Contexte scientifique
La filière viticole est aujourd’hui confrontée à un enjeu majeur, protéger la vigne contre ses bioagresseurs tout en réduisant l’utilisation de pesticides de synthèse. Cet enjeu est accentué par le retrait progressif de plusieurs substances actives, qui restreint d’autant les moyens de lutte disponibles pour les viticulteurs. Le mildiou, causé par l’oomycète Plasmopara viticola, figure parmi les principales maladies affectant les rendements de la vigne et dont la maîtrise repose principalement sur l’usage de fongicides de synthèse (Gessler et al., 2011).
Dans ce contexte, l’implantation d’arbres et de haies au sein des parcelles viticoles (l’agroforesterie, vitiforesterie en parcelle viticole) apparaît comme une piste prometteuse pour limiter les symptômes sur la vigne causé par le mildiou (Etienne et al., 2026). Cette diversification végétale est en effet reconnue pour son potentiel à moduler la composition du microbiote associé à la vigne (Lehr et al., 2025). Or, le microbiote constitue un réservoir de fonctions mobilisables pour améliorer la santé des plantes (Toju et al., 2018), et contribue à leur résistance face aux stress biotiques et abiotiques (McLaren & Callahan, 2020). Il apparaît donc essentiel de caractériser la manière dont ce microbiote varie en conditions d’agroforesterie, c’est-à-dire en présence d’espèces ligneuses au sein des parcelles, et d’évaluer si cette modulation influence l’incidence du mildiou.
Projet d’accueil
Ce stage s’inscrit dans le projet GETUP (Gérer le microbiote pour protéger la vigne contre le mildiou), dont l’objectif est de développer des stratégies de protection alternatives au mildiou fondées sur la gestion du microbiote de la vigne.
Objectifs du stage
L’objectif est de déterminer dans quelle mesure la présence d’arbres et de haies module les communautés bactériennes et fongiques associées à la vigne, et comment ces modifications influencent la présence du mildiou ainsi que l’expression de ses symptômes.
Missions
L’étudiant(e) participera à l’analyse d’un jeu de données issus d’un métabarcoding acquis en lors de la campagne d’échantillonnage 2026. Il/elle sera en charge :
du traitement bioinformatique et du nettoyage des séquences ;
de la caractérisation de la composition des communautés bactériennes et fongiques associées à la vigne (compartiments feuilles, racines et sols) ;
de la comparaison de ces communautés microbiennes selon la présence d’arbres et la distance à ceux-ci, à l’aide d’analyses statistiques de diversité et de composition ;
de la recherche d’associations statistiques entre communautés microbiennes, contexte agroforestier et incidence du mildiou.
En complément de ce volet analytique, l’étudiant(e) sera également associé(e) à la constitution du jeu de données du projet en participant aux missions de terrain de la campagne 2027 dans la région bordelaise. Il/elle sera amené à préparer des banques de métabarcoding au laboratoire. Ce stage offre ainsi une vision complète de l’échantillonnage jusqu’à l’analyse des résultats scientifiques.
Profil recherché
Nous recherchons un(e) étudiant(e) de Master 2 en écologie microbienne, écologie ou microbiologie, intéressé(e) par l’étude des interactions plantes – microorganismes – environnement. Une première expérience en statistiques, biologie moléculaire ou en bioinformatique constitue un atout, mais une forte motivation à développer ces compétences sera particulièrement appréciée.
Encadrement
Rosa KEMMERLING (rosa.kemmerling@mnhn.fr) et Adèle TREUIL – DUSSOUET (adele.treuil-dussouet@mnhn.fr)
Lieu du stage
Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), UMR 7205, Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB), Équipe Interactions et Évolution végétale et fongique (INEVEF)
Durée du stage
6 mois entre janvier et juillet 2026 (selon formation) ; possibilité de travailler à des horaires décalés (fins d’après-midi et week-ends) selon les campagnes d’échantillonnages.
Candidature :
Envoyer par mail Curriculum Vitæ, lettre de motivation, relevés de notes de Licence et Master 1 aux encadrants avant le 06/11/2026.
Références bibliographiques
Etienne, L., Lavigne, C., Franck, P., Papaïx, J., & Rusch, A. (2026). Woody habitats and dry conditions limit pest occurrence in vineyards. Journal of Applied Ecology, 63(1), e70280.
Gessler, C., Pertot, I., & Perazzolli, M. (2011). Plasmopara viticola: a review of knowledge on downy mildew of grapevine and effective disease management. Phytopathologia Mediterranea, 50(1), 3-44.
Lehr, P. P., Gschwendtner, S., Du, B., Rennenberg, H., Schloter, M., & Zörb, C. (2025). Grapevines and trees: A biodiversity study of microbiomes in an established temperate agroforestry system. Journal of environmental management, 379, 124882.
McLaren, M. R., & Callahan, B. J. (2020). Pathogen resistance may be the principal evolutionary advantage provided by the microbiome. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 375(1808), 20190592.
Toju, H., Peay, K. G., Yamamichi, M., Narisawa, K., Hiruma, K., Naito, K., & Kiers, E. T. (2018). Core microbiomes for sustainable agroecosystems. Nature plants, 4(5), 247-257.
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