiales, sous R
• Compétences en démographie et en dynamique des populations animales
Savoir-être
• Capacité à travailler en équipe et en collaboration avec des partenaires locaux et distants
• Autonomie dans le travail et notamment la gestion et l’analyse de données
Contexte de travail
Le/la doctorant-e sera basé-e au CEFE dans l’équipe HAIR (Human-Animal Interactions) qui est une équipe en pointe en modélisation des dynamiques des populations. Il/elle sera salarié-e de la Station d’observation et de Protection des Tortues et de leurs Milieux (SOPTOM) à Carnoules dans le Var, où il/elle sera amené-e à se déplacer fréquemment. Deux à trois mois de terrain par an seront à prévoir dans le Var et en Corse, notamment au printemps. Il/elle sera encadré-e par Aurélien BESNARD (directeur d’études de l’EPHE au CEFE) et co-encadré-e par Thibaut Couturier (ingénieur de recherche CNRS au CEFE) et Jean-Marie Ballouard (coordinateur scientifique à la SOPTOM). Il/elle interagira également avec d’autres acteurs issus de structures-clés de la conservation de cette espèce en France : les conservatoires d’espaces naturels de Provence-Alpes-Côte d’Azur (CEN PACA) ainsi que de Corse (CEN Corse) et la Société nationale de protection de la nature (SNPN), gestionnaire de la réserve naturelle nationale de la plaine des Maures. Il/elle pourra être amené-e à co-encadrer des stagiaires de différents niveaux. Le démarrage de la thèse est prévu pour fin 2026 à début 2027.
Candidature
Les candidatures comprenant un CV détaillé et une lettre de motivation peuvent être adressées à l’attention par courrier électronique jusqu’au 14 juin 2026 à : thibaut.couturier@cefe.cnrs.fr et jean-marie.ballouard@soptom.org
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